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- PDB-5hba: Globular Domain of Zebrafish Complement 1qA protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hba
タイトルGlobular Domain of Zebrafish Complement 1qA protein
要素Uncharacterized protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement 1q
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen trimer / complement activation, classical pathway / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement component 1, q subcomponent, A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Xia, C. / Yuan, H. / Chen, R.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31230074 中国
the 973 Project of the China Ministry of Science and Technology2013CB835302 中国
the open project of State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology2015FB14 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of zebrafish complement 1qA globular domain.
著者: Yuan, H. / Chen, R. / Tariq, M. / Liu, Y. / Sun, Y. / Xia, C.
履歴
登録2015年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6706
ポリマ－44,3813
非ポリマー2883
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.347, 85.059, 95.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Complement 1q subcomponent subunit A


分子量: 14793.828 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 112-245 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: c1qa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1QFM5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, PEG 3350 / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 26479 / Num. obs: 26479 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 22.222 / Net I/σ(I): 22.222
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 11.75 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PK6

1pk6


解像度: 2.05→38.855 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1336 5.06 %
Rwork0.1818 --
obs0.1838 26408 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3020 0 15 182 3217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1074207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6161110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0466-2.11980.20381280.16752441X-RAY DIFFRACTION98
2.1198-2.20460.22181310.17352481X-RAY DIFFRACTION100
2.2046-2.3050.23871320.17162477X-RAY DIFFRACTION100
2.305-2.42650.2211290.18462470X-RAY DIFFRACTION100
2.4265-2.57850.25461440.19742502X-RAY DIFFRACTION100
2.5785-2.77750.23651270.1862510X-RAY DIFFRACTION100
2.7775-3.05690.23491310.18152515X-RAY DIFFRACTION100
3.0569-3.4990.21871430.17572513X-RAY DIFFRACTION100
3.499-4.40740.18551430.16452526X-RAY DIFFRACTION98
4.4074-38.86210.23591280.20192637X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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