PDB-6rgv: Truncated FljB phase 2 flagellin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rgv

タイトル

Truncated FljB phase 2 flagellin

要素

Flagellin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Flagellum / Methylation / Bacterial motility / Cell adhesion

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum filament / TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lunelli, M. / Lokareddy, R.K. / Kolbe, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Methylation of Salmonella Typhimurium flagella promotes bacterial adhesion and host cell invasion.
著者: Horstmann, J.A. / Lunelli, M. / Cazzola, H. / Heidemann, J. / Kuhne, C. / Steffen, P. / Szefs, S. / Rossi, C. / Lokareddy, R.K. / Wang, C. / Lemaire, L. / Hughes, K.T. / Uetrecht, C. / ...

履歴

登録	2019年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rgv.cif.gz	95.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rgv.ent.gz	69.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rgv_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rgv_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	6rgv_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	6rgv_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1io1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gq8-d 3gq7-d 1bwn-1 6d32-d 6z2m-2 903 1b55-1 3kj4-1 3nft-1 6kfk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flagellin

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.468, 38.280, 124.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.540, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Flagellin 分子量: 44605.570 Da / 分子数: 1 / 変異: A190V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌) 株: SL1344 / 遺伝子: fljB, SL1344_2756 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3NEZ8, UniProt: P52616*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.5), 20% (w/v) PEG4000, 24% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 30567 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.561 % / B_iso Wilson estimate: 33.338 Å² / R_merge F obs: 0.118 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 11.25 / Num. measured all: 169968 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	4.651	0.673	2.26	1927	0.752	86
2.05-2.1	4.967	0.507	3.11	2203	0.565	98.8
2.1-2.17	5.128	0.414	3.88	2128	0.461	99.3
2.17-2.23	5.309	0.354	4.45	2079	0.393	99.9
2.23-2.3	5.449	0.272	6.21	2014	0.302	99.7
2.3-2.39	5.557	0.284	5.91	1999	0.314	99.9
2.39-2.48	5.741	0.222	7.36	1846	0.245	100
2.48-2.58	5.812	0.197	8.25	1843	0.217	99.9
2.58-2.69	5.955	0.158	10.32	1763	0.174	99.9
2.69-2.82	5.965	0.132	12.27	1645	0.145	99.8
2.82-2.98	5.935	0.114	14.28	1612	0.126	99.9
2.98-3.16	5.909	0.098	16.07	1523	0.108	99.9
3.16-3.37	5.829	0.084	18.28	1409	0.093	100
3.37-3.64	5.714	0.076	20.47	1318	0.083	99.8
3.64-3.99	5.705	0.066	22.07	1254	0.073	99.9
3.99-4.46	5.692	0.063	23.13	1112	0.069	99.6
4.46-5.15	5.792	0.057	24.15	987	0.063	100
5.15-6.31	5.848	0.056	23.5	853	0.061	99.8
6.31-8.93	5.733	0.045	24.55	664	0.049	99.8
8.93-50	5.418	0.036	25.66	388	0.04	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	December 6, 2010	データ削減
XSCALE	December 6, 2010	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
CNS	1.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IO1

1io1

解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2585	1529	5 %
R_work	0.2127	-	-
obs	-	30567	98.8 %

溶媒の処理

B_sol: 36.0107 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.03 Å² / B_iso mean: 34.7588 Å² / B_iso min: 9.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.642 Å²	0 Å²	-7.643 Å²
2-	-	0.303 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.339 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.32 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	-	0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2938	0	0	299	3237
B_iso mean	-	-	-	35.98	-
残基数	-	-	-	-	406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.325
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	3.258	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	6.73	4.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	4.15	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	7.97	6

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.07	0.3272	136	0.2841	2589	2725	89.5
2.07-2.15	0.2949	153	0.2412	2894	3047	99
2.15-2.25	0.2583	153	0.223	2902	3055	99.8
2.25-2.37	0.3096	153	0.2556	2906	3059	99.9
2.37-2.51	0.3181	153	0.247	2912	3065	99.8
2.51-2.71	0.312	154	0.2521	2927	3081	99.9
2.71-2.98	0.2994	154	0.2343	2930	3084	99.9
2.98-3.41	0.2689	154	0.2244	2933	3087	100
3.41-4.3	0.2276	158	0.1814	2990	3148	99.9
4.3-50	0.1975	161	0.1688	3055	3216	99.9

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)