PDB-4zzd: CRYSTAL STRUCTURE OF MULTIDRUG RESISTANCE REGULATOR LMRR BOUND TO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zzd

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MULTIDRUG RESISTANCE REGULATOR LMRR BOUND TO RIBOFLAVIN

要素

TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY

キーワード

TRANSCRIPTION / WINGED HELIX TURN HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR / MULTIDRUG BINDING / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.351 Å

データ登録者

Madoori, P.K. / Thunnissen, A.-M.W.H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Binding of the Lactococcal Drug Dependent Transcriptional Regulator LmrR to Its Ligands and Responsive Promoter Regions.
著者: van der Berg, J.P. / Madoori, P.K. / Komarudin, A.G. / Thunnissen, A.M. / Driessen, A.J.

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zzd.cif.gz	57.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zzd.ent.gz	41.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f8b 3f8c 3f8f
類似構造データ	3f8b-1 3nzn-d 3ufe-d 3m7j-2 6fuu-1 6r1l-1 3c30-d 4yoe-d 6l6a-1 3m58-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY

ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.215, 35.215, 179.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: C₂ (2回回転対称))

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- RBF
2	1	A-201- RBF

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY 分子量: 13478.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌) 遺伝子: llmg_0323 / プラスミド: PNSC8048 発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 (乳酸菌) 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M TRIS-HCL, 17% PEG 2000 MME, 0.2M TRI-METHYLAMINE N-OXIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.351→34.5 Å / Num. obs: 5144 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.53 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.351→30.36 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	237	4.61 %	Random selection
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.21	5144	97.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.06 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5871 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.5871 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1742 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.351→30.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	809	0	27	15	851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	879
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	1187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.505	324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	140

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.351-2.961	0.3657	115	0.2273	2361	X-RAY DIFFRACTION	98
2.961-30.3638	0.2386	122	0.1988	2546	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.862	-3.5808	3.3577	6.7373	-3.264	3.7211	0.1946	0.2664	0.2345	-0.5469	-0.0912	0.3523	0.5203	-0.1127	-0.1981	0.3597	-0.068	-0.0349	0.256	0.0727	0.1957	0.7725	1.0433	99.2036
2	4.8452	-1.8109	-0.5778	4.3785	-1.6753	3.9027	-0.0808	-0.3055	0.5453	0.3705	0.413	0.6763	-0.8846	-0.3293	-0.0307	0.2968	0.0351	-0.0776	0.1565	0.0105	0.3139	1.2853	6.4915	109.7256
3	4.1773	-2.3329	-1.748	2.6469	0.3099	5.8121	-0.0776	0.0806	-0.2343	0.0273	0.1536	0.5775	-0.2651	-0.4861	-0.092	0.2027	-0.0423	-0.0404	0.1075	0.0872	0.2239	-3.3601	-6.982	105.9624
4	0.9526	-0.0521	-0.3344	3.6952	-0.3376	1.9028	-0.0259	-0.2405	-0.1453	0.3056	0.1043	0.0883	-0.0071	-0.038	0.3256	0.1582	0.0299	-0.0158	0.1957	0.2696	0.1978	5.6869	-9.0313	111.9564
5	1.056	-0.665	0.2786	3.5396	-3.5465	5.1442	-0.5405	-0.1011	0.3267	0.0467	-0.3272	-0.8307	-0.2136	0.6176	0.3748	0.2008	-0.0859	-0.0492	0.4355	0.0268	0.2938	11.1163	0.3781	88.0822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:23)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 24:46)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 47:59)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 60:82)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 83:108)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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