PDB-6ql9: Structure of Fatty acid synthase complex from Saccharomyces cerev...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ql9

タイトル

Structure of Fatty acid synthase complex from Saccharomyces cerevisiae at 2.9 Angstrom

要素

(Fatty acid synthase subunit ...) x 3

キーワード

TRANSFERASE / Fatty acid synthase / Acyl carrier protein / Ketosynthase / Ketoreductase / Enoyl reductase / Dehydratase / Malonyl/palmitoyl transferase / Acetyl transferase / Phosphopantetheine transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Singh, K. / Graf, B. / Linden, A. / Sautner, V. / Urlaub, H. / Tittmann, K. / Stark, H. / Chari, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Regulatory Subunit of the Yeast Fatty Acid Synthase.
著者: Kashish Singh / Benjamin Graf / Andreas Linden / Viktor Sautner / Henning Urlaub / Kai Tittmann / Holger Stark / Ashwin Chari /

要旨: Fatty acid synthases (FASs) are central to metabolism but are also of biotechnological interest for the production of fine chemicals and biofuels from renewable resources. During fatty acid ...

履歴

登録	2019年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ql9.cif.gz	8.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ql9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ql9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ql9_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ql9_full_validation.pdf.gz	6.2 MB	表示
XML形式データ	6ql9_validation.xml.gz	736.3 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6ql9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6ql9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4577C 4578C 6ql5C 6ql6C 6ql7C 2uv8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pff-1 6ql6-d 6ta1-d 2uv8-1 6u5t-1 4v59-d 4v58-d 6u5v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (17) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid synthase subunit alpha

