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- PDB-6r6o: Recombinantly produced Kusta0087/Kusta0088 Complex, C32G/wt mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r6o
タイトルRecombinantly produced Kusta0087/Kusta0088 Complex, C32G/wt mutant
要素
  • Kusta0088
  • Small soluble cyt c
キーワードELECTRON TRANSPORT / Heme-c / cystein ligation
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / : / Class I small soluble cyt c / Small soluble cyt c
類似検索 - 構成要素
生物種Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Akram, M. / Barends, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A nitric oxide-binding heterodimeric cytochromeccomplex from the anammox bacteriumKuenenia stuttgartiensisbinds to hydrazine synthase.
著者: Akram, M. / Reimann, J. / Dietl, A. / Menzel, A. / Versantvoort, W. / Kartal, B. / Jetten, M.S.M. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small soluble cyt c
B: Kusta0088
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4945
ポリマ－23,2182
非ポリマー1,2763
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.240, 131.450, 45.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Small soluble cyt c


分子量: 12357.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
遺伝子: KSMBR1_3082, kusta0087 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1Q7P4
#2: タンパク質 Kusta0088


分子量: 10861.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
遺伝子: KSMBR1_3083, kusta0088 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1Q7P3
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20-25% PEG3000, 0.1 M Na-Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月1日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→63 Å / Num. obs: 21517 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.5 % / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Num. unique obs: 2996 / Rrim(I) all: 0.96 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6R6M

6r6m


解像度: 1.9→42.854 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.53
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 1081 5.03 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.1832 21508 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1619 0 87 173 1879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9792384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.331015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.98640.3321130.29272522X-RAY DIFFRACTION99
1.9864-2.09110.22871450.21972471X-RAY DIFFRACTION99
2.0911-2.22220.2241220.19832521X-RAY DIFFRACTION100
2.2222-2.39370.21351390.19062524X-RAY DIFFRACTION100
2.3937-2.63460.25731370.19442534X-RAY DIFFRACTION100
2.6346-3.01570.1971460.1842554X-RAY DIFFRACTION100
3.0157-3.79910.19591380.17152582X-RAY DIFFRACTION100
3.7991-42.86440.17951410.16072719X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93440.3574-0.02761.0758-0.8690.76260.004-0.1016-0.2620.05240.01640.184-0.0748-0.0172-0.00030.2153-0.00060.04650.2329-0.00070.29899.33398.4703-3.3893
20.86230.2504-0.33891.2161-0.64280.9471-0.04590.03550.132-0.01970.0045-0.0268-0.04680.00670.00040.1959-0.0034-0.01030.2137-0.02240.214315.972229.2603-14.1948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 25 through 135)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 27 through 126)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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