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- PDB-6qju: Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qju
タイトルCrystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with 3-bromo-1H-indazol-5-amine
要素Bromodomain-containing protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bromodomain / Complex / Inhibitor / Ligand / Halogen bonding / XB / HEFLib / halogen-enriched fragment library
機能・相同性
機能・相同性情報


lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin organization / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / : / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...NET domain superfamily / : / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-bromanyl-2~{H}-indazol-5-amine / THIOCYANATE ION / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.202 Å
データ登録者Braun, M.B. / Stehle, T. / Heidrich, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Br-O-modomain (BRD3) halogen binding to a small molecule
著者: Braun, M.B. / Stehle, S. / Heidrich, J. / Boeckler, F.M.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,75410
ポリマ－29,1742
非ポリマー5808
水4,756264
1
A: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9815
ポリマ－14,5871
非ポリマー3944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7735
ポリマ－14,5871
非ポリマー1864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.951, 62.071, 84.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 14586.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059

-
非ポリマー , 6種, 272分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-J58 / 3-bromanyl-2~{H}-indazol-5-amine


分子量: 212.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6BrN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.20 M KSCN, 0.1 M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, soaked with 14% DMSO containing 42mM 3-bromo-1H-imidazol-5-amine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.202→43.672 Å / Num. obs: 151382 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.82 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 25.48
反射 シェル解像度: 1.202→1.27 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / Num. unique obs: 26179 / CC1/2: 0.95 / Rrim(I) all: 0.34 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2nxb

2nxb


解像度: 1.202→43.672 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.16 4553 3.01 %
Rwork0.1409 --
obs0.1414 151378 93.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.202→43.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 32 264 2208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0582846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.572804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2021-1.21570.18371270.15124097X-RAY DIFFRACTION78
1.2157-1.230.17131290.13544260X-RAY DIFFRACTION82
1.23-1.2450.1821340.13454369X-RAY DIFFRACTION84
1.245-1.26080.13851410.13034411X-RAY DIFFRACTION85
1.2608-1.27740.19751380.12694498X-RAY DIFFRACTION86
1.2774-1.29490.15661400.12234592X-RAY DIFFRACTION87
1.2949-1.31340.13331440.12074601X-RAY DIFFRACTION88
1.3134-1.3330.13511480.11934663X-RAY DIFFRACTION90
1.333-1.35380.1351480.11774768X-RAY DIFFRACTION91
1.3538-1.3760.1381510.11754810X-RAY DIFFRACTION92
1.376-1.39970.1681490.11784801X-RAY DIFFRACTION93
1.3997-1.42520.14551500.11564896X-RAY DIFFRACTION93
1.4252-1.45260.19581490.11244886X-RAY DIFFRACTION93
1.4526-1.48230.13721530.11064920X-RAY DIFFRACTION94
1.4823-1.51450.1321610.10965023X-RAY DIFFRACTION96
1.5145-1.54970.14451520.11025032X-RAY DIFFRACTION97
1.5497-1.58850.14161600.10565080X-RAY DIFFRACTION97
1.5885-1.63140.12971620.10585063X-RAY DIFFRACTION97
1.6314-1.67940.13451550.11075106X-RAY DIFFRACTION98
1.6794-1.73370.14921610.11955123X-RAY DIFFRACTION98
1.7337-1.79560.16851570.12785152X-RAY DIFFRACTION98
1.7956-1.86750.1641550.13245160X-RAY DIFFRACTION98
1.8675-1.95250.14161570.13665188X-RAY DIFFRACTION98
1.9525-2.05540.15611630.13945131X-RAY DIFFRACTION99
2.0554-2.18420.16231620.13925169X-RAY DIFFRACTION99
2.1842-2.35290.15091590.14415193X-RAY DIFFRACTION99
2.3529-2.58960.17131640.15685188X-RAY DIFFRACTION99
2.5896-2.96430.1721610.16435195X-RAY DIFFRACTION100
2.9643-3.73430.16521600.16515213X-RAY DIFFRACTION100
3.7343-43.70050.17621630.15895237X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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