B: Fatty acid synthase subunit alpha

C: Fatty acid synthase subunit alpha

D: Fatty acid synthase subunit alpha

E: Fatty acid synthase subunit alpha

F: Fatty acid synthase subunit alpha

G: Fatty acid synthase subunit beta

H: Fatty acid synthase subunit beta

I: Fatty acid synthase subunit beta

J: Fatty acid synthase subunit beta

K: Fatty acid synthase subunit beta

L: Fatty acid synthase subunit beta

ヘテロ分子

2.63 MDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.616, 347.596, 265.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 1886	1 - 1886
2	1	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 1886	1 - 1886
1	2	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 1886	1 - 1886
2	2	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 1886	1 - 1886
1	3	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 1886	1 - 1886
2	3	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 1886	1 - 1886
1	4	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 1886	1 - 1886
2	4	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 1886	1 - 1886
1	5	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 1886	1 - 1886
2	5	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 1886	1 - 1886
1	6	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 1886	1 - 1886
2	6	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 1886	1 - 1886
1	7	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 1886	1 - 1886
2	7	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 1886	1 - 1886
1	8	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 1886	1 - 1886
2	8	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 1886	1 - 1886
1	9	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 1886	1 - 1886
2	9	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 1886	1 - 1886
1	10	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 1886	1 - 1886
2	10	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 1886	1 - 1886
1	11	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 1886	1 - 1886
2	11	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 1886	1 - 1886
1	12	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 1886	1 - 1886
2	12	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 1886	1 - 1886
1	13	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 1886	1 - 1886
2	13	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 1886	1 - 1886
1	14	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 1886	1 - 1886
2	14	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 1886	1 - 1886
1	15	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 1886	1 - 1886
2	15	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 1886	1 - 1886
1	16	SER	SER	GLN	GLN	G	G	5 - 2050	5 - 2050
2	16	SER	SER	GLN	GLN	H	H	5 - 2050	5 - 2050
1	17	SER	SER	GLN	GLN	G	G	5 - 2050	5 - 2050
2	17	SER	SER	GLN	GLN	I	I	5 - 2050	5 - 2050
1	18	SER	SER	GLN	GLN	G	G	5 - 2050	5 - 2050
2	18	SER	SER	GLN	GLN	J	J	5 - 2050	5 - 2050
1	19	SER	SER	GLN	GLN	G	G	5 - 2050	5 - 2050
2	19	SER	SER	GLN	GLN	K	K	5 - 2050	5 - 2050
1	20	SER	SER	GLN	GLN	G	G	5 - 2050	5 - 2050
2	20	SER	SER	GLN	GLN	L	L	5 - 2050	5 - 2050
1	21	SER	SER	GLU	GLU	H	H	5 - 2049	5 - 2049
2	21	SER	SER	GLU	GLU	I	I	5 - 2049	5 - 2049
1	22	TYR	TYR	GLN	GLN	H	H	4 - 2050	4 - 2050
2	22	TYR	TYR	GLN	GLN	J	J	4 - 2050	4 - 2050
1	23	TYR	TYR	GLN	GLN	H	H	4 - 2050	4 - 2050
2	23	TYR	TYR	GLN	GLN	K	K	4 - 2050	4 - 2050
1	24	TYR	TYR	GLN	GLN	H	H	4 - 2050	4 - 2050
2	24	TYR	TYR	GLN	GLN	L	L	4 - 2050	4 - 2050
1	25	SER	SER	GLU	GLU	I	I	5 - 2049	5 - 2049
2	25	SER	SER	GLU	GLU	J	J	5 - 2049	5 - 2049
1	26	SER	SER	GLU	GLU	I	I	5 - 2049	5 - 2049
2	26	SER	SER	GLU	GLU	K	K	5 - 2049	5 - 2049
1	27	SER	SER	GLN	GLN	I	I	5 - 2050	5 - 2050
2	27	SER	SER	GLN	GLN	L	L	5 - 2050	5 - 2050
1	28	TYR	TYR	GLN	GLN	J	J	4 - 2050	4 - 2050
2	28	TYR	TYR	GLN	GLN	K	K	4 - 2050	4 - 2050
1	29	TYR	TYR	GLN	GLN	J	J	4 - 2050	4 - 2050
2	29	TYR	TYR	GLN	GLN	L	L	4 - 2050	4 - 2050
1	30	TYR	TYR	GLN	GLN	K	K	4 - 2050	4 - 2050
2	30	TYR	TYR	GLN	GLN	L	L	4 - 2050	4 - 2050

NCSアンサンブル:

-
Fatty acid synthase subunit ... , 3種, 12分子 ABCDEFGJHIKL

#1: タンパク質	Fatty acid synthase subunit alpha 分子量: 207184.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P19097, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: タンパク質	Fatty acid synthase subunit beta 分子量: 228940.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, ...参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#3: タンパク質	Fatty acid synthase subunit beta 分子量: 229026.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, ...参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase

-
非ポリマー , 9種, 461分子

#4: 化合物	ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸分子量: 358.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂ / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: BJ2168 (MATa prc1-407 prb1-1122 pep4-3 leu2 trp1 ura3-52 gal2 tma17::kanMX)
#6: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: BJ2168 (MATa prc1-407 prb1-1122 pep4-3 leu2 trp1 ura3-52 gal2 tma17::kanMX)
#7: 化合物	ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#8: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂ / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: BJ2168 (MATa prc1-407 prb1-1122 pep4-3 leu2 trp1 ura3-52 gal2 tma17::kanMX)
#9: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄ / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: BJ2168 (MATa prc1-407 prb1-1122 pep4-3 leu2 trp1 ura3-52 gal2 tma17::kanMX)
#10: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#11: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₂O₄ / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: BJ2168 (MATa prc1-407 prb1-1122 pep4-3 leu2 trp1 ura3-52 gal2 tma17::kanMX)
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M hepes pH 7.0, 0.3 M sodium-malonate pH 7.0 , 11.5-13% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日 / 詳細: CRL Transfocator
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→191.5 Å / Num. obs: 894158 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.07272 / Net I/σ(I): 10.91
反射シェル	解像度: 2.82→2.9 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 4914 / CC_1/2: 0.241 / R_pim(I) all: 1.096 / % possible all: 76.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
MOLREP	11.6.04	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2UV8

