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- PDB-6qiu: Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with Ataxin-1 Ser776... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qiu
タイトルCrystal structure of 14-3-3 sigma in complex with Ataxin-1 Ser776 phosphopeptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Ataxin-1 phosphopeptide
キーワードPROTEIN BINDING / phosphoprotein binding anti-aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(G) binding / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / POZ domain binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / lung alveolus development / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation ...poly(G) binding / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / POZ domain binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / lung alveolus development / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / social behavior / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / RNA processing / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of cell adhesion / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / adult locomotory behavior / positive regulation of protein export from nucleus / excitatory postsynaptic potential / stem cell proliferation / learning / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / brain development / visual learning / memory / nuclear matrix / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / transcription by RNA polymerase II / postsynapse / regulation of cell cycle / cadherin binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / protein kinase binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ataxin-1, N-terminal / ATAXIN1-like / Ataxin-1 like family / Ataxin, AXH domain / Ataxin, AXH domain superfamily / Ataxin-1 and HBP1 module (AXH) / AXH domain profile. / domain in Ataxins and HMG containing proteins / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 ...Ataxin-1, N-terminal / ATAXIN1-like / Ataxin-1 like family / Ataxin, AXH domain / Ataxin, AXH domain superfamily / Ataxin-1 and HBP1 module (AXH) / AXH domain profile. / domain in Ataxins and HMG containing proteins / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Ataxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Leysen, S. / Milroy, L.G. / Davis, J.M. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the cytoplasmic chaperone effect of 14-3-3 proteins on Ataxin-1
著者: Leysen, S. / Burnley, R.J. / Rodriguez, E. / Milroy, L.G. / Soini, L. / Adamski, C.J. / Davis, R. / Obsil, T. / Brunsveld, L. / Crabbe, T. / Zoghbi, H.Y. / Ottmann, C. / Davis, J.M.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Ataxin-1 phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9594
ポリマ－27,8992
非ポリマー602
水7,782432
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Ataxin-1 phosphopeptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Ataxin-1 phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9188
ポリマ－55,7994
非ポリマー1204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.662, 111.948, 62.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Ataxin-1 phosphopeptide


分子量: 1356.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54253*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes (pH 7.1, 7.3, 7.5, 7.7), 0.19 M CaCl2, 5% glycerol, 24-29% PEG 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.64 Å / Num. obs: 26519 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 11.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 34.2 / Num. measured all: 169812
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.844.90.216674213760.9650.1040.2417.285.8
9.01-45.645.10.014130625810.0060.015106.898.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.5.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.802→41.768 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1932 1306 4.93 %
Rwork0.1472 25198 -
obs0.1495 26504 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.01 Å2 / Biso mean: 15.1802 Å2 / Biso min: 2.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.802→41.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 2 432 2383
Biso mean--14.59 26.9 -
残基数----246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8021-1.87420.2451370.18012503264088
1.8742-1.95950.211260.15372633275993
1.9595-2.06280.18631330.14492725285896
2.0628-2.19210.18431280.13892827295599
2.1921-2.36130.20721570.141828583015100
2.3613-2.59890.17441420.148928823024100
2.5989-2.97490.19811700.151428543024100
2.9749-3.74770.1741530.135229173070100
3.7477-41.77940.19921600.15222999315999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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