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- PDB-6m8t: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase AF1214 from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m8t | ||||||
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Title | Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase AF1214 from Archaeoglobus fulgidus, FMN complex | ||||||
![]() | Flavin prenyltransferase UbiX | ||||||
![]() | LYASE / FMN BINDING / UBIX / PRENYL TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutidnova, A. / Wawrzak, Z. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase AF1214 from Archaeoglobus fulgidus, FMN complex Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 96.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 72.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2ejbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 12|||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20846.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: ubiX, AF_1214 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.05 M Tris pH 8.5, 5 mM magnesium chloride, 50 mM potassium chloride, 5 mM ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG400 cryoprotectant 5% PEG200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.67→40.24 Å / Num. obs: 18632 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 22.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.67→1.71 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1371 / CC1/2: 0.563 / Rpim(I) all: 0.55 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2EJB Resolution: 1.67→40.237 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.79
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.67→40.237 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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