2uv8

解像度: 2.82→191.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 35.08 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.339 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21135	35171	5 %	RANDOM
R_work	0.19248	-	-	-
obs	0.19342	671162	78.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.677 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.98 Å²	-0 Å²	-0.98 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→191.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	178375	0	703	328	179406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	182757
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	170733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.645	247451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.224	1.576	397551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.996	5	22746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.755	23.55	8870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.31	15	32054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.389	15	822
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	24087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	202822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	36306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.25	3.077	91080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.249	3.077	91073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.143	4.614	113787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.143	4.614	113788
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.311	3.203	91677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.311	3.203	91678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.245	4.749	133664
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.33	35.708	200133
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.33	35.708	200134
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	56741	0.06
1	2	B	56741	0.06
2	1	A	56762	0.05
2	2	C	56762	0.05
3	1	A	56741	0.05
3	2	D	56741	0.05
4	1	A	56691	0.05
4	2	E	56691	0.05
5	1	A	56628	0.06
5	2	F	56628	0.06
6	1	B	56758	0.05
6	2	C	56758	0.05
7	1	B	56758	0.06
7	2	D	56758	0.06
8	1	B	56752	0.06
8	2	E	56752	0.06
9	1	B	56756	0.06
9	2	F	56756	0.06
10	1	C	56728	0.05
10	2	D	56728	0.05
11	1	C	56725	0.05
11	2	E	56725	0.05
12	1	C	56684	0.05
12	2	F	56684	0.05
13	1	D	56628	0.06
13	2	E	56628	0.06
14	1	D	56666	0.06
14	2	F	56666	0.06
15	1	E	56605	0.06
15	2	F	56605	0.06
16	1	G	65923	0.06
16	2	H	65923	0.06
17	1	G	65866	0.06
17	2	I	65866	0.06
18	1	G	65919	0.06
18	2	J	65919	0.06
19	1	G	65647	0.06
19	2	K	65647	0.06
20	1	G	65762	0.06
20	2	L	65762	0.06
21	1	H	66045	0.06
21	2	I	66045	0.06
22	1	H	66089	0.06
22	2	J	66089	0.06
23	1	H	65928	0.06
23	2	K	65928	0.06
24	1	H	65901	0.06
24	2	L	65901	0.06
25	1	I	66058	0.05
25	2	J	66058	0.05
26	1	I	66033	0.05
26	2	K	66033	0.05
