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- PDB-4ous: Crystal structure of zebrafish Caprin-2 C1q domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ous
タイトルCrystal structure of zebrafish Caprin-2 C1q domain
要素Caprin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / C1q domain / Wnt signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal/ventral axis specification / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendrite morphogenesis / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell differentiation / negative regulation of translation / signaling receptor binding / RNA binding ...dorsal/ventral axis specification / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendrite morphogenesis / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell differentiation / negative regulation of translation / signaling receptor binding / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Caprin / Caprin-1 dimerization domain / Caprin-1 dimerization domain / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 ...Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Caprin / Caprin-1 dimerization domain / Caprin-1 dimerization domain / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Song, X. / Li, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the C1q domain of Caprin-2 in canonical Wnt signaling
著者: Miao, H. / Jia, Y. / Xie, S. / Wang, X. / Zhao, J. / Chu, Y. / Zhou, Z. / Shi, Z. / Song, X. / Li, L.
履歴
登録2014年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caprin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1202
ポリマ－16,0801
非ポリマー401
水2,342130
1
A: Caprin-2
ヘテロ分子

A: Caprin-2
ヘテロ分子

A: Caprin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3616
ポリマ－48,2403
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6550 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.985, 94.985, 94.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1201-

CA

21A-1396-

HOH

31A-1400-

HOH

41A-1401-

HOH

51A-1402-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Caprin-2 / RNA granule protein 140


分子量: 16080.109 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 780-914 / 変異: M998L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: caprin2, rng140, si:ch211-11c20.4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q5RJ80
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 4.0M sodium nitrate, 0.1M Bis-Tris propane pH7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. all: 66333 / Num. obs: 63149 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6613 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O91

1o91


解像度: 1.05→10.62 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 12.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1613 2002 3.49 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.1523 57340 86.69 %-
all-66144 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→10.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1035 0 1 130 1166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1271506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.418384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006196
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.0501-1.07630.19281320.1821389186
1.0763-1.10540.15871390.1595392687
1.1054-1.13790.14661430.1457405190
1.1379-1.17460.14941530.1384412791
1.1746-1.21650.16671490.1413407090
1.2165-1.26510.13591530.1479411091
1.2651-1.32260.16791510.1503407990
1.3226-1.39220.15861530.1436415292
1.3922-1.47920.15121430.1481419392
1.4792-1.59310.14731540.1375423993
1.5931-1.75270.16381570.1415426894
1.7527-2.00490.16121270.1519338774
2.0049-2.52030.13711130.1547343475
2.5203-10.62020.18881350.1653341173
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.1006 Å / Origin y: -20.2713 Å / Origin z: -15.6584 Å
111213212223313233
T0.0492 Å2-0.0015 Å20.0031 Å2-0.0476 Å2-0.0024 Å2--0.0484 Å2
L0.496 °2-0.0311 °2-0.0033 °2-0.3845 °2-0.0986 °2--0.501 °2
S-0.0009 Å °-0.0198 Å °-0.0034 Å °0.0445 Å °-0.0047 Å °0.0442 Å °-0.0317 Å °-0.0315 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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