PDB-6qtn: Tubulin-cyclostreptin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qtn

タイトル

Tubulin-cyclostreptin complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Balaguer, F.d.A. / Muehlethaler, T. / Estevez-Gallego, J. / Calvo, E. / Gimenez-Abian, J.F. / Risinger, A.L. / Sorensen, E.J. / Vanderwal, C.D. / Altmann, K.-H. / Mooberry, S.L. ...

資金援助

スペイン,

スイス,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BFU2016-75319-R	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RYC-2011-07900	スペイン
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA121138	米国

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Cyclostreptin-Tubulin Adduct: Implications for Tubulin Activation by Taxane-Site Ligands.
著者: Balaguer, F.A. / Muhlethaler, T. / Estevez-Gallego, J. / Calvo, E. / Gimenez-Abian, J.F. / Risinger, A.L. / Sorensen, E.J. / Vanderwal, C.D. / Altmann, K.H. / Mooberry, S.L. / Steinmetz, M.O. ...

履歴

登録	2019年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qtn.cif.gz	916.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qtn.ent.gz	752 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qtn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qtn_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qtn_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6qtn_validation.xml.gz	87.2 KB	表示
CIF形式データ	6qtn_validation.cif.gz	119.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qtn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z4p-d 6lsm-d 5mf4-d 4yj2-d 5ylj-d 5yl2-d 6brf-d 6k9v-d 6y6d-d 6agk-d 5xkg-d 5lxs-d 6gj4-d 5xp3-d 5lov-d 5xaf-d 6y4n-d 7jfr-d 5h74-d 6kpp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.585, 158.361, 179.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 10種, 701分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-JHH / Cyclostreptin 分子量: 402.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₄O₅
#12: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#13: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 6% glycerol, 3% PEG4000, 0.1 M Mes/0.1 M imidazole pH 6.7, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.7 Å / Num. obs: 234346 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 27 % / R_merge(I) obs: 4.485 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 17147 / CC_1/2: 0.322 / R_pim(I) all: 0.843 / R_rim(I) all: 4.572 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 1.9→49.655 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	11838	5.05 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.188	234314	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17274	0	254	681	18209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.652	24456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.497	10787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3157

