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- PDB-6m8t: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase AF1214 from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8t
タイトルCrystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase AF1214 from Archaeoglobus fulgidus, FMN complex
要素Flavin prenyltransferase UbiX
キーワードLYASE / FMN BINDING / UBIX / PRENYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Flavin prenyltransferase UbiX
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutidnova, A. / Wawrzak, Z. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase AF1214 from Archaeoglobus fulgidus, FMN complex
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3983
ポリマ－20,8471
非ポリマー5512
水3,585199
1
A: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,77836
ポリマ－250,16312
非ポリマー6,61624
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area59950 Å2
ΔGint-422 kcal/mol
Surface area63950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.560, 98.560, 98.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-383-

HOH

21A-478-

HOH

31A-489-

HOH

41A-490-

HOH

51A-496-

HOH

61A-497-

HOH

71A-498-

HOH

81A-499-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flavin prenyltransferase UbiX


分子量: 20846.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: ubiX, AF_1214 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: O29054, flavin prenyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.05 M Tris pH 8.5, 5 mM magnesium chloride, 50 mM potassium chloride, 5 mM ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG400 cryoprotectant 5% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→40.24 Å / Num. obs: 18632 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1371 / CC1/2: 0.563 / Rpim(I) all: 0.55 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EJB

2ejb


解像度: 1.67→40.237 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.79
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1736 976 5.24 %RANDOM
Rwork0.1481 ---
obs0.1494 18620 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→40.237 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1467 0 36 199 1702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.022107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.544570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6703-1.75830.26881400.24332506X-RAY DIFFRACTION100
1.7583-1.86850.23611580.19642457X-RAY DIFFRACTION100
1.8685-2.01280.23271130.1772532X-RAY DIFFRACTION100
2.0128-2.21530.19541390.15392490X-RAY DIFFRACTION100
2.2153-2.53580.1931300.14942534X-RAY DIFFRACTION100
2.5358-3.19470.15491490.14632520X-RAY DIFFRACTION100
3.1947-40.24860.14661470.1272605X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1101-0.9041-0.23247.366-3.22026.88860.13260.38960.8994-0.2149-0.31880.2128-1.07730.04610.02050.3595-0.0006-0.10430.22090.02810.369417.881556.266628.3604
23.66960.1029-0.06745.2663-1.23714.4611-0.1390.15020.0412-0.18530.08960.39520.1369-0.62920.05430.1411-0.0388-0.05820.2809-0.04030.19813.152744.943631.7612
33.64340.33070.04411.42850.35591.9597-0.1390.40730.0079-0.30650.10390.16780.0371-0.19240.01750.1756-0.0301-0.03870.18450.00110.138625.835945.595327.6581
41.91690.9492-1.4662.881-3.00556.28550.01560.00560.06490.0221-0.1317-0.0617-0.08940.15680.11580.14590.0078-0.01690.1097-0.02570.14931.335148.493741.6776
54.29770.3644-1.27791.6382-0.34843.2556-0.0793-0.11760.2687-0.02220.03770.3174-0.3783-0.6308-0.00170.20110.076-0.03660.2843-0.03680.214914.985755.742644.644
69.7593-2.30031.05136.47743.18252.07830.9116-0.40960.2799-0.6081-0.1390.6986-0.5145-1.8182-0.51460.94090.0316-0.12171.0950.10270.965413.605565.093141.262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -6 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 111 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 112 through 139 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 140 through 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 173 through 182 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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