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- PDB-6rme: Structure of IMP bound Plasmodium falciparum IMP-nucleotidase mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rme
タイトルStructure of IMP bound Plasmodium falciparum IMP-nucleotidase mutant D172N
要素(IMP-specific 5'-nucleotidase, ...) x 5
キーワードHYDROLASE / nucleotidase / activator / complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide riboside biosynthetic process / nicotinic acid riboside biosynthetic process / inosine salvage / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / IMP catabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IMP-specific 5-nucleotidase / IMP-specific 5'-nucleotidase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / IMP-specific 5'-nucleotidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Carrique, L. / Ballut, L. / Violot, S. / Aghajari, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0032 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and catalytic regulation of Plasmodium falciparum IMP specific nucleotidase.
著者: Carrique, L. / Ballut, L. / Shukla, A. / Varma, N. / Ravi, R. / Violot, S. / Srinivasan, B. / Ganeshappa, U.T. / Kulkarni, S. / Balaram, H. / Aghajari, N.
履歴
登録2019年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
B: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
C: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
D: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
E: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
F: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
G: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
H: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,20126
ポリマ－362,0368
非ポリマー3,16418
水543
1
A: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
B: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
C: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
D: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,82213
ポリマ－181,2404
非ポリマー1,5829
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area58640 Å2
手法PISA
2
E: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
F: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
G: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
H: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,37813
ポリマ－180,7964
非ポリマー1,5829
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13900 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area58920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.260, 204.610, 115.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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IMP-specific 5'-nucleotidase, ... , 5種, 8分子 AGBDCEHF

#1: タンパク質 IMP-specific 5'-nucleotidase, putative


分子量: 44955.836 Da / 分子数: 2 / 変異: D172N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase
#2: タンパク質 IMP-specific 5'-nucleotidase, putative


分子量: 45083.965 Da / 分子数: 2 / 変異: D172N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase
#3: タンパク質 IMP-specific 5'-nucleotidase, putative


分子量: 46116.172 Da / 分子数: 1 / 変異: D172N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase
#4: タンパク質 IMP-specific 5'-nucleotidase, putative


分子量: 45198.066 Da / 分子数: 2 / 変異: D172N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase
#5: タンパク質 IMP-specific 5'-nucleotidase, putative


分子量: 45444.367 Da / 分子数: 1 / 変異: D172N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 4種, 21分子

#6: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M calcium acetate, 10% (w/v) PEG 8000 , 5 mM IMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.72 Å / Num. obs: 83738 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / Num. unique obs: 9981 / CC1/2: 0.548 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RMD

6rmd


解像度: 3.4→47.25 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 3172 5 %
Rwork0.1964 --
obs0.199 63450 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23275 0 204 3 23482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50332655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9883310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.450.39691370.31512599X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.50.37111400.29892646X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.560.34781360.27842594X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.620.29321390.26282638X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.690.28971360.24972584X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.760.31531380.24562613X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.840.28681380.22342625X-RAY DIFFRACTION100
3.84-3.920.2911380.22122629X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.010.30071390.21512630X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.110.26861370.19922612X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.220.26331360.19232586X-RAY DIFFRACTION99
4.22-4.350.23171380.18252616X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.490.23511370.1822606X-RAY DIFFRACTION100
4.49-4.650.19671390.16952645X-RAY DIFFRACTION100
4.65-4.830.2231370.16442602X-RAY DIFFRACTION100
4.83-5.050.21671380.16342614X-RAY DIFFRACTION100
5.05-5.320.24461390.17792637X-RAY DIFFRACTION100
5.32-5.650.271370.20912627X-RAY DIFFRACTION100
5.65-6.090.29861390.21732637X-RAY DIFFRACTION100
6.09-6.70.27821390.21572629X-RAY DIFFRACTION100
6.7-7.660.24391380.18712632X-RAY DIFFRACTION99
7.67-9.640.17011390.1462635X-RAY DIFFRACTION99
9.64-47.250.17181380.16512642X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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