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- PDB-6qzk: Structure of Clostridium butyricum Argonaute bound to a guide DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qzk
タイトルStructure of Clostridium butyricum Argonaute bound to a guide DNA (5' deoxycytidine) and a 19-mer target DNA
要素
  • Clostridium butyricum Argonaute
  • DNA target (5'-D(T*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
  • siDNA guide (5'-D(P*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / Argonaute / pAgo / AGO / CbAgo
機能・相同性FORMIC ACID / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Clostridium butyricum (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.548 Å
データ登録者Swarts, D.C. / Jinek, M. / Hegge, J.W. / Van der Oost, J.
資金援助 スイス, オランダ, 6件
組織認可番号国
European Molecular Biology OrganizationALTF 179-2015 スイス
European Molecular Biology OrganizationaALTF 509-2017 スイス
Swiss National Science FoundationSNSF 31003A_149393 スイス
Netherlands Organisation for Scientific Research711013002 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research714.015.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research016.Veni.192.072 オランダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: DNA-guided DNA cleavage at moderate temperatures by Clostridium butyricum Argonaute.
著者: Hegge, J.W. / Swarts, D.C. / Chandradoss, S.D. / Cui, T.J. / Kneppers, J. / Jinek, M. / Joo, C. / van der Oost, J.
履歴
登録2019年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clostridium butyricum Argonaute
B: siDNA guide (5'-D(P*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
C: DNA target (5'-D(T*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3389
ポリマ－98,0843
非ポリマー2546
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Momomeric CbAgo bound to a siDNA guide and target DNA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area38180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.450, 181.450, 142.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Clostridium butyricum Argonaute


分子量: 85827.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D541A, D611A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium butyricum (バクテリア)
プラスミド: pML-1M / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 siDNA guide (5'-D(P*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 6573.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA target (5'-D(T*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')


分子量: 5683.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaForm, Nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.548→76.606 Å / Num. obs: 17344 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 110.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2808 / Rrim(I) all: 0.2845 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル解像度: 3.548→3.675 Å / 冗長度: 38 % / Rmerge(I) obs: 1.876 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 1696 / CC1/2: 0.861 / Rrim(I) all: 1.907 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GQ9

5gq9


解像度: 3.548→76.606 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 1729 9.98 %
Rwork0.2473 --
obs0.2501 17332 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.548→76.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6033 697 16 3 6749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.729503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7784063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.548-3.65240.3531400.33161267X-RAY DIFFRACTION100
3.6524-3.77030.3471410.3171270X-RAY DIFFRACTION100
3.7703-3.9050.37691410.31231266X-RAY DIFFRACTION100
3.905-4.06140.31891410.28761272X-RAY DIFFRACTION100
4.0614-4.24620.28891430.27171286X-RAY DIFFRACTION100
4.2462-4.470.26531420.25371279X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.75010.26441420.23721277X-RAY DIFFRACTION100
4.7501-5.11670.23981440.22171301X-RAY DIFFRACTION100
5.1167-5.63150.29811450.24521300X-RAY DIFFRACTION100
5.6315-6.44610.31261450.2641308X-RAY DIFFRACTION100
6.4461-8.11990.26441490.25131338X-RAY DIFFRACTION100
8.1199-76.62410.21441560.19131439X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7647-1.42671.25444.01781.21442.6674-0.20160.0882-0.0781-0.4615-0.0858-1.2441-0.0522-0.0770.12520.8494-0.12410.16880.80770.04361.3008-62.2079-5.8317-14.636
23.95681.3593-0.4725.2460.90811.3205-0.1040.35130.195-0.20890.1998-0.8022-0.19290.2468-0.11180.65160.10450.03040.6969-0.01990.9622-66.9043-19.6609-17.5354
37.42871.71021.73265.8212.02945.4896-0.3092-0.95820.73821.47670.13870.79140.95781.46880.36611.01770.0586-0.20291.3662-0.23911.4272-60.9519-27.2703-0.4555
43.7866-0.2187-1.60691.1251-0.53651.04140.137-0.11320.51690.84940.8527-1.2787-0.34110.7125-0.81831.0554-0.0252-0.20680.7758-0.18891.1153-78.8635-26.3088-1.1147
52.48531.69052.57671.23371.65253.746-0.15611.4059-0.0196-0.471-0.41160.45870.18810.7551.2481.2330.360.00131.5240.07711.1265-84.7183-8.4615-9.6263
62.0111-0.40410.9242.8910.74832.6279-0.72560.16980.30951.21520.02160.2768-0.0145-0.13940.50381.5384-0.0934-0.20170.7827-0.12611.5032-87.1049-14.6922-7.3507
75.2433-1.4163-2.28183.73722.88072.51330.21630.33430.40750.12850.18480.0479-0.61010.2875-0.27281.29720.04-0.09760.77410.02221.0444-66.8648-32.66181.4593
82.1846-1.08070.35942.5958-0.57130.114-0.02860.04830.50890.1902-0.1377-0.5695-0.2349-0.010.2350.8705-0.0611-0.12890.5725-0.1621.0527-100.9735-17.2168-17.4378
93.138-1.7268-0.08733.4673-0.93274.265-0.2518-0.20360.7440.05230.16081.1085-0.0287-0.16330.27520.6676-0.0558-0.05020.536-0.06521.0144-108.0867-16.9239-16.9356
100.8228-0.3720.29971.89650.46771.8651-0.0109-0.11860.19610.5743-0.00320.00120.4273-0.2246-0.17960.8291-0.04050.08940.6243-0.03830.769-94.508-26.5964.2295
111.75520.4177-0.21741.62640.92650.6394-0.12230.0146-0.17960.43510.1209-0.24210.21490.1975-0.09930.88040.0899-0.0880.6050.10310.9193-75.5759-28.4639-2.3066
121.2562-2.02430.13983.7744-0.39790.0881-0.2387-0.04881.21640.50180.4778-2.4705-0.06350.577-0.27351.01090.2486-0.26051.3168-0.40991.7342-43.5839-22.2187.6859
132.1326-1.2080.84772.55380.26473.0623-0.0947-0.422-0.0925-0.07150.4775-0.7511-0.05230.1884-0.20890.7797-0.0543-0.14650.7853-0.14871.6449-52.8467-21.46360.4124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 544 through 617 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 618 through 748 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 5 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 6 through 10 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 11 through 17 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid -18 through -9 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -8 through -1 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1 through 48 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 49 through 108 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 109 through 237 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 238 through 400 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 401 through 449 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 450 through 543 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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