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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qjo | ||||||
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タイトル | DNA containing both right- and left-handed parallel-stranded G-quadruplexes | ||||||
![]() | DNA (28-MER) | ||||||
![]() | DNA / G-quadruplex left-handed right-handed | ||||||
機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Winnerdy, F.R. / Bakalar, B. / Maity, A. / Vandana, J.J. / Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Phan, A.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NMR solution and X-ray crystal structures of a DNA molecule containing both right- and left-handed parallel-stranded G-quadruplexes. 著者: Winnerdy, F.R. / Bakalar, B. / Maity, A. / Vandana, J.J. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. / Phan, A.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 401.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 407.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 8897.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.54 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 22501 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 10.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.72 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 3079 / CC1/2: 0.818 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 88 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4U5M 解像度: 1.8→39.27 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.77 / 位相誤差: 24.09
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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