27	1	I	65952	0.06
27	2	L	65952	0.06
28	1	J	65802	0.06
28	2	K	65802	0.06
29	1	J	65871	0.06
29	2	L	65871	0.06
30	1	K	65667	0.06
30	2	L	65667	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.819→2.892 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	121	-
R_work	0.352	2172	-
obs	-	-	3.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2416	-0.1247	-1.0392	1.715	0.0336	1.8599	0.2315	0.3285	0.1487	-0.5304	0.0691	-0.0717	-0.4895	-0.1502	-0.3006	0.7539	0.0672	0.1452	0.4977	-0.0112	0.5505	104.8806	60.3669	8.9802
2	0.3779	0.1232	-0.187	1.7503	-1.4207	1.2912	0.0339	0.3033	0.0322	-0.5329	-0.121	-0.3528	0.2409	0.1316	0.0871	0.6995	0.0306	0.0646	0.6655	-0.0864	0.8275	56.1961	36.5595	36.9624
3	0.475	-0.5855	0.1793	1.0189	-0.2015	0.2894	-0.0341	-0.0278	0.2305	-0.0589	-0.0008	-0.3073	-0.0922	0.2675	0.0349	0.0825	-0.0289	0.0232	0.4889	-0.0866	0.2947	117.3487	25.8377	81.3928
4	0.9588	0.0751	0.148	0.5612	0.0551	0.6466	-0.0323	-0.0891	-0.0674	-0.0539	0.0306	-0.0407	0.0843	0.1856	0.0016	0.0382	0.0771	0.0465	0.3209	0.0575	0.1113	108.2983	-24.3792	72.7523
5	1.7824	-1.0571	0.5152	5.6863	-1.85	0.7117	0.2746	0.1456	-0.1355	0.0912	-0.3605	-0.7507	0.1244	0.3731	0.086	0.6348	0.2586	0.0084	1.2364	0.1056	0.8573	150.3372	-51.6277	76.9156
6	1.3263	-0.6782	-0.2821	1.2925	0.5518	1.7145	0.023	0.0964	0.0998	-0.2939	0.0757	-0.0479	-0.1319	0.2373	-0.0987	0.3279	-0.0084	0.0319	0.5935	-0.003	0.3922	86.5518	-70.9662	10.8297
7	1.7534	-0.6586	-0.7471	0.842	0.5595	0.6898	0.1361	0.523	-0.1628	-0.4456	-0.0387	-0.0918	-0.0022	0.128	-0.0974	0.6286	0.0501	-0.0536	0.7808	0.0212	0.7277	68.8198	-24.0846	45.6279
8	1.2447	-0.0517	0.3351	0.2834	-0.098	0.4756	-0.011	0.1224	-0.4258	-0.0578	0.0158	0.0666	0.2708	0.0057	-0.0048	0.2348	0.0515	0.1517	0.1569	0.044	0.4043	16.6976	-79.7516	51.4096
9	0.704	0.0247	0.051	0.7856	0.0513	0.6264	-0.0442	0.0766	-0.1265	-0.0433	-0.0214	0.0215	0.1052	-0.0463	0.0656	0.0547	-0.0197	0.0879	0.0481	-0.0533	0.1961	-14.8364	-45.3553	29.0789
10	7.41	0.888	1.4363	1.9123	0.4948	2.0349	-0.1714	0.3239	-0.8175	-0.1535	0.0636	0.4178	0.6839	-0.2787	0.1078	0.6236	-0.0768	0.0807	0.5518	-0.1779	0.7237	-51.5588	-67.4985	3.1525
11	1.2136	0.1934	0.5229	0.8047	-0.2576	2.8558	-0.0282	0.3162	-0.106	-0.2128	-0.0609	-0.0517	0.2597	0.2447	0.0891	0.6925	-0.0501	0.1664	0.4243	-0.0692	0.5522	-12.0247	9.8111	-30.6258
12	0.4903	0.4546	0.6942	1.1214	1.0746	1.4411	-0.1645	0.4394	0.1159	-0.4912	0.1071	-0.2052	-0.1943	0.3105	0.0574	0.5969	-0.0959	0.0816	0.6769	0.0459	0.7631	12.8155	-6.5777	24.1297
13	0.5516	0.5074	-0.0341	1.3307	0.1623	0.317	-0.0406	0.2137	0.1916	-0.2964	0.025	0.1535	-0.1817	-0.1282	0.0156	0.1875	0.0887	-0.0041	0.1639	0.0186	0.25	-16.9234	63.5092	30.0569
14	0.8449	-0.1231	0.073	0.6799	-0.087	0.5677	0.0117	0.0805	0.2116	-0.1223	0.0069	-0.0698	-0.1272	0.0556	-0.0186	0.1577	-0.0078	0.0362	0.0265	-0.0062	0.2456	32.1044	77.9959	38.1277
