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- PDB-5wh8: Cellulase Cel5C_n -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wh8
タイトルCellulase Cel5C_n
要素Putative carbohydrate-active enzyme
キーワードHYDROLASE / cellulase / GH5
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative carbohydrate-active enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured organism (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Pope, P.B. / Naas, A.E.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway214042 ノルウェー
European Research Commission Starting Grant Fellowship336355 - MicroDE ノルウェー
引用ジャーナル: Microbiome / 年: 2018
タイトル: "Candidatus Paraporphyromonas polyenzymogenes" encodes multi-modular cellulases linked to the type IX secretion system.
著者: Naas, A.E. / Solden, L.M. / Norbeck, A.D. / Brewer, H. / Hagen, L.H. / Heggenes, I.M. / McHardy, A.C. / Mackie, R.I. / Pasa-Tolic, L. / Arntzen, M.O. / Eijsink, V.G.H. / Koropatkin, N.M. / ...著者: Naas, A.E. / Solden, L.M. / Norbeck, A.D. / Brewer, H. / Hagen, L.H. / Heggenes, I.M. / McHardy, A.C. / Mackie, R.I. / Pasa-Tolic, L. / Arntzen, M.O. / Eijsink, V.G.H. / Koropatkin, N.M. / Hess, M. / Wrighton, K.C. / Pope, P.B.
履歴
登録2017年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.src_method
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative carbohydrate-active enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,10717
ポリマ－36,6291
非ポリマー1,47916
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint41 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.210, 75.500, 88.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative carbohydrate-active enzyme


分子量: 36628.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured organism (環境試料) / 遺伝子: SARM_0026 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NSK2
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.09M NaF, 0.09M NaBr, 0.09 M NaI, 0.1 M imidazole, MES monohydrate pH 6.5, 20% PEG 500 MME, 20% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→27.57 Å / Num. obs: 46380 / % possible obs: 98.76 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 13.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06999 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.57→1.626 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8158 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique obs: 4564 / CC1/2: 0.854 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PZT

3pzt


解像度: 1.57→27.566 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 16.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 2000 4.31 %
Rwork0.1448 --
obs0.146 46374 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.38 Å2 / Biso mean: 17.6653 Å2 / Biso min: 6.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→27.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 231 219 3030
Biso mean--35.16 26.79 -
残基数----323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3473735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.828989
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.57-1.60930.351410.29723142328399
1.6093-1.65280.27211400.24923102324299
1.6528-1.70140.27741430.21623170331399
1.7014-1.75630.19031420.18353146328899
1.7563-1.81910.20961410.152531423283100
1.8191-1.89190.15861440.13033174331899
1.8919-1.9780.16391420.12873157329999
1.978-2.08230.16371420.12423152329499
2.0823-2.21270.14991440.11863192333699
2.2127-2.38340.16681430.12173180332399
2.3834-2.62310.16621430.12313160330399
2.6231-3.00230.1621450.13433208335399
3.0023-3.7810.15591440.13723203334797
3.781-27.57010.15891460.14933246339295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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