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- PDB-6rnj: TR-SMX closed state structure (0-5ms) of bacteriorhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rnj
タイトルTR-SMX closed state structure (0-5ms) of bacteriorhodopsin
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / Retinal / time-resolved crystallography / serial crystallography / SMX
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Weinert, T. / Skopintsev, P. / James, D. / Kekilli, D. / Furrer, F. / Bruenle, S. / Mous, S. / Nogly, P. / Standfuss, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Proton uptake mechanism in bacteriorhodopsin captured by serial synchrotron crystallography.
著者: Weinert, T. / Skopintsev, P. / James, D. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Kekilli, D. / Furrer, A. / Brunle, S. / Mous, S. / Ozerov, D. / Nogly, P. / Wang, M. / Standfuss, J.
履歴
登録2019年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3462
ポリマ－25,0621
非ポリマー2841
水1448
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0386
ポリマ－75,1853
非ポリマー8533
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.000, 62.000, 110.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 25061.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Na/K Phosphate buffer pH 5.6 30 % PEG 2000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12981Y
22981Y
32981Y
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11
シンクロトロンSLS X06SA21
シンクロトロンSLS X06SA31
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2018年7月22日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2018年7月22日
DECTRIS EIGER X 16M3PIXEL2018年7月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
31
反射

Entry-ID: 6RNJ

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)Diffraction-IDNet I/σ(I)CC1/2R split
2.6-38.47673790.1162.0411
2.3-38.510589100257.426.950.990.074
2.1-38.513882100984.9313.30.990.034
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible allNum. unique obsCC1/2R split
2.6-2.9811184
2.3-2.3770.50.922100133460.061.53
2.1-2.1824.61.333100138820.520.86
Serial crystallography sample delivery
ID手法
1injection
2injection
3injection
Serial crystallography sample delivery injection
IDCarrier solventCrystal conc.解説Injector nozzleInjector temperature (K)Jet diameter (µm)
1LCP13high viscosity injectorglass capillary29850
2LCP13flass capillary50

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFEL0.7データ削減
CrystFEL0.7データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B6Z

5b6z


解像度: 2.6→38.47 Å / SU ML: 0.5373 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 44.8015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3012 419 6.22 %
Rwork0.2494 --
obs0.2529 6737 90.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1790 0 0 8 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00271838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4472510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0347294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.85721046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.980.4751270.37191926X-RAY DIFFRACTION83.76
2.98-3.750.3571510.29032092X-RAY DIFFRACTION91.22
3.75-38.480.25391410.21492300X-RAY DIFFRACTION97.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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