PDB-6rk5: Inter-dimeric interface controls function and stability of S-meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rk5

タイトル

Inter-dimeric interface controls function and stability of S-methionine adenosyltransferase from U. urealiticum

要素

Methionine adenosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / synthetase

機能・相同性

GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Ureaplasma urealyticum serovar 7 str. ATCC 27819 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Shahar, A. / Zarivach, R. / Bershtein, S. / Kleiner, D. / Shmulevich, F.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: The interdimeric interface controls function and stability of Ureaplasma urealiticum methionine S-adenosyltransferase.
著者: Kleiner, D. / Shmulevich, F. / Zarivach, R. / Shahar, A. / Sharon, M. / Ben-Nissan, G. / Bershtein, S.

履歴

登録	2019年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rk5.cif.gz	559 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rk5.ent.gz	469.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rk5_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rk5_full_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示
XML形式データ	6rk5_validation.xml.gz	49 KB	表示
CIF形式データ	6rk5_validation.cif.gz	68.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rjsSC 6rk7C 6rkaC 6rkcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o90-d 6rjs-1 6rjs-2 1o93-d 6fbp-d 6faj-d 1o92-d 6rka-2 1o9t-d 6sw5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methionine adenosyltransferase

B: Methionine adenosyltransferase

C: Methionine adenosyltransferase

D: Methionine adenosyltransferase

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methionine adenosyltransferase

B: Methionine adenosyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
85.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Methionine adenosyltransferase

D: Methionine adenosyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.358, 80.450, 158.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methionine adenosyltransferase 分子量: 42880.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ureaplasma urealyticum serovar 7 str. ATCC 27819 (バクテリア) 遺伝子: metK, UUR7_0462 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: B2NE58, methionine adenosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes pH 7.4 and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→47.6 Å / Num. obs: 42328 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / R_merge(I) obs: 0.394 / Num. unique obs: 13239 / CC_1/2: 0.717

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RJS

6rjs

解像度: 2.6→47.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	-	-
R_work	0.209	-	-
obs	-	42309	95.54 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11380	0	0	169	11549

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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