PDB-6qvp: Crystal structure of the peptidoglycan-binding domain of SiiA fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qvp

タイトル

Crystal structure of the peptidoglycan-binding domain of SiiA from Salmonella enterica

要素

Inner membrane protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OmpA-like domain / Peptidoglycan binding / periplasmic / Salmonella / T1SS

機能・相同性

membrane / PHOSPHATE ION / Membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kirchweger, P. / Muller, Y.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of SiiA, an auxiliary protein from the SPI4-encoded type 1 secretion system from Salmonella enterica.
著者: Kirchweger, P. / Weiler, S. / Egerer-Sieber, C. / Blasl, A.T. / Hoffmann, S. / Schmidt, C. / Sander, N. / Merker, D. / Gerlach, R.G. / Hensel, M. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2019年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qvp.cif.gz	376.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qvp.ent.gz	318 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qvp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qvp_validation.pdf.gz	479 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qvp_full_validation.pdf.gz	487.2 KB	表示
XML形式データ	6qvp_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	6qvp_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2h56-3 3gaj-d 1kea-d 6aw1-d 6gz1-d 2yj7-d 3vaw-d 5gro-d 5t9p-6 6ewp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inner membrane protein

E: Inner membrane protein

C: Inner membrane protein

D: Inner membrane protein

B: Inner membrane protein

F: Inner membrane protein

ヘテロ分子

71.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inner membrane protein

B: Inner membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer
24 kDa, 2 ポリマー
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2

E: Inner membrane protein

F: Inner membrane protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Inner membrane protein

D: Inner membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.334, 58.360, 65.828
Angle α, β, γ (deg.)	93.88, 94.00, 119.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Inner membrane protein / Membrane protein / Putative inner membrane or exported protein 分子量: 11926.239 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: siiA, DD95_13055, EIL76_22260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9L4G5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.1 詳細: 0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月29日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→42.5 Å / Num. obs: 57795 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.81 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC_1/2: 0.72 / R_rim(I) all: 0.54 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.964 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	2892	5 %
R_work	0.1862	-	-
obs	0.1892	57795	97.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4826	0	15	645	5486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4942
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	6670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.457	3094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	817
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	806

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8981-1.9292	0.3419	133	0.3474	2515	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9292-1.9624	0.304	137	0.2949	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9624-1.9981	0.2912	137	0.2289	2593	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9981-2.0365	0.278	137	0.2146	2605	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0365-2.078	0.2588	136	0.2108	2591	X-RAY DIFFRACTION	97
2.078-2.1231	0.2651	138	0.2136	2626	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1231-2.1725	0.2622	138	0.2	2616	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1725-2.2267	0.2868	138	0.2352	2605	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2267-2.2869	0.3436	135	0.262	2571	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2869-2.354	0.2698	139	0.2075	2638	X-RAY DIFFRACTION	97
2.354-2.4299	0.2261	140	0.1755	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4299-2.5166	0.2534	136	0.1699	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5166-2.6171	0.2408	136	0.1701	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6171-2.736	0.2461	139	0.1731	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
2.736-2.8798	0.2156	136	0.1729	2593	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8798-3.0596	0.2079	141	0.1705	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0596-3.2949	0.2308	140	0.1659	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2949-3.6247	0.226	139	0.1537	2649	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6247-4.1451	0.2291	142	0.1513	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1451-5.2071	0.1975	138	0.1458	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2071-19.9655	0.2632	137	0.1916	2614	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0514	-0.6722	-0.4799	2.1974	-0.0285	3.0684	0.051	0.0705	0.0595	-0.13	-0.0233	0.2021	-0.3542	-0.3208	-0.0026	0.1588	0.0586	-0.0113	0.1217	-0.0041	0.1075	-28.7143	50.3097	31.1979
2	1.5966	0.5932	0.1041	2.0568	-0.2418	3.0871	-0.0686	0.1031	-0.2533	-0.1195	0.1356	0.0307	0.6463	0.0593	-0.0318	0.248	0.0051	0.0238	0.1187	-0.0039	0.1173	-18.1494	37.3967	8.3652
3	2.1166	-0.3753	0.2743	1.5636	-0.2208	1.998	0.1336	0.166	0.2202	-0.0024	-0.2016	-0.2514	0.0191	0.6729	-0.0391	0.0583	-0.0291	0.0203	0.3124	0.0705	0.1417	-12.3068	47.442	54.2858
4	2.9558	-0.4737	-0.1979	1.7704	-0.4401	3.0043	-0.0073	-0.1309	0.0556	0.0491	-0.0007	0.2484	-0.1444	-0.7729	-0.0016	0.0781	0.0238	0.0184	0.3153	-0.0133	0.1338	-37.2113	48.0231	52.5794
5	1.451	-0.5311	-0.1015	3.0478	-0.0677	2.3305	-0.1234	-0.0841	-0.3984	-0.0334	0.0307	-0.1341	0.893	0.4013	-0.0496	0.4679	0.1887	0.0437	0.1489	0.0293	0.2039	-16.1066	28.3539	29.5599
6	2.5426	0.2349	-0.1613	1.8223	-0.3208	2.6237	-0.0117	-0.2402	0.308	0.2856	-0.1211	-0.3242	-0.5725	0.7218	-0.0407	0.254	-0.1491	-0.0497	0.3739	-0.0101	0.2	-5.7884	59.135	11.7507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 103 through 204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 103 through 204)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 103 through 203)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 103 through 206)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 103 through 206)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 103 through 206)

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