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万見
- PDB-6rh6: Solution structure and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rh6
タイトルSolution structure and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments for the complex of NECAP1 PHear domain with phosphorylated AP2 mu2 148-163
要素
  • AP-2 complex subunit mu
  • Adaptin ear-binding coat-associated protein 1
キーワードENDOCYTOSIS / clathrin mediated endocytosis / regulation by phosphorylation / AP2 endocytic adaptor / NECAP / SNX9
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin vesicle coat / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation ...clathrin vesicle coat / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / regulation of vesicle size / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / signal sequence binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / presynaptic endocytosis / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / intracellular protein transport / receptor internalization / terminal bouton / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / transmembrane transporter binding / postsynapse / synapse / lipid binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NECAP, PHear domain / Protein of unknown function (DUF1681) / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit ...NECAP, PHear domain / Protein of unknown function (DUF1681) / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit mu / Adaptin ear-binding coat-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Owen, D.J. / Neuhaus, D. / Yang, J.-C. / Herrmann, T.
資金援助 英国, チェコ, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust090909/Z/09/Z 英国
Wellcome Trust097040/Z/11/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)U105178934 英国
European Communitys Seventh Framework ProgrammePIOF-GA-2012-330268
Czech Science FoundationGA18-05360S チェコ
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2019
タイトル: Temporal Ordering in Endocytic Clathrin-Coated Vesicle Formation via AP2 Phosphorylation.
著者: Wrobel, A.G. / Kadlecova, Z. / Kamenicky, J. / Yang, J.C. / Herrmann, T. / Kelly, B.T. / McCoy, A.J. / Evans, P.R. / Martin, S. / Muller, S. / Sroubek, F. / Neuhaus, D. / Honing, S. / Owen, D.J.
履歴
登録2019年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adaptin ear-binding coat-associated protein 1
B: AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3612
ポリマ－17,3612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1210 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8940 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Adaptin ear-binding coat-associated protein 1 / NECAP endocytosis-associated protein 1 / NECAP-1


分子量: 15562.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NECAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NC96
#2: タンパク質・ペプチド AP-2 complex subunit mu / AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit ...AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit mu / Clathrin assembly protein complex 2 mu medium chain / Clathrin coat assembly protein AP50 / Clathrin coat-associated protein AP50 / Mu2-adaptin / Plasma membrane adaptor AP-2 50 kDa protein


分子量: 1798.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P84092
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
122isotropic32D 1H-15N HSQC
132isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
142isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
152isotropic32D 1H-1H NOESY (reject 15N,13C coupled 1H in F1, accept 15N,13C coupled 1H in F2) tau(m) 150ms
162isotropic32D 1H-1H NOESY (reject 15N,13C coupled 1H in F1 and F2) tau(m) 150ms
172isotropic32D 1H-1H TOCSY (reject 15N,13C coupled 1H in F2)
183isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
193isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1103isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic (constant time)
1113isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic (constant time)
1123isotropic32D 1H-1H NOESY (reject 15N,13C coupled 1H in F1, accept 13C coupled 1H in F2) tau(m) 150ms
1132isotropic23D HBHA(CO)NH
1142isotropic23D HN(CA)CB
1153isotropic13D (H)CCH-COSY (1H,13C,1H)
1163isotropic13D (H)CCH-TOCSY (13C,13C,1H)
1172isotropic33D 1H-15N NOESY tau(m) 150ms
1182isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic tau(m) 150ms
1193isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic tau(m) 150ms
1202isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic tau(m) 150ms
1213isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic tau(m) 150ms
1222isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic (reject 15N,13C coupled 1H in F1) tau(m) 150ms
1233isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic (reject 15N,13C coupled 1H in F1) tau(m) 150ms
1242isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic (reject 15N,13C coupled 1H in F1) tau(m) 150ms
1253isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic (reject 15N,13C coupled 1H in F1) tau(m) 150ms

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution20.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NECAP1 1-133, 0.5 mM AP2 mu2 148-163, 70 mM [U-2H] sodium acetate, 95% H2O/5% D2O15N,13C_H2O_sample95% H2O/5% D2O
solution30.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NECAP1, 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] AP2 mu2 148-163, 70 mM [U-2H] sodium acetate, 100% D2O15N,13C_D2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMNECAP1 1-133[U-98% 13C; U-98% 15N]2
0.5 mMAP2 mu2 148-163natural abundance2
70 mMsodium acetate[U-2H]2
0.5 mMNECAP1[U-98% 13C; U-98% 15N]3
0.5 mMAP2 mu2 148-163[U-98% 13C; U-98% 15N]3
70 mMsodium acetate[U-2H]3
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
UNIO2.8.1Herrmannstructure calculation
Xplor-NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
Amber11Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics3
simulated annealing4
molecular dynamics6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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