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- PDB-5ybz: High resolution structure of complement C1q-like protein 3 C1q domain -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ybz | ||||||
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Title | High resolution structure of complement C1q-like protein 3 C1q domain | ||||||
![]() | Complement C1q-like protein 3 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() postsynaptic density assembly / collagen trimer / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse organization / synaptic cleft / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, H. / Li, Z. / Xu, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: High resolution structure of complement C1q-like protein 3 C1q domain Authors: Liu, H. / Li, Z. / Xu, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 181.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 144 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 470 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ACD
#1: Protein | Mass: 15111.691 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 125-255 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 351 molecules ![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CA / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: ammonium sulfate, sodium citrate, manganese chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 12, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.711→50 Å / Num. obs: 40768 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.122 / Net I/σ(I): 26.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.711→1.76 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1976 / Χ2: 0.919 / % possible all: 98.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.711→22.074 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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