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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r56 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PPEP-1(K101E/E184K) | ||||||
要素 | Pro-Pro endopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Pro-Pro endopeptidase 1 / zinc metallopeptidase / Clostridium difficile / virulence factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Peptoclostridium difficile (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Pichlo, C. / Baumann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019 タイトル: Molecular determinants of the mechanism and substrate specificity ofClostridium difficileproline-proline endopeptidase-1. 著者: Pichlo, C. / Juetten, L. / Wojtalla, F. / Schacherl, M. / Diaz, D. / Baumann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r56.cif.gz | 238 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r56.ent.gz | 193.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r56.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r56_validation.pdf.gz | 443.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r56_full_validation.pdf.gz | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6r56_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r56_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r56 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6r4wC 6r4xC 6r4yC 6r4zC 6r50C 6r51C 6r52C 6r53C 6r54C 6r55C 6r57C 6r58C 6r59C 6r5aC 6r5bC 6r5cC 6r9zC 5a0pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21983.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア) 遺伝子: zmp1, ppep-1, CD630_28300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q183R7, Pro-Pro endopeptidase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.54 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2 microl 12 mg per ml rPPEP-1 K101E E184K in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 1 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 8.5, 2.55 M ammonium phosphate dibasic. ...詳細: 2 microl 12 mg per ml rPPEP-1 K101E E184K in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 1 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 8.5, 2.55 M ammonium phosphate dibasic. Reservior volume: 200 microl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→44.85 Å / Num. obs: 34603 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 12.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.833 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5A0P 解像度: 1.77→44.848 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 18.45
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→44.848 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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