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- PDB-6qxh: Crystal structure of His-tag human thymidylate synthase (HT-hTS) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qxh
タイトルCrystal structure of His-tag human thymidylate synthase (HT-hTS) in complex with dUMP
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / human thymidylate synthase / folate pathway / substrate / dUMP
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methylation / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Pozzi, C. / Mangani, M.
資金援助1件
組織認可番号
European UnionLSH-2005-2.2.0-8
引用ジャーナル: Molecules / : 2019
タイトル: Structural Comparison ofEnterococcus faecalisand Human Thymidylate Synthase Complexes with the Substrate dUMP and Its Analogue FdUMP Provides Hints about Enzyme Conformational Variabilities.
著者: Pozzi, C. / Ferrari, S. / Luciani, R. / Tassone, G. / Costi, M.P. / Mangani, S.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8069
ポリマ-111,6443
非ポリマー1,1626
3,693205
1
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1876
ポリマ-74,4292
非ポリマー7584
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
2
C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2386
ポリマ-74,4292
非ポリマー8084
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.110, 61.590, 101.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TSase


分子量: 37214.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 5種, 211分子

#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 27-30 % wt/vol PEG4000, 30 mM ammonium sulfate and 0.1 M TRIS, pH 9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→34.19 Å / Num. obs: 62630 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 43.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 9114 / CC1/2: 0.937 / Rpim(I) all: 0.206 / Rrim(I) all: 0.528 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HWY
解像度: 2.04→34.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 16.95 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.175
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23676 4434 7.1 %RANDOM
Rwork0.18665 ---
obs0.19031 58183 96.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å22.87 Å2
2---2.98 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.356 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→34.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6804 0 73 205 7082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0127060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.941.6369580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8945859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94321.952374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.645151115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9811546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6393.723445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6695.5694301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2533.8753615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.16750.44710578
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 310 -
Rwork0.357 4281 -
obs--96.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45220.25420.76121.9707-3.07828.0309-0.09710.0274-0.02090.04740.0586-0.065-0.4411-0.01970.03840.3580.0357-0.08190.38320.06520.3356-28.362314.446518.3248
25.7255-0.0555-4.51246.4281-1.13863.8977-0.3656-1.84740.4392-0.61490.4472-0.45290.26951.5267-0.08160.257-0.0315-0.18260.91610.0370.3208-25.72566.333634.4364
31.9251-0.75611.35830.943-1.78653.49330.10190.09240.1710.1164-0.16450.0239-0.30760.52060.06260.40060.042-0.22560.5290.0710.2456-33.61049.188224.9793
46.1382-1.22560.21190.89030.08120.0319-0.0330.563-0.04820.03380.0366-0.0969-0.0120.0534-0.00370.35630.0269-0.14340.58380.02450.1636-31.19314.05549.6204
54.07350.5985-3.20952.3154-0.6122.548-0.12440.3111-0.3763-0.3135-0.09090.09020.1084-0.18540.21530.35530.0151-0.23970.3549-0.19740.4115-41.6417-9.881314.2442
61.467-3.3503-1.11947.71172.5881.42720.00730.1768-0.4402-0.1479-0.45870.8517-0.35340.07490.45140.34060.0392-0.04310.2718-0.03330.7672-35.5352-14.188216.0305
79.2692-0.5767-0.77627.2557-2.61851.49050.1207-0.1883-0.370.3832-0.2831-0.293-0.24010.18090.16250.29110.0224-0.16120.17450.00620.5459-37.2099-20.751930.2598
84.3503-4.8682-1.35989.8598-0.5441.4069-0.31430.2399-0.4850.37360.16340.36820.0966-0.24410.15090.2881-0.0026-0.18790.2815-0.09570.5722-43.9589-13.841724.0512
92.64540.81721.41330.50610.44520.75760.10980.2306-0.65270.22650.18720.0350.03030.1274-0.2970.43390.0339-0.08060.1790.00840.6378-52.574-9.786223.9081
100.1021-0.4-0.09348.37542.96541.08290.22310.0450.01450.2787-0.0988-0.3130.2581-0.036-0.12430.78270.0016-0.0510.16210.01820.4367-50.3776-21.030421.6734