15	1.5735	1.536	1.1531	4.6331	-0.5986	2.0067	-0.3904	0.0117	0.5372	-0.4666	0.1282	0.2034	-0.601	-0.0729	0.2622	0.9055	-0.0425	0.0843	0.5325	0.1542	1.1588	40.1322	125.5033	24.1017
16	0.9612	0.3686	-0.2461	0.4639	-0.3141	1.7591	-0.0535	-0.1801	-0.0943	0.2953	0.0297	0.0765	-0.088	-0.2862	0.0238	0.5262	0.1508	0.1582	0.8199	0.0593	0.651	-10.3652	-66.1136	111.7225
17	2.4308	0.9921	-0.703	0.702	-0.3371	0.3591	0.1556	-0.7129	-0.146	0.4651	-0.1234	0.0099	-0.0003	-0.0754	-0.0321	0.6547	0.0232	-0.0267	0.8163	0.0066	0.7042	7.1659	-22.5518	71.4463
18	1.1155	0.081	0.3675	0.353	0.1027	0.5458	0.0077	-0.2764	-0.3305	0.1652	-0.0012	-0.0474	0.2852	0.049	-0.0065	0.2565	0.1224	0.1244	0.2479	0.1076	0.395	59.4405	-78.453	72.0709
19	0.6394	-0.0262	0.0977	0.7615	-0.0675	0.5337	-0.018	-0.2076	-0.0982	0.0854	0.004	0.0203	0.0934	0.108	0.014	0.0712	0.1141	0.074	0.3344	0.1046	0.1717	91.2866	-41.6274	90.1389
20	6.2452	0.4587	1.6614	2.5982	-1.2311	1.9863	0.0948	-0.256	-0.5386	0.181	0.0294	-0.3925	0.3711	0.191	-0.1241	0.5302	0.1843	-0.0392	0.7389	0.1214	0.5211	128.6136	-61.0129	117.5572
21	1.3098	-0.0349	0.5026	0.7759	0.2112	2.4196	0.0683	-0.4689	-0.0897	0.2549	-0.0864	0.1197	0.351	0.1194	0.0181	0.6315	0.1695	0.0858	1.0198	0.0149	0.6378	88.2221	20.3312	141.8564
22	0.548	-0.3605	0.8713	0.5861	-0.9599	2.2775	-0.1686	-0.5061	0.1643	0.4367	0.1276	0.1214	-0.2973	-0.2767	0.041	0.629	0.1329	0.0376	0.8413	-0.0704	0.8391	63.6854	-2.4402	90.7426
23	0.6151	-0.3601	0.1014	1.1402	-0.1949	0.3549	-0.0598	-0.2399	0.272	0.2308	0.0589	-0.1807	-0.2204	0.1592	0.0009	0.1643	-0.0928	0.0027	0.3597	-0.1437	0.4025	93.6993	66.4474	75.1412
24	0.8143	0.0326	0.0675	0.6849	0.0328	0.6119	-0.0024	-0.1693	0.32	0.0821	0.0269	-0.05	-0.2355	0.0085	-0.0245	0.1704	-0.0347	0.0191	0.1453	-0.0969	0.3354	43.9175	85.5491	65.7376
25	2.2169	-1.4118	0.4018	2.1915	-0.9001	0.8054	-0.105	0.2836	0.7826	-0.2157	0.0711	0.1807	-0.2948	-0.3059	0.0338	0.8721	-0.0068	-0.0814	0.9833	0.1568	1.1211	93.5869	-19.6575	-46.8538
26	1.7383	0.7846	-0.4546	1.8685	-0.5765	2.0004	-0.0478	0.3333	0.0928	-0.3108	0.0743	0.1508	-0.055	-0.1254	-0.0265	0.3538	-0.0618	0.0745	0.5856	-0.0551	0.3831	99.3046	-50.2468	-36.0444
27	0.331	0.3045	0.4412	0.3548	0.4519	0.7015	0.0361	0.055	-0.0475	-0.0489	-0.048	0.0119	0.0976	-0.1589	0.0119	0.2856	-0.0289	0.1319	0.5307	-0.045	0.3746	123.101	-33.0886	-2.237
28	0.2083	-0.1453	-0.0975	0.3148	-0.0042	0.2246	0.0417	0.0362	0.1352	-0.1803	0.0102	-0.1379	-0.1381	0.0673	-0.0518	0.3061	-0.079	0.0728	0.5172	-0.041	0.46	127.9736	22.5763	5.3691
29	1.2258	0.4765	0.693	1.336	-0.5036	2.6696	-0.0429	0.0627	0.5009	-0.1828	-0.0209	0.3253	-1.0625	-0.2904	0.0638	0.8579	0.0529	0.1307	0.5393	-0.011	0.6398	104.0159	71.7635	19.1727
30	1.678	-0.5726	-1.0394	0.2297	0.355	0.648	0.1066	-0.2446	-0.0044	0.004	-0.0601	-0.0501	-0.0421	0.1753	-0.0464	0.7837	-0.1171	0.0125	0.7597	-0.1069	0.7662	0.1307	53.3925	83.4402
