PDB-6qlg: Crystal structure of AnUbiX (PadA1) in complex with FMN and dimet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qlg

タイトル

Crystal structure of AnUbiX (PadA1) in complex with FMN and dimethylallyl pyrophosphate

要素

Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / UbiX Prenyltransferase Flavin binding

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity / nucleotide binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Leys, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The UbiX flavin prenyltransferase reaction mechanism resembles class I terpene cyclase chemistry.
著者: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Fisher, K. / White, M.D. / Ni Cheallaigh, A. / Balaikaite, A. / Rigby, S.E.J. / Leys, D.

履歴

登録	2019年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qlg.cif.gz	309.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qlg.ent.gz	201.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qlg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qlg_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qlg_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6qlg_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	6qlg_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qlhC 6qliC 6qljC 6qlkC 6qllC 6qlvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sbz-1 2ejb-2 3ehk-d 4ic6-1 5ugr-1 6qll-1 6m8t-1 6g42-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

A: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

B: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

D: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

E: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

F: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

ヘテロ分子

155 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

A: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

B: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

D: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

E: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

F: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

A: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

B: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

D: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

E: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

F: Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
310 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.000, 102.000, 276.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-470- HOH

-
タンパク質 , 1種, 6分子 CABDEF

#1: タンパク質	Flavin prenyltransferase PAD1, mitochondrial 分子量: 25078.951 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: PAD1, An03g06570 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3F715, flavin prenyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 605分子

#2: 化合物	ChemComp-DMA / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE 分子量: 246.092 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: JCSG + D3 (Molecular Dimensions): 0.2 M NaCl, 0.1 M Na/K Phosphate pH 6.2, 30% v/v PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→95.7 Å / Num. obs: 80295 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.17 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1247 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→95.7 Å / SU ML: 0.1838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.881

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1825	4016	5 %
R_work	0.1611	-	-
obs	0.1622	80280	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→95.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8733	0	289	590	9612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	9388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5292	12797
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0416	1448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	1606
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.3896	7592

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.2236	133	0.198	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.18-2.2	0.2753	153	0.1976	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.2308	126	0.1874	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.209	158	0.1815	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.2191	146	0.1836	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.32	0.2112	141	0.1768	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.32-2.36	0.223	122	0.1724	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.36-2.39	0.238	154	0.18	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.39-2.43	0.2015	130	0.1836	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.43-2.48	0.1871	132	0.1637	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.52	0.21	117	0.1753	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.2	138	0.1634	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.62	0.2007	158	0.1667	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.204	130	0.1705	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.74	0.1931	137	0.1724	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.81	0.1966	135	0.1686	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.89	0.1938	127	0.1683	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.97	0.2005	125	0.173	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.07	0.1934	148	0.1699	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.18	0.205	139	0.1744	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.3	0.179	142	0.1652	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.45	0.1868	133	0.1619	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.45-3.64	0.2002	134	0.1644	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.86	0.145	141	0.1435	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.16	0.1472	137	0.1325	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.58	0.1242	141	0.1261	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.24	0.1504	147	0.1356	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-6.6	0.1842	126	0.183	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6-95.8	0.1802	166	0.1619	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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