110.08470.59610.193612.2335-3.27443.5744-0.05060.0228-0.0143-0.3460.37510.9351-0.07290.0666-0.32450.2680.0163-0.17470.2459-0.00280.561-57.0303-10.408221.0341
122.8689-0.44380.80630.11480.16223.00290.1720.3436-0.4335-0.0296-0.02420.1028-0.0646-0.3295-0.14780.32480.0377-0.28620.50260.03320.4275-58.43966.17616.3036
130.92481.8192-0.56967.5141-1.9540.52950.161-0.1202-0.47620.0481-0.17010.3165-0.06440.03830.00910.320.0787-0.13650.2180.11420.6534-47.5526-6.682230.36
144.3981-5.05932.99937.7381-5.29223.9759-0.16530.2841-0.24130.1043-0.04540.0765-0.0566-0.04040.21070.35080.0412-0.13310.35290.0340.2978-47.56686.579620.7607
151.7865-0.0704-0.0140.0624-0.08521.1605-0.07020.1597-0.11870.004-0.06140.05030.12090.04690.13160.41660.0573-0.22390.47810.01240.2714-38.74435.280418.6799
162.1477-0.9915-2.42340.80240.80923.01640.1629-0.11730.2057-0.1329-0.1292-0.3078-0.19050.2913-0.03370.3172-0.0016-0.1640.52390.15020.3086-21.31548.862114.164
171.0853-2.14050.72425.6729-0.80660.75610.2870.413-0.3598-0.4113-0.12570.82520.21640.5702-0.16130.26660.1205-0.17810.6621-0.18010.2758-47.4923-2.20512.6842
1813.03660.3711-1.84720.6827-0.92471.4007-0.03450.0789-0.1419-0.0374-0.0701-0.03410.05890.06830.10460.4490.0496-0.12690.4569-0.11350.2242-39.1622-1.4471.1131
197.05281.98335.30651.1412.48525.7612-0.14610.00860.2202-0.22320.1057-0.0801-0.33010.10190.04040.3540.08120.07680.4720.05270.2812-23.96183.55096.6689
206.13083.1149-6.42151.801-3.64117.3949-0.07990.114-0.16950.06280.0025-0.0481-0.1111-0.08380.07750.34510.05220.05970.33050.01880.2558-22.5837-3.750921.4404
211.3428-2.03110.47173.183-0.59290.3101-0.1875-0.06690.28880.23850.136-0.5281-0.1406-0.02530.05150.40030.0355-0.27590.33270.00650.5515-41.284328.096135.5164
225.2653.53716.72532.51224.60798.6573-0.29210.219-0.0159-0.37180.3824-0.1207-0.54970.3846-0.09030.536-0.13160.00210.3647-0.04780.5322-46.731427.904823.6051
2311.956113.4061.996715.03572.20224.63730.09710.00960.02980.1276-0.01160.0071-0.0417-0.2402-0.08550.36870.0687-0.08610.29550.10750.3383-57.481221.745517.1349
241.2446-0.04030.03341.2566-0.20611.3612-0.149-0.01420.2014-0.11120.0444-0.1775-0.23280.18640.10460.42180.0706-0.26030.37080.02490.2551-47.388720.440332.2843
254.76263.387-0.32696.4728-2.02120.8157-0.0211-0.34260.5660.69890.03940.4283-0.3484-0.0638-0.01830.49620.0722-0.16230.412-0.01640.2589-53.75226.006743.829
260.1384-0.04690.19350.65561.38613.5679-0.3679-0.2344-0.1840.29710.30780.25480.11590.42070.06010.6760.53530.31670.57530.43020.3997-59.07389.838646.1737
272.0371.16711.20433.53322.39333.4782-0.2961-0.1718-0.17670.10080.1850.4697-0.4339-0.08490.11120.2920.22010.04210.35720.18340.4126-67.22513.502144.0943
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602.02022.0466-2.9686.1994-8.917812.83760.2709-0.0777-0.24970.5345-0.05160.1884-0.76990.1353-0.21930.35060.0506-0.14010.38690.01380.3548-66.209815.44189.9419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3A51 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4A69 - 81
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13X-RAY DIFFRACTION13A178 - 192
14X-RAY DIFFRACTION14A193 - 205
15X-RAY DIFFRACTION15A206 - 262
16X-RAY DIFFRACTION16A263 - 277
17X-RAY DIFFRACTION17A278 - 293
18X-RAY DIFFRACTION18A294 - 299
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20X-RAY DIFFRACTION20A307 - 313
21X-RAY DIFFRACTION21B26 - 34
22X-RAY DIFFRACTION22B35 - 43
23X-RAY DIFFRACTION23B44 - 49
24X-RAY DIFFRACTION24B50 - 73
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27X-RAY DIFFRACTION27B99 - 114
28X-RAY DIFFRACTION28B115 - 122
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30X-RAY DIFFRACTION30B131 - 148
31X-RAY DIFFRACTION31B149 - 161
32X-RAY DIFFRACTION32B162 - 182
33X-RAY DIFFRACTION33B183 - 189
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36X-RAY DIFFRACTION36B261 - 270
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38X-RAY DIFFRACTION38B283 - 290
39X-RAY DIFFRACTION39B291 - 306
40X-RAY DIFFRACTION40B307 - 313
41X-RAY DIFFRACTION41C26 - 34
42X-RAY DIFFRACTION42C35 - 39
43X-RAY DIFFRACTION43C40 - 48
44X-RAY DIFFRACTION44C49 - 54
45X-RAY DIFFRACTION45C55 - 68
46X-RAY DIFFRACTION46C69 - 99
47X-RAY DIFFRACTION47C100 - 110
48X-RAY DIFFRACTION48C111 - 121
49X-RAY DIFFRACTION49C122 - 144
50X-RAY DIFFRACTION50C145 - 153
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52X-RAY DIFFRACTION52C166 - 182
53X-RAY DIFFRACTION53C183 - 189
54X-RAY DIFFRACTION54C190 - 198
55X-RAY DIFFRACTION55C199 - 267
56X-RAY DIFFRACTION56C268 - 274
57X-RAY DIFFRACTION57C275 - 293
58X-RAY DIFFRACTION58C294 - 298
59X-RAY DIFFRACTION59C299 - 304
60X-RAY DIFFRACTION60C305 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る