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- PDB-6r58: Crystal structure of PPEP-1(E143A/Y178F/E184A) in complex with su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r58
タイトルCrystal structure of PPEP-1(E143A/Y178F/E184A) in complex with substrate peptide Ac-EVNAPVP-CONH2
要素
  • ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
  • Pro-Pro endopeptidase
キーワードHYDROLASE / Pro-Pro endopeptidase 1 / zinc metallopeptidase / Clostridium difficile / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Pro-Pro endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pichlo, C. / Baumann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular determinants of the mechanism and substrate specificity ofClostridium difficileproline-proline endopeptidase-1.
著者: Pichlo, C. / Juetten, L. / Wojtalla, F. / Schacherl, M. / Diaz, D. / Baumann, U.
履歴
登録2019年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-Pro endopeptidase
B: Pro-Pro endopeptidase
C: Pro-Pro endopeptidase
D: Pro-Pro endopeptidase
E: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
F: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
I: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
G: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,75613
ポリマ－90,4068
非ポリマー3505
水8,071448
1
A: Pro-Pro endopeptidase
E: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6673
ポリマ－22,6012
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9200 Å2
手法PISA
2
B: Pro-Pro endopeptidase
F: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6963
ポリマ－22,6012
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
3
C: Pro-Pro endopeptidase
I: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6673
ポリマ－22,6012
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
4
D: Pro-Pro endopeptidase
G: ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7264
ポリマ－22,6012
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.995, 73.322, 237.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFIG

#1: タンパク質
Pro-Pro endopeptidase / PPEP-1 / Zinc metalloprotease Zmp1


分子量: 21851.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: zmp1, ppep-1, CD630_28300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q183R7, Pro-Pro endopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド
ACE-GLU-VAL-ASN-ALA-PRO-VAL-LPD


分子量: 749.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 453分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F E184A with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 2 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 9.0, 2 M ...詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F E184A with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 2 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 9.0, 2 M ammonium phosphate dibasic. Reservoir volume: 200 microl

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.125 Å / Num. obs: 60403 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 15.64
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3409: ???)精密化
XDS20161205データ削減
XDS20161205データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A0P

5a0p


解像度: 1.9→46.125 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 1990 3.3 %
Rwork0.1897 --
obs0.1905 60380 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6238 0 9 448 6695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.628699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5123833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.35241380.31314127X-RAY DIFFRACTION100
1.9475-2.00020.30921390.26144062X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.0590.23841420.24134142X-RAY DIFFRACTION100
2.059-2.12550.2391390.21974080X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.20150.24171390.214096X-RAY DIFFRACTION100
2.2015-2.28960.25631430.21324164X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.39380.23261410.20034141X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.520.2571410.19644141X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.67790.22611420.19794150X-RAY DIFFRACTION100
2.6779-2.88460.2211410.19744147X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.17480.20851430.1974183X-RAY DIFFRACTION100
3.1748-3.63410.19451440.17394217X-RAY DIFFRACTION100
3.6341-4.57790.1631460.14934261X-RAY DIFFRACTION100
4.5779-46.13880.18711520.17144479X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7611-0.14520.03541.72850.40392.1296-0.0233-0.01380.0493-0.02140.0288-0.0697-0.09840.10250.00070.16750.0043-0.01640.10090.01730.15729.2456.978510.1399
22.61960.1940.53162.21990.27583.7413-0.0866-0.16260.00190.01330.1089-0.06710.03590.2144-0.0190.1647-0.0093-0.00580.18660.0250.174112.990623.700248.6999
32.61390.12930.24541.74270.07132.4654-0.0809-0.12170.07010.04480.0993-0.0173-0.24290.0155-0.01940.18260.0087-0.00730.10750.00810.16369.347543.401210.3669
43.134-0.0445-0.04641.7120.00554.1888-0.0891-0.259-0.07720.08610.03880.01560.0375-0.37850.03380.165-0.0054-0.01450.1983-0.01630.18798.813-11.538745.8626
54.2483-0.86110.30972.9872-0.93813.3447-0.134-0.55760.14770.19250.19790.3032-0.0201-0.4605-0.04710.1906-0.0043-0.00460.28030.00470.2003-7.40784.057119.213
62.8143-0.23360.11331.70650.38173.34-0.08960.13350.1741-0.0560.00740.15860.0126-0.29110.0940.207-0.0192-0.00150.25360.05270.2519-3.214130.412941.6792
73.7564-0.5360.1772.3594-0.83793.6602-0.1738-0.63170.00210.26190.18940.2339-0.2392-0.63370.00330.20110.0487-0.00330.39240.02620.2069-7.157242.356319.8665
84.68730.00750.09223.82130.36693.74480.05350.6234-0.1551-0.20120.0136-0.13230.08420.5317-0.05530.1910.0117-0.00720.2865-0.02130.228424.7751-17.693838.9146
94.25690.6103-1.90186.6386-2.619.73750.41270.16960.4992-0.4774-0.07570.6671-0.2528-0.4801-0.38590.37710.0328-0.05010.2091-0.01450.34383.45314.729715.0464
103.9775-0.86451.29782.476-4.36397.75620.1162-0.1247-0.4476-0.15770.07310.65630.2407-0.6442-0.13380.444-0.0930.0190.3092-0.02590.31057.034918.919540.7886
111.478-2.0179-3.16593.84666.16219.87390.12130.15170.38360.07820.6048-0.90210.05050.4227-0.56140.40450.0208-0.02520.232-0.00730.325414.2991-5.757837.6673
121.64740.4258-1.05112.8555-0.67434.05030.45310.44720.6567-0.04160.12840.2272-0.1303-0.545-0.5971.04850.2884-0.13770.69550.06290.5313.919752.102314.7339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 30 through 151)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 29 through 151)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 29 through 151)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 23 through 151)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'A' and resid 152 through 220)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'B' and resid 152 through 220)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'C' and resid 152 through 220)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'D' and resid 152 through 220)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'E' )
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'F' )
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'G' )
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'I' )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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