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- PDB-6rjp: Bfl-1 in complex with alpha helical peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rjp
タイトルBfl-1 in complex with alpha helical peptide
要素
  • Bcl-2-like protein 11
  • Bcl-2-related protein A1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / protein-protein interactions / stapled alpha helix / covalent inhibitor / Bcl2-2 family proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


dynorphin receptor activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuropeptide binding / mitochondrial fusion / BH domain binding / neuropeptide signaling pathway / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / release of cytochrome c from mitochondria ...dynorphin receptor activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuropeptide binding / mitochondrial fusion / BH domain binding / neuropeptide signaling pathway / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / mitochondrial outer membrane / neuron projection / negative regulation of apoptotic process / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-related protein A1 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Bcl-2-related protein A1 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-type opioid receptor / Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Baggio, C. / Gambini, L. / Udompholkul, P. / Salem, A.F. / Hakansson, M. / Jossart, J. / Perry, J. / Pellecchia, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 CA168517 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 NS107479 米国
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2020
タイトル: N-locking stabilization of covalent helical peptides: Application to Bfl-1 antagonists.
著者: Baggio, C. / Udompholkul, P. / Gambini, L. / Jossart, J. / Salem, A.F. / Hakansson, M. / Perry, J.J.P. / Pellecchia, M.
履歴
登録2019年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-related protein A1
B: Bcl-2-related protein A1
C: Bcl-2-like protein 11
D: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2274
ポリマ－43,2274
非ポリマー00
水18010
1
A: Bcl-2-related protein A1
C: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6132
ポリマ－21,6132
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8400 Å2
手法PISA
2
B: Bcl-2-related protein A1
D: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6132
ポリマ－21,6132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.749, 113.749, 79.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LV8LV8TYRTYRCC1 - 171 - 17
21LV8LV8TYRTYRDD1 - 171 - 17
12SERSERGLUGLUAA0 - 14922 - 171
22SERSERGLUGLUBB0 - 14922 - 171

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-like protein 5 / Bcl2-L-5 / Hemopoietic-specific early response protein / Protein BFL-1 / Protein GRS


分子量: 19718.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2A1, BCL2L5, BFL1, GRS, HBPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16548
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 1895.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This is modified amino acids. Made to get a tethered peptide produced with covalent bonds.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6 16% (w/v) PEG smear high

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975312 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975312 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→61.7 Å / Num. obs: 10669 / % possible obs: 55.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.685 / Num. unique obs: 533 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.359 / Rrim(I) all: 0.776

-
解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VM6

2vm6


解像度: 2.57→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 36.987 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 555 5.2 %RANDOM
Rwork0.1992 ---
obs0.2025 10097 55.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 274.33 Å2 / Biso mean: 118.462 Å2 / Biso min: 40.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---3.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2694 0 0 10 2704
Biso mean---71.66 -
残基数----334
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C4560.24
12D4560.24
21A48330.12
22B48330.12
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.636 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.532 1 -
Rwork0.274 48 -
all-49 -
obs--3.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3571.6047-0.21283.3179-1.19852.89460.12750.22350.04990.30690.04580.41940.06990.1976-0.17330.279-0.0350.07940.07260.00170.077445.473-32.594.868
22.65983.56231.85927.39712.75091.3324-0.57920.6746-0.6626-0.58951.0747-1.5485-0.41710.5193-0.49550.4179-0.41520.11190.467-0.20270.550332.664-55.383-4.576
36.88021.26060.10673.168-1.84133.01610.6352-1.09560.12991.1671-0.57410.5014-0.77520.5009-0.06110.9756-0.31370.19410.4415-0.05930.113449.139-25.0816.11
49.4755-0.64533.00775.4468-3.61783.20080.04321.8416-0.9138-0.0495-0.2336-0.8232-0.22310.80070.19040.7978-0.49450.27780.969-0.53610.74928.3-63.099-16.052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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