31	0.7357	0.4726	-0.0779	0.8218	0.1622	0.3614	-0.0204	0.0013	0.1895	-0.0264	-0.0389	0.2212	-0.1101	-0.2104	0.0593	0.09	0.069	0.0006	0.1507	-0.0223	0.1654	-35.4653	18.3162	29.5453
32	0.2748	-0.0647	-0.0295	0.7342	-0.2142	0.3113	-0.056	-0.1055	0.0672	0.1638	0.0428	0.055	-0.1003	-0.068	0.0132	0.0643	0.0215	0.0137	0.1542	-0.0977	0.1243	-27.9522	-0.423	46.5449
33	0.68	-0.1299	0.1655	0.6524	0.1629	0.7581	-0.0433	-0.0163	-0.1778	0.0121	-0.0253	0.1278	0.1676	-0.17	0.0686	0.0582	-0.0366	0.0537	0.1441	-0.0909	0.1861	-39.3028	-32.075	37.9138
34	2.153	1.7739	0.3975	6.4547	0.5877	0.2487	0.1347	-0.064	0.02	-0.0225	-0.1678	0.5801	0.1709	-0.3904	0.0332	0.5886	-0.1832	0.1456	0.9756	-0.1384	0.8652	-73.3158	-53.5428	42.3791
35	1.7192	-0.3711	-0.2765	0.6959	0.1621	0.8276	-0.0277	0.0248	0.2583	0.2277	0.0053	-0.4976	-0.327	0.4261	0.0224	0.8166	-0.1449	0.065	0.6927	-0.0371	0.5814	41.6257	-4.9294	-64.0022
36	0.2387	-0.0628	-0.0082	1.755	-0.869	0.784	0.0565	0.1078	0.06	0.0566	0.0012	0.1056	-0.3277	0.0077	-0.0577	0.4234	-0.0461	0.0938	0.445	-0.1343	0.2722	18.2599	-29.7617	-51.4034
37	0.6415	-0.0525	-0.2162	0.2293	-0.1148	0.7047	0.0224	0.2046	-0.0026	-0.0547	-0.0203	-0.0127	-0.0454	0.0171	-0.002	0.2776	-0.0525	0.0633	0.2368	-0.1605	0.3149	19.6126	-59.3236	-30.8962
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51	0.1389	0.1285	0.002	1.7739	0.5977	0.2619	-0.0277	-0.1179	0.0964	-0.0786	0.0221	-0.1339	-0.0667	0.1865	0.0056	0.7028	0.2105	0.1123	0.9955	0.1187	0.3774	57.8776	-16.2173	167.6769
52	0.3917	-0.0145	-0.2184	0.1386	0.0712	0.6345	-0.0095	-0.2357	0.0292	0.1773	0.0744	0.0212	-0.0397	0.067	-0.0649	0.5491	0.2392	0.1302	0.8053	0.1964	0.3825	56.8383	-48.3122	151.4946
53	0.3048	-0.0449	0.3707	0.162	0.2354	2.327	-0.0865	-0.1698	-0.2149	0.0943	0.0467	0.0745	0.0869	-0.1355	0.0398	0.4456	0.1377	0.2285	0.6302	0.205	0.5359	11.6646	-68.807	125.0237
54	2.2132	-0.1019	0.0566	1.6419	0.6959	1.1963	0.1004	0.1232	-0.5022	-0.3466	-0.1749	0.7168	0.0886	-0.7227	0.0745	0.6496	0.1	0.2116	0.9642	0.0949	0.8953	-19.8802	-77.6304	100.7185
55	0.8274	-0.2199	0.3305	1.4089	-0.4777	0.9572	0.0134	-0.3465	-0.4944	0.3462	0.0632	-0.2582	0.4486	0.0191	-0.0766	0.7948	-0.0627	-0.0873	0.8498	-0.0716	0.6282	-18.8458	43.66	156.0455
56	2.1005	0.7721	0.0436	0.3716	-0.0566	0.1372	-0.093	-0.0421	0.0084	-0.0483	0.1058	0.0257	0.0928	0.0297	-0.0128	0.5459	-0.0508	0.0115	0.6912	-0.2806	0.4239	0.5272	71.0697	141.1458
57	0.218	-0.0613	-0.1453	0.2156	-0.1211	0.5552	-0.0054	-0.1858	0.0119	0.0797	-0.0036	0.0319	0.0406	-0.0269	0.0091	0.4336	-0.1062	-0.0121	0.6953	-0.2964	0.4957	34.9861	79.5415	135.0957
58	0.8351	-0.3954	-0.9608	0.4639	0.624	1.226	0.0055	-0.2605	0.0154	0.1125	-0.0365	-0.0387	0.0102	0.1489	0.031	0.4543	0.0177	-0.0371	0.9287	-0.0728	0.4749	77.8582	43.9775	141.7147
