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- PDB-6r64: N-terminal domain of modification dependent EcoKMcrA restriction ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r64
タイトルN-terminal domain of modification dependent EcoKMcrA restriction endonuclease (NEco) in complex with C5mCGG target sequence
要素
  • 5-methylcytosine-specific restriction enzyme A
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*TP*C)-3')
キーワードHYDROLASE / EcoKMcrA / NEco / N-TERMINAL DOMAIN / MODIFICATION DEPENDENT RESTRICTION / 5-METHYLCYTOSINE / 5MC / 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE / 5HMC / HNH ENDONUCLEASE / BBA-ME NUCLEASE / ScoMcrA
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / methyl-CpG binding / endonuclease activity / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / HNH endonuclease / HNH endonuclease / HNH nucleases / HNH nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Slyvka, A. / Zagorskaite, E. / Czapinska, H. / Sasnauskas, G. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the EcoKMcrA N-terminal domain (NEco): recognition of modified cytosine bases without flipping.
著者: Slyvka, A. / Zagorskaite, E. / Czapinska, H. / Sasnauskas, G. / Bochtler, M.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme A
B: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme A
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9736
ポリマ－46,9736
非ポリマー00
水2,630146
1
A: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme A
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4873
ポリマ－23,4873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme A
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4873
ポリマ－23,4873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.432, 112.432, 155.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 5-methylcytosine-specific restriction enzyme A / EcoKMcrA


分子量: 17368.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: mcrA, rglA, b1159, JW1145 / プラスミド: PET15BM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P24200, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*TP*C)-3')


分子量: 3009.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3108.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.17 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NEco in the crystallization buffer (20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA, 2 mM DTT) was concentrated to 8.7 mg/ml and mixed in the 1:1.2 ratio with 10-mer TCAC5mCGGTTC ...詳細: NEco in the crystallization buffer (20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA, 2 mM DTT) was concentrated to 8.7 mg/ml and mixed in the 1:1.2 ratio with 10-mer TCAC5mCGGTTC oligonucleotide, annealed to its complementary GAAC5mCGTGA strand. Crystals were grown by mixing 1.8 ul of the protein-DNA mixture with 2.2 ul of the condition F1 of the PACT premier crystal screen (MDL) (0.2 M NaF, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG3350). Crystals were cryo-protected by the addition of 25% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→45.55 Å / Num. obs: 17671 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.23 / Rsym value: 0.223 / Net I/σ(I): 12.52
反射 シェル解像度: 2.64→2.8 Å / 冗長度: 16.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 2761 / CC1/2: 0.764 / Rrim(I) all: 1.509 / Rsym value: 1.463 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6GHC

6ghc


解像度: 2.64→45.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 11.193 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22921 884 5 %RANDOM
Rwork0.19052 ---
obs0.19237 16786 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å2-0.87 Å2-0 Å2
2---1.73 Å20 Å2
3---5.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 812 5 141 3278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0173305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.7524632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04836169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.385294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59223.109119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42415417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8981522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3064.7141173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3064.7141172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2587.0671468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2577.0671469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8946.2132132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8946.2172133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2999.3463165
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.94358.9273919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.91558.8593889
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.639→2.708 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 63 -
Rwork0.3 1193 -
obs--98.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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