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万見
- PDB-1sbz: Crystal Structure of dodecameric FMN-dependent Ubix-like Decarbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sbz
タイトルCrystal Structure of dodecameric FMN-dependent Ubix-like Decarboxylase from Escherichia coli O157:H7
要素Probable aromatic acid decarboxylase
キーワードLYASE / FMN binding / Pad1 / UbiX / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity / catabolic process / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Probable UbiX-like flavin prenyltransferase / Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Probable UbiX-like flavin prenyltransferase / Probable UbiX-like flavin prenyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rangarajan, E.S. / Li, Y. / Iannuzzi, P. / Tocilj, A. / Hung, L.-W. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a dodecameric FMN-dependent UbiX-like decarboxylase (Pad1) from Escherichia coli O157: H7.
著者: Rangarajan, E.S. / Li, Y. / Iannuzzi, P. / Tocilj, A. / Hung, L.-W. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2004年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable aromatic acid decarboxylase
B: Probable aromatic acid decarboxylase
C: Probable aromatic acid decarboxylase
D: Probable aromatic acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8688
ポリマ－88,0434
非ポリマー1,8254
水8,251458
1
A: Probable aromatic acid decarboxylase
B: Probable aromatic acid decarboxylase
C: Probable aromatic acid decarboxylase
D: Probable aromatic acid decarboxylase
ヘテロ分子

A: Probable aromatic acid decarboxylase
B: Probable aromatic acid decarboxylase
C: Probable aromatic acid decarboxylase
D: Probable aromatic acid decarboxylase
ヘテロ分子

A: Probable aromatic acid decarboxylase
B: Probable aromatic acid decarboxylase
C: Probable aromatic acid decarboxylase
D: Probable aromatic acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,60524
ポリマ－264,12912
非ポリマー5,47612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area56090 Å2
ΔGint-381 kcal/mol
Surface area60970 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.372, 95.372, 217.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological unit is a dodecamer and is assembled by by the operations : -Y, X-Y, Z & Y-X, -X, Z along with translation.

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要素

#1: タンパク質
Probable aromatic acid decarboxylase


分子量: 22010.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: PAD1, Z4047, ECS3593 / プラスミド: pFO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 (DE3)
参照: UniProt: P69774, UniProt: P69772*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 4K, 0.2M Lithium sulphate, 0.1M Hepes (7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9786, 0.9792, 0.9643
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月25日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SILICONE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97921
30.96431
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 56350 / Num. obs: 46319 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / Rsym value: 0.377 / % possible all: 85.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→19.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.315 / SU ML: 0.119 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21557 4137 8.9 %RANDOM
Rwork0.17648 ---
obs0.18012 42181 100 %-
all-46319 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5426 0 124 458 6008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225666
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.9857721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.70815932
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7931.53704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94225784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.40732352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0924.51937
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 144 -
Rwork0.266 2268 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3FMN.PARFMN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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