59	1.3795	0.1924	-0.1648	1.5057	-0.8603	1.2461	-0.1645	-0.335	-0.5497	0.218	-0.1095	-0.653	0.6149	0.287	0.274	0.8494	0.1641	0.0291	1.2646	0.0427	0.8407	105.7999	14.3238	140.4092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	147 - 355
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	356 - 969
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	970 - 1778
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1779 - 1887
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	147 - 355
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	356 - 969
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	970 - 1778
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1779 - 1887
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 146
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	147 - 355
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	356 - 969
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	970 - 1778
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	1779 - 1887
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	1 - 146
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	147 - 355
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	356 - 969
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	970 - 1778
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	1779 - 1887
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	1 - 146
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	147 - 355
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	356 - 969
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	970 - 1778
25	X-RAY DIFFRACTION	24	F	1779 - 1887
26	X-RAY DIFFRACTION	25	G	1 - 146
27	X-RAY DIFFRACTION	26	G	147 - 355
28	X-RAY DIFFRACTION	27	G	356 - 969
29	X-RAY DIFFRACTION	28	G	970 - 1778
30	X-RAY DIFFRACTION	29	G	1779 - 1887
31	X-RAY DIFFRACTION	30	D	5 - 324
32	X-RAY DIFFRACTION	31	D	325 - 804
33	X-RAY DIFFRACTION	32	D	805 - 1292
34	X-RAY DIFFRACTION	33	D	1293 - 1772
35	X-RAY DIFFRACTION	34	D	1773 - 2048
36	X-RAY DIFFRACTION	35	H	5 - 324
37	X-RAY DIFFRACTION	36	H	325 - 804
38	X-RAY DIFFRACTION	37	H	805 - 1292
39	X-RAY DIFFRACTION	38	H	1293 - 1772
40	X-RAY DIFFRACTION	39	H	1773 - 2048
41	X-RAY DIFFRACTION	40	I	5 - 324
42	X-RAY DIFFRACTION	41	I	325 - 804
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45	X-RAY DIFFRACTION	44	I	1773 - 2048
46	X-RAY DIFFRACTION	45	J	5 - 324
47	X-RAY DIFFRACTION	46	J	325 - 804
48	X-RAY DIFFRACTION	47	J	805 - 1292
49	X-RAY DIFFRACTION	48	J	1293 - 1772
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51	X-RAY DIFFRACTION	50	K	5 - 324
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59	X-RAY DIFFRACTION	58	L	1293 - 1772
60	X-RAY DIFFRACTION	59	L	1773 - 2048

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新型コロナ情報

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