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- PDB-6r1l: Crystal structure of LmrR with bound copper phenanthroline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r1l
タイトルCrystal structure of LmrR with bound copper phenanthroline
要素Transcriptional regulator, PadR-like familyTranscriptional regulation
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / PadR family (PPPoE) / transcriptional regulator / artificial metalloenzyme / phenanthroline
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / フェナントロリン / Transcriptional regulator, PadR-like family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Reddem, R. / Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research オランダ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Cofactor Binding Dynamics Influence the Catalytic Activity and Selectivity of an Artificial Metalloenzyme.
著者: Villarino, L. / Chordia, S. / Alonso-Cotchico, L. / Reddem, E. / Zhou, Z. / Thunnissen, A.M.W.H. / Marechal, J.D. / Roelfes, G.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0093
ポリマ－14,7651
非ポリマー2442
水39622
1
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0176
ポリマ－29,5302
非ポリマー4884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.851, 34.851, 177.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

CU

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family / Transcriptional regulation


分子量: 14764.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LmrR carrying a C-terminal strep-tag
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物 ChemComp-PHN / 1,10-PHENANTHROLINE / 1,10-フェナントロリン / フェナントロリン


分子量: 180.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8N2
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM cacodylate, 300 mM sodium acetate, 25% PEG 200 MME, 5 mM Cu-phenanthroline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→34.85 Å / Num. obs: 7167 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.09-2.169.40.9325560.8110.3120.98498.3
8.89-34.856.70.051350.9990.0190.05499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc1_3161精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F8C

3f8c


解像度: 2.095→34.198 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 25.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 1232 10.04 %
Rwork0.2012 --
obs0.2063 12273 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.08 Å2 / Biso mean: 45.1711 Å2 / Biso min: 20.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.095→34.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数824 0 15 22 861
Biso mean--70.05 43.12 -
残基数----100
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0952-2.17910.30681370.27021235137298
2.1791-2.27820.29551300.235612121342100
2.2782-2.39830.29361340.239812181352100
2.3983-2.54850.32071460.233912181364100
2.5485-2.74520.24681410.219312521393100
2.7452-3.02130.29281380.207712091347100
3.0213-3.45810.24151330.201712481381100
3.4581-4.35550.20681410.17312281369100
4.3555-34.20240.23061320.185812211353100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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