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万見
- PDB-6qns: Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qns
タイトルCrystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B mutant I1248W/V1249W in complex with human synaptotagmin 1 and GD1a receptors
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • Synaptotagmin-1
キーワードTOXIN / botulinum toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / chromaffin granule membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / exocytic vesicle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle organization / protein heterooligomerization / vesicle docking / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of dopamine secretion / regulation of exocytosis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / bontoxilysin / vesicle fusion / dense core granule / host cell presynaptic membrane / calcium-dependent phospholipid binding / host cell cytoplasmic vesicle / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / neurotransmitter secretion / presynaptic active zone / Neurexins and neuroligins / syntaxin-1 binding / host cell cytosol / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / excitatory synapse / protein transmembrane transporter activity / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / postsynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / presynaptic cytosol / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / metalloendopeptidase activity / calcium-dependent protein binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / toxin activity / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / lipid binding / calcium ion binding / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding ...Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / C2 domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B / Synaptotagmin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Masuyer, G. / Yin, L. / Zhang, S. / Miyashita, S.I. / Dong, M. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020
タイトル: Characterization of a membrane binding loop leads to engineering botulinum neurotoxin B with improved therapeutic efficacy.
著者: Yin, L. / Masuyer, G. / Zhang, S. / Zhang, J. / Miyashita, S.I. / Burgin, D. / Lovelock, L. / Coker, S.F. / Fu, T.M. / Stenmark, P. / Dong, M.
履歴
登録2019年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
S: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9493
ポリマ－55,6592
非ポリマー1,2901
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.344, 78.491, 149.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B


分子量: 53186.824 Da / 分子数: 1 / 変異: I1248W, V1249W / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N- and C-termini were not visible. Please keep sequence numbering of the full botulinum toxin, as per the uploaded PDB, so that it starts at N862 and terminates at E1291. Thank you.
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P10844, bontoxilysin
#2: タンパク質・ペプチド Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 2471.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide corresponding to human synaptotagmin 1 residues 33-53
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21579
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1290.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-2-3/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e3-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% v/v PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→74.6 Å / Num. obs: 23939 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1728 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.676 / Rrim(I) all: 1.62 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KBB

4kbb


解像度: 2.4→74.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 19.277 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.234
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22872 1203 5 %RANDOM
Rwork0.19945 ---
obs0.20098 22656 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.38 Å20 Å20 Å2
2--2.92 Å20 Å2
3----7.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→74.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3813 0 88 85 3986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.6655401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2011.5998305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9215444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.45523.598239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93515724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7595.8691782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7555.8681781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1038.82224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1028.8012225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0316.4082218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0316.4122219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6769.4313178
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.49564.9134376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.49764.934373
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.398→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 74 -
Rwork0.358 1620 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06580.1902-0.06940.5693-0.16540.7659-0.01830.01080.0169-0.0445-0.01660.05820.0748-0.1050.03490.05260.025-0.00790.1158-0.02320.0124-10.347310.9489-13.6855
21.77792.4197-0.88496.66153.46917.0466-0.0739-0.05290.0219-0.3334-0.04660.0294-0.17050.14630.12050.20490.0573-0.00780.12620.10380.10421.717242.8483-31.2027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A862 - 1291
2X-RAY DIFFRACTION2S37 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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