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.4025	392	0.3835	7284	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9216-1.9442	0.4128	427	0.3969	7354	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.393	362	0.3798	7347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.3296	383	0.3392	7341	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.3407	375	0.3086	7403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.2964	383	0.2966	7371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.3032	397	0.2858	7325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.3105	399	0.2753	7371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.2647	381	0.253	7408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.1749	0.2523	359	0.2407	7357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.2868	398	0.2395	7354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2527	0.261	408	0.2288	7342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.2358	404	0.2148	7389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.2545	386	0.212	7386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.2272	384	0.2023	7393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.2204	397	0.1963	7365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5107	0.215	415	0.1966	7383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.5786	0.2264	399	0.1958	7368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.248	398	0.2023	7409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.2493	394	0.2051	7402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.2617	413	0.2024	7404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.2354	387	0.2034	7424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.2383	392	0.1982	7450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2487	0.2392	375	0.1923	7454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.4522	0.2102	386	0.1878	7481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-3.7187	0.1977	412	0.1716	7443	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7187-4.0927	0.1955	423	0.1515	7470	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0927-4.6846	0.1636	417	0.1385	7523	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6846-5.9006	0.1748	402	0.1552	7600	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9006-49.6723	0.1738	390	0.1684	7875	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8657	0.1407	0.0401	3.5712	1.4627	2.626	-0.0252	0.1722	0.1053	-0.4409	0.3489	-0.4222	-0.7236	0.4946	-0.2711	0.5303	-0.1464	0.1063	0.5241	-0.1933	0.4539	31.6387	86.4589	52.8742
2	1.8223	0.1962	0.2773	3.3233	1.6161	3.9922	0.0625	-0.0819	0.1052	0.4207	-0.086	0.298	-0.2116	-0.1129	0.0101	0.447	-0.0032	0.1039	0.3523	-0.1306	0.408	16.8357	86.9769	70.5059
3	1.5162	0.3559	-0.5497	4.1828	2.4946	4.5624	0.0867	-0.1143	-0.2083	0.8618	0.2217	-0.3019	0.8582	0.3651	-0.243	0.46	0.1268	-0.0892	0.4111	-0.1486	0.4545	29.1822	62.4079	61.6733
4	1.9224	-0.2633	-0.0275	2.8559	1.2242	2.7147	0.0058	0.1206	0.3376	-0.2854	0.0189	-0.009	-0.5255	0.0723	-0.0343	0.3066	-0.0161	0.0192	0.3372	-0.0903	0.3831	21.3996	60.9993	21.2276
5	1.5275	-0.2659	0.5019	1.3901	0.8623	3.0596	-0.134	-0.2259	0.0651	0.0916	-0.1549	0.312	-0.0835	-0.8214	0.2255	0.3481	0.0294	0.0457	0.602	-0.2328	0.5248	6.6691	59.9183	38.2838
6	0.7278	-0.3707	0.6555	4.3816	2.874	5.0654	0.0332	-0.1193	-0.1537	0.7985	-0.0497	-0.0306	0.7613	0.1106	-0.0363	0.3494	-0.012	-0.025	0.3282	-0.0585	0.3002	22.7879	37.5422	30.8768
7	1.5298	0.0081	-0.0167	2.2724	0.5444	2.0423	-0.0746	0.227	0.1406	-0.3113	0.1423	-0.0899	-0.243	0.1929	-0.0564	0.2647	-0.0863	0.0389	0.3511	-0.0522	0.3118	20.0458	33.107	-11.4955
8	1.2643	-0.1441	0.4868	1.5054	1.0956	2.4609	-0.0358	-0.0346	0.1106	0.0085	-0.1864	0.2843	0.0596	-0.4265	0.1821	0.2112	-0.0577	0.0495	0.3103	-0.0843	0.3581	2.431	31.3851	3.5679
9	1.8332	-0.654	-1.428	3.2699	2.5915	4.3291	0.0186	0.0695	-0.1388	0.394	0.1323	-0.162	0.5473	0.2001	-0.1938	0.3561	0.0488	-0.0283	0.2826	-0.057	0.3601	22.2932	11.1695	2.0241
10	2.3711	-0.2708	0.0806	2.4654	0.184	2.2941	-0.1888	0.6465	-0.0931	-0.6347	0.2769	-0.3108	0.1769	0.129	-0.0893	0.6708	-0.1253	0.1348	0.7494	-0.2095	0.4028	23.9551	3.0686	-40.0235
11	1.4024	0.0882	-0.3146	1.9366	0.7155	2.8442	-0.152	0.4	-0.2275	-0.2431	0.1278	0.2083	0.2746	-0.5454	0.021	0.4417	-0.0961	0.0008	0.5374	-0.1417	0.3953	7.6545	-0.2159	-24.8127
12	1.6515	-1.422	-2.0314	2.1368	1.4709	3.7146	-0.311	0.157	-0.8779	-0.004	0.2164	-0.4733	0.7789	0.6881	0.1263	0.821	0.0455	0.0897	0.6094	-0.3162	0.7996	28.7136	-17.9512	-26.8811
13	2.9818	-2.1991	0.0816	8.5591	-1.1402	2.096	-0.44	-0.4271	0.39	1.2582	0.4808	-0.8137	-0.2164	0.5573	-0.1288	1.1668	-0.1022	0.0255	0.5904	-0.1914	0.5195	25.0639	95.3686	83.983
14	1.8734	3.6058	3.5572	6.2426	6.7794	7.0964	0.1751	-0.4398	0.355	0.379	0.3897	-0.4702	0.2448	0.6497	-0.6387	0.4397	0.0025	-0.0005	0.9672	-0.4274	0.7256	43.4803	55.2388	34.6313
15	0.3352	-1.6431	-1.5876	8.3369	6.8741	7.1026	-0.1416	-0.2136	-0.0741	0.4511	0.3631	-0.4387	0.8146	0.8074	-0.2483	0.4678	0.0739	0.1483	0.784	-0.316	0.7549	42.8677	6.2271	-20.6206
16	3.3471	1.1946	-1.6449	4.0428	0.4786	4.8434	-0.4405	0.2793	-0.6847	-0.0963	0.0669	-0.1466	1.0982	-0.3103	0.3187	0.8626	-0.0787	0.1155	0.5536	-0.1483	0.5771	6.0358	55.1708	69.8355
17	2.7619	0.3859	0.3103	2.1099	-0.6358	3.3375	-0.1145	-1.011	-0.4895	0.5129	-0.3875	-0.7657	0.1924	1.5947	0.4235	0.8102	0.1564	-0.1149	1.1602	0.2134	0.796	14.4078	58.8458	105.6912
18	2.1096	0.4897	-1.5787	1.3769	0.0756	2.3769	-0.4011	0.0238	-0.7513	0.2539	0.2173	-0.0163	0.9932	-0.092	-0.0273	0.9274	0.0265	0.1265	0.4391	0.0629	0.6696	-2.3161	54.7187	93.053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 205)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 381)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 436)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 381)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 382 through 436)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 381)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 382 through 440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 206 through 381)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 382 through 436)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 7 through 28)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 45 through 89)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 90 through 144)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 66)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 67 through 198)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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