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- PDB-6qrj: Crystal structure of ShkA full-length in complex with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qrj
タイトルCrystal structure of ShkA full-length in complex with AMPPNP
要素Hybrid kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyclic di-GMP / second messenger / hybride histidine kinase / ShkA / auto-inhibitio
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Dubey, B.N. / Schirmer, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_166652 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Hybrid histidine kinase activation by cyclic di-GMP-mediated domain liberation.
著者: Dubey, B.N. / Agustoni, E. / Bohm, R. / Kaczmarczyk, A. / Mangia, F. / von Arx, C. / Jenal, U. / Hiller, S. / Plaza-Menacho, I. / Schirmer, T.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hybrid kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8313
ポリマ－50,3001
非ポリマー5312
水19811
1
A: Hybrid kinase
ヘテロ分子

A: Hybrid kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6626
ポリマ－100,6012
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area40530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.504, 64.504, 260.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Hybrid kinase / Sensor histidine kinase/response regulator


分子量: 50300.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
遺伝子: shkA, CC_0138, CC0138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ABT2
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M DL-Serine, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, MOPS (acid), 40% v/v ethylene glycol and 20% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→20 Å / Num. obs: 17058 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1.05 / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible allRrim(I) all
2.64-2.87.0270.010.8650220.4820.0399.2
2.99-3.237.450.4943.9144170.9451000.531
3.23-3.537.3560.2667.3940110.9831000.287
3.53-3.957.1490.16512.4336220.99299.60.178
3.95-4.556.6080.0781732240.99799.90.085
4.55-5.567.2390.0611727180.9981000.066
5.56-7.816.8590.05332.2721170.99999.90.057
7.81-206.2840.0349.251220199.30.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4q20

4q20


解像度: 2.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 41.842 / SU ML: 0.363 / SU R Cruickshank DPI: 0.7124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.712 / ESU R Free: 0.343
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2747 843 5 %RANDOM
Rwork0.2166 ---
obs0.2196 16013 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.72 Å2 / Biso mean: 82.808 Å2 / Biso min: 46.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3383 0 32 11 3426
Biso mean--67.92 69.16 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0173405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9251.6384710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3021.5727808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6215459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12919.708171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.48115543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9661538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2290.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02732
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 61 -
Rwork0.372 1143 -
all-1204 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99440.60851.21896.82461.74514.3131-0.19040.06070.0368-0.08980.3460.4892-0.272-0.3936-0.15560.3192-0.01050.0720.34090.06670.0711-4.1917-19.409-4.0255
24.30830.3893-0.75654.231-1.50215.1745-0.12290.1381-0.10450.2210.1301-0.09480.819-0.4716-0.00710.3134-0.17590.0060.1922-0.03420.0127-1.3146-34.664-26.3011
33.0488-0.2503-0.27155.1749-1.59455.68420.0240.44440.0809-0.5189-0.2105-0.25710.3047-0.20090.18660.1329-0.03440.06250.35380.13650.11532.3769-20.0159-48.9584
43.3272-1.93440.03182.47270.53240.2574-0.43-0.4840.25480.36080.29860.2135-0.0484-0.07770.13140.4847-0.03790.0040.79650.14520.1641-15.0001-12.7423-22.9178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 240
3X-RAY DIFFRACTION2A602
4X-RAY DIFFRACTION3A241 - 339
5X-RAY DIFFRACTION4A340 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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