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- PDB-6qql: Crystal structure of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qql
タイトルCrystal structure of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase
要素Glutamine cyclotransferase
キーワードTRANSFERASE / pyroglutamate formation / Glutaminyl-peptide cyclotransferase / globular alpha/beta-hydrolase fold / Zinc ion
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamine cyclotransferase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.814 Å
データ登録者Linnert, M. / Piechotta, A. / Parthier, C. / Taudte, N. / Kolenko, P. / Rahfeld, J. / Potempa, J. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mammalian-like type II glutaminyl cyclases in Porphyromonas gingivalis and other oral pathogenic bacteria as targets for treatment of periodontitis.
著者: Taudte, N. / Linnert, M. / Rahfeld, J.U. / Piechotta, A. / Ramsbeck, D. / Buchholz, M. / Kolenko, P. / Parthier, C. / Houston, J.A. / Veillard, F. / Eick, S. / Potempa, J. / Schilling, S. / ...著者: Taudte, N. / Linnert, M. / Rahfeld, J.U. / Piechotta, A. / Ramsbeck, D. / Buchholz, M. / Kolenko, P. / Parthier, C. / Houston, J.A. / Veillard, F. / Eick, S. / Potempa, J. / Schilling, S. / Demuth, H.U. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamine cyclotransferase
B: Glutamine cyclotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7124
ポリマ－69,5812
非ポリマー1312
水1,40578
1
A: Glutamine cyclotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8562
ポリマ－34,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutamine cyclotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8562
ポリマ－34,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.904, 89.904, 164.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 41 through 328)
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 41 - 328 / Label seq-ID: 25 - 312

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 41 through 328)AA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 Glutamine cyclotransferase


分子量: 34790.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
遺伝子: PG_2157 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7MT37
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: HEPES pH 8.0, PEG 400, ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→44.952 Å / Num. obs: 35878 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.935 % / Biso Wilson estimate: 27.674 Å2 / CC1/2: 0.928 / Rmerge(I) obs: 0.335 / Rrim(I) all: 0.391 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 4.41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.81-2.983.91.0681.2557940.4441.24298.7
2.98-3.194.0050.7561.7554560.6430.876100
3.19-3.444.020.5132.5751060.8110.594100
3.44-3.773.6080.3524.3345560.9080.41897.6
3.77-4.213.90.3075.0841860.9190.35898.8
4.21-4.864.0030.1887.4937470.9590.21899.8
4.86-5.934.0670.1866.7931740.9630.215100
5.93-8.314.0650.1767.1624590.970.203100
8.31-44.9523.9460.07614.414000.9940.08899.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.66 Å44.95 Å
Translation5.66 Å44.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SI0

3si0


解像度: 2.814→44.952 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2757 1786 4.98 %
Rwork0.2167 --
obs0.2197 35868 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.99 Å2 / Biso mean: 34.7614 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.814→44.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4475 0 2 78 4555
Biso mean--79.75 18.71 -
残基数----577
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2589X-RAY DIFFRACTION10.972TORSIONAL
12B2589X-RAY DIFFRACTION10.972TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8143-2.89040.32631350.27592608274397
2.8904-2.97540.33981400.262126062746100
2.9754-3.07140.36181380.261526012739100
3.0714-3.18120.32071390.241326762815100
3.1812-3.30850.32231360.221626442780100
3.3085-3.4590.2421410.220626542795100
3.459-3.64130.32911380.25812568270699
3.6413-3.86930.33521350.29242578271397
3.8693-4.16790.31661350.21882587272298
4.1679-4.58690.21841400.176126322772100
4.5869-5.24980.20731370.155526392776100
5.2498-6.61080.19481370.170226402777100
6.6108-44.95770.21411350.160626492784100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57960.6537-0.09621.3385-0.21451.6114-0.0812-0.0244-0.1866-0.37120.04180.0027-0.06920.00880.03030.1541-0.00490.00270.17760.01140.141941.1292-24.4199181.0871
21.39680.1145-0.01540.920.2231.69540.1729-0.12720.180.1278-0.24510.0601-0.468-0.3813-0.04080.3675-0.06760.11840.25370.04810.017638.3685-11.398188.055
32.10891.88050.01153.2345-0.03091.56120.3294-0.142-0.59360.3652-0.2608-0.5893-0.01150.65060.16540.2337-0.0102-0.01670.40020.13050.314251.8384-31.2608186.9163
40.1646-0.28630.06350.5386-0.18870.4937-0.141-0.2336-0.14440.12640.0661-0.2490.1378-0.00770.02070.2177-0.09990.02530.2727-0.02510.176344.4672-22.9816197.215
50.9789-0.18790.13620.6926-0.15960.76590.1619-0.227-0.09680.1368-0.09050.0196-0.00950.0441-0.03660.1722-0.0151-0.03490.25210.03620.206540.1486-26.1381200.7249
61.4853-0.40940.00871.01690.00381.5136-0.0375-0.028-0.04430.05690.19870.12260.0473-0.2041-0.0840.0812-0.1052-0.01280.32410.08190.188131.9902-23.7755192.305
71.43510.6279-0.10441.36310.07182.034-0.0415-0.1819-0.1009-0.2239-0.18-0.35060.44920.50430.08040.21830.08170.03030.23130.06710.310961.5573-8.9863170.2289
80.84940.0689-0.01671.4642-0.01371.3963-0.1403-0.51420.3732-0.0921-0.323-0.2905-0.04220.2652-0.16670.0633-0.01570.01860.46430.04680.274466.2779-0.7657172.98
90.866-0.2034-0.14681.5293-0.31791.5387-0.0539-0.060.1163-0.3618-0.0405-0.22170.27920.36330.06770.14690.02580.0360.14790.03140.219860.4778-0.9477162.9306
100.12710.24220.04820.6303-0.34550.9809-0.04520.03880.1041-0.0351-0.0085-0.012-0.35920.07180.08630.2557-0.0331-0.07490.18520.0190.248158.294113.4188167.2688
111.6538-0.522-0.07821.15320.0660.446-0.1766-0.28240.4295-0.09280.0026-0.4566-0.54640.1834-0.12340.2818-0.083-0.0280.2240.03890.347964.249712.7762171.7372
121.50090.14520.22071.1084-0.50181.91330.21310.19850.015-0.1006-0.07860.0644-0.03130.25720.0820.1083-0.13820.16270.1626-0.01310.171955.49515.0261176.2825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 150 )A41 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 151 through 179 )A151 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 180 through 202 )A180 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 203 through 237 )A203 - 237
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 238 through 294 )A238 - 294
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 295 through 329 )A295 - 329
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 41 through 111 )B41 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 112 through 150 )B112 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 151 through 218 )B151 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 219 through 276 )B219 - 276
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 277 through 294 )B277 - 294
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 295 through 328 )B295 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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