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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r58 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PPEP-1(E143A/Y178F/E184A) in complex with substrate peptide Ac-EVNAPVP-CONH2 | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Pro-Pro endopeptidase 1 / zinc metallopeptidase / Clostridium difficile / virulence factor | ||||||
機能・相同性 | ![]() Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pichlo, C. / Baumann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular determinants of the mechanism and substrate specificity ofClostridium difficileproline-proline endopeptidase-1. 著者: Pichlo, C. / Juetten, L. / Wojtalla, F. / Schacherl, M. / Diaz, D. / Baumann, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 389.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6r4wC ![]() 6r4xC ![]() 6r4yC ![]() 6r4zC ![]() 6r50C ![]() 6r51C ![]() 6r52C ![]() 6r53C ![]() 6r54C ![]() 6r55C ![]() 6r56C ![]() 6r57C ![]() 6r59C ![]() 6r5aC ![]() 6r5bC ![]() 6r5cC ![]() 6r9zC ![]() 5a0pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFIG
#1: タンパク質 | 分子量: 21851.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: zmp1, ppep-1, CD630_28300 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 749.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 453分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-NI / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F E184A with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 2 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 9.0, 2 M ...詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F E184A with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 2 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 9.0, 2 M ammonium phosphate dibasic. Reservoir volume: 200 microl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.125 Å / Num. obs: 60403 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 15.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.968 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5A0P 解像度: 1.9→46.125 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.125 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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