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- PDB-6sxx: Crystal structure of the bromodomain of human CREBBP in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sxx
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human CREBBP in complex with ACA007
要素CREBBP
キーワードTRANSCRIPTION / Fragment / CBP / CREBBP
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / embryonic digit morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / RUNX3 regulates NOTCH signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of NFE2L2 gene expression / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / histone acetyltransferase activity / regulation of nucleotide-excision repair / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / histone acetyltransferase complex / Attenuation phase / protein-lysine-acetyltransferase activity / cAMP/PKA signal transduction / histone acetyltransferase / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cellular response to heat / cellular response to nutrient levels / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / SUMOylation of transcription cofactors / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / CD209 (DC-SIGN) signaling / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / protein destabilization / positive regulation of protein localization to nucleus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / chromatin DNA binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / tau protein binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / transcription coactivator binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / p53 binding / cellular response to UV / transcription corepressor activity / rhythmic process / Regulation of PD-L1(CD274) transcription / transcription regulator complex / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / protein-containing complex assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / transcription coactivator activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetyltransferase KAT11-type domain / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
(3~{R})-1-ethanoylpyrrolidine-3-carboxylic acid / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Xiang, W. / Bedi, R.K. / Sledz, P. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII5_180345 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bromodomain of human CREBBP in complex with ACA007
著者: Xiang, W. / Bedi, R.K. / Sledz, P. / Caflisch, A.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREBBP
B: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9477
ポリマ－28,4472
非ポリマー5015
水1,45981
1
A: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5054
ポリマ－14,2231
非ポリマー2813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4433
ポリマ－14,2231
非ポリマー2192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.348, 122.348, 39.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 CREBBP


分子量: 14223.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-LXQ / (3~{R})-1-ethanoylpyrrolidine-3-carboxylic acid


分子量: 157.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M Potassium thiocyanate, 5% EtGly

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 17375 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.17 % / Biso Wilson estimate: 33.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.91→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 2766 / CC1/2: 0.73 / Rrim(I) all: 0.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX1.16_3549位相決定
XDSMar 15, 2019データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dwy

3dwy


解像度: 2.01→37.39 Å / SU ML: 0.2549 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.0509
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 745 5 %10%
Rwork0.1955 14153 --
obs0.1983 14898 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→37.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1825 0 34 81 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89112603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6331150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.160.3131470.23432800X-RAY DIFFRACTION98.73
2.16-2.380.33651490.26682827X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.720.28291500.22672848X-RAY DIFFRACTION100
2.72-3.430.28571490.21712844X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.2499285024 Å / Origin y: 1.78381066438 Å / Origin z: -2.8206154518 Å
111213212223313233
T0.186968439758 Å2-0.0272703726603 Å2-0.0280890794996 Å2-0.317407432715 Å2-0.00982456843847 Å2--0.312430200708 Å2
L1.77386089282 °20.296755123505 °2-0.29108498743 °2-2.61099426943 °2-0.502781234412 °2--2.58466773448 °2
S-0.0735179153903 Å °-0.115864011354 Å °0.206636835721 Å °-0.141363851652 Å °0.123592006075 Å °0.658035335124 Å °0.212443297383 Å °-0.57400164301 Å °-0.050844515487 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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