PDB-6r51: Crystal structure of apo PPEP-1(E143A/Y178F) in complex with fibr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r51

タイトル

Crystal structure of apo PPEP-1(E143A/Y178F) in complex with fibrinogen-derived substrate peptide Ac-SLRPAPP-CONH2

要素

ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD
Pro-Pro endopeptidase

キーワード

HYDROLASE / Pro-Pro endopeptidase 1 / zinc metallopeptidase / Clostridium difficile / virulence factor

機能・相同性

機能・相同性情報

Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Peptoclostridium difficile (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Pichlo, C. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular determinants of the mechanism and substrate specificity ofClostridium difficileproline-proline endopeptidase-1.
著者: Pichlo, C. / Juetten, L. / Wojtalla, F. / Schacherl, M. / Diaz, D. / Baumann, U.

履歴

登録	2019年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r51.cif.gz	354.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r51.ent.gz	294.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r51_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r51_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	6r51_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	6r51_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r4wC 6r4xC 6r4yC 6r4zC 6r50C 6r52C 6r53C 6r54C 6r55C 6r56C 6r57C 6r58C 6r59C 6r5aC 6r5bC 6r5cC 6r9zC 5a0pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r59-1 6r57-1 6r58-2 6r5a-2 5a0r-1 6r5c-2 6r58-4 5a0x-2 6svw-d 5a0r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Pro-Pro endopeptidase

E: ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD

A: Pro-Pro endopeptidase

C: Pro-Pro endopeptidase

D: ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD

F: ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD

ヘテロ分子

68.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Pro-Pro endopeptidase

E: ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The peptide is proteolytically cleaved by PPEP-1 implying that the peptide has to form a complex with the protease
22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Pro-Pro endopeptidase

D: ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pro-Pro endopeptidase

F: ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.189, 75.069, 140.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pro-Pro endopeptidase / PPEP-1 / Zinc metalloprotease Zmp1 分子量: 21909.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア) 遺伝子: zmp1, ppep-1, CD630_28300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q183R7, Pro-Pro endopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド	ACE-SER-LEU-ARG-PRO-ALA-PRO-LPD 分子量: 762.921 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 2 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 8.5, 2.1 M ...詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 2 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 8.5, 2.1 M ammonium phosphate dibasic. Reservoir volume: 200 microl

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.76 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 2 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 8.5, 2.1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→48.489 Å / Num. obs: 56159 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / Num. unique obs: 5517

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15_3448: ???)	精密化
XDS	25-Oct-2015	データ削減
XDS	25-Oct-2015	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5A0P

5a0p

解像度: 1.94→48.489 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 16.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1787	1987	3.54 %
R_work	0.1545	-	-
obs	0.1554	56155	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→48.489 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4765	0	5	432	5202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4906
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	6641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.59	2941
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	723
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9402-1.9888	0.2449	146	0.2248	3806	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9888-2.0425	0.2505	136	0.1988	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0425-2.1026	0.191	143	0.1823	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1026-2.1705	0.2124	138	0.1688	3803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1705-2.2481	0.1916	141	0.1575	3882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2481-2.3381	0.1863	144	0.1498	3836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3381-2.4445	0.1813	140	0.1431	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4445-2.5734	0.1627	139	0.1451	3863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5734-2.7346	0.16	148	0.1493	3854	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7346-2.9457	0.1967	138	0.1605	3872	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9457-3.2421	0.2093	145	0.159	3895	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2421-3.7111	0.1691	139	0.143	3896	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7111-4.675	0.1471	145	0.1252	3892	X-RAY DIFFRACTION	98
4.675-48.5043	0.1623	145	0.1668	4035	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5428	-0.3769	0.3767	1.4667	-0.7094	1.8544	0.0037	-0.0356	-0.1443	0.0011	0.0171	0.0342	0.0626	-0.0781	-0.0157	0.1934	-0.0031	0.0132	0.1421	-0.0111	0.2117	-4.0491	6.4768	99.5733
2	2.2456	0.1967	0.1148	3.5081	0.3332	1.204	0.0524	-0.0355	0.1805	-0.1508	-0.0354	-0.2022	-0.1437	0.11	0.0059	0.2006	-0.0107	0.0237	0.1506	-0.007	0.2149	9.7085	18.8514	99.6278
3	1.5602	-0.3467	-0.3907	0.9943	0.5442	2.676	0.0807	0.1316	0.1493	-0.0878	-0.0733	0.0353	-0.2071	-0.1305	-0.0012	0.1868	0.0161	0.0151	0.1881	0.0155	0.2084	-8.354	30.5685	70.165
4	2.844	-0.6752	-0.5568	1.9947	0.2814	2.9281	0.1228	0.0655	0.1576	-0.1011	0.039	-0.1549	-0.1052	0.2459	-0.1624	0.1886	0.0087	0.0224	0.2705	-0.0046	0.2269	9.257	25.0141	68.3297
5	2.0332	-0.1885	-0.8226	0.4545	0.2457	1.275	0.0506	0.2127	0.098	-0.0959	-0.0102	0.028	-0.104	-0.3287	-0.0391	0.2106	0.0277	-0.0443	0.2385	-0.0039	0.198	8.3099	15.7085	35.2073
6	2.4606	0.2208	0.6298	2.1294	-0.7883	2.6786	0.0587	0.1167	-0.3743	-0.0823	0.0578	0.1029	0.3049	-0.2194	-0.0925	0.2163	-0.0305	-0.0233	0.2295	-0.0339	0.278	9.2211	2.2786	48.3729

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:157)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 158:220)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 25:157)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 158:220)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 26:155)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 156:220)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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