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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r79 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of IMP-13 metallo-beta-lactamase in apo form (loop open) | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase beta-lactamase | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Zak, K.M. / Softley, C. / Kolonko, M. / Sattler, M. / Popowicz, G.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Molecular Recognition Mechanism of IMP-13 Metallo-beta-Lactamase. 著者: Softley, C.A. / Zak, K.M. / Bostock, M.J. / Fino, R. / Zhou, R.X. / Kolonko, M. / Mejdi-Nitiu, R. / Meyer, H. / Sattler, M. / Popowicz, G.M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 500.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 512.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 24567.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 930分子 












#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-BME / #4: 化合物 | ChemComp-GLY / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→61.55 Å / Num. obs: 67023 / % possible obs: 94.65 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 6850 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6R78 解像度: 1.9→61.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.608 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 141.68 Å2 / Biso mean: 29.658 Å2 / Biso min: 12.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→61.55 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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