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- PDB-6qic: Crystal structure of DEAH-box ATPase Prp22-S837A with bound ssRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qic
タイトルCrystal structure of DEAH-box ATPase Prp22-S837A with bound ssRNA
要素
  • Putative pre-mRNA splicing factor
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE / Splicing / DEAH / ATPase / helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal complex disassembly / catalytic step 2 spliceosome / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site ...: / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hamann, F. / Ficner, R. / Enders, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for RNA translocation by DEAH-box ATPases.
著者: Hamann, F. / Enders, M. / Ficner, R.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative pre-mRNA splicing factor
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
B: Putative pre-mRNA splicing factor
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
C: Putative pre-mRNA splicing factor
G: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: Putative pre-mRNA splicing factor
H: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,8148
ポリマ－318,8148
非ポリマー00
水181
1
A: Putative pre-mRNA splicing factor
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7042
ポリマ－79,7042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
2
B: Putative pre-mRNA splicing factor
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7042
ポリマ－79,7042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27830 Å2
手法PISA
3
C: Putative pre-mRNA splicing factor
G: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7042
ポリマ－79,7042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA
4
D: Putative pre-mRNA splicing factor
H: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7042
ポリマ－79,7042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.610, 139.960, 164.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14E
24F
15E
25G
16E
26H
17B
27C
18B
28D
19F
29G
110F
210H
111C
211D
112G
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPROPROAA547 - 11772 - 632
21ASNASNPROPROBC547 - 11772 - 632
12SERSERALAALAAA549 - 11764 - 631
22SERSERALAALACE549 - 11764 - 631
13METMETALAALAAA548 - 11763 - 631
23METMETALAALADG548 - 11763 - 631
14UUUUEB1 - 111 - 11
24UUUUFD1 - 111 - 11
15UUUUEB1 - 111 - 11
25UUUUGF1 - 111 - 11
16UUUUEB1 - 111 - 11
26UUUUHH1 - 111 - 11
17SERSERPROPROBC549 - 11774 - 632
27SERSERPROPROCE549 - 11774 - 632
18METMETPROPROBC548 - 11773 - 632
28METMETPROPRODG548 - 11773 - 632
19UUUUFD1 - 111 - 11
29UUUUGF1 - 111 - 11
110UUUUFD1 - 111 - 11
210UUUUHH1 - 111 - 11
111SERSERALAALACE549 - 11764 - 631
211SERSERALAALADG549 - 11764 - 631
112UUUUGF1 - 111 - 11
212UUUUHH1 - 111 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Putative pre-mRNA splicing factor


分子量: 76380.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0035640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II (DE3) / 参照: UniProt: G0S700
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3322.866 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, 250 mM NaF, 22% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→106.49 Å / Num. obs: 88822 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.251 % / Biso Wilson estimate: 81.23 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 19.56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.829.4421.4741.69107190.7051.56199.8
2.82-39.4150.8732.8130910.8680.92499.8
3-3.39.3220.4525.09159610.960.47999.8
3.3-3.59.4440.21310.3578420.990.22599.8
3.5-3.79.4110.1315.9462090.9960.13799.7
3.7-4.29.2180.08123.67109380.9980.08699.9
4.2-58.9560.04737.2396590.9990.0599.6
5-69.1870.04241.3959810.9990.04599.8
6-89.0340.03253.09478710.03499.4
8-108.4890.0274.65173410.02199.7
10-208.4590.01891.09165210.01999.3
20-507.0760.01687.0923810.01796.4
50-106.492.8180.01848.141110.02255

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I3P

6i3p


解像度: 2.7→106.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 43.937 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.87 / ESU R Free: 0.355
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 4441 5 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2146 84380 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 206.02 Å2 / Biso mean: 85.903 Å2 / Biso min: 52.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.37 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3---5.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→106.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19755 832 0 1 20588
Biso mean---71.53 -
残基数----2554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01321083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.01719408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.63928766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2951.645142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80452503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.13522.1921013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.958153520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.33215135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0222683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.024211
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A186460.15
12B186460.15
21A186110.15
22C186110.15
31A187690.14
32D187690.14
41E6380.12
42F6380.12
51E6280.15
52G6280.15
61E6340.14
62H6340.14
71B186840.14
72C186840.14
81B187830.15
82D187830.15
91F6380.15
92G6380.15
101F6350.16
102H6350.16
111C188130.14
112D188130.14
121G6430.13
122H6430.13
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 323 -
Rwork0.376 6152 -
all-6475 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.83340.2103-0.41551.0081-0.12771.55930.04370.34950.07690.0007-0.03940.11450.0762-0.0164-0.00430.01350.04650.0050.2833-0.00690.0278-70.1149-6.607341.4984
22.46133.5541.23496.8833-0.85217.1671-0.2708-0.18970.3325-1.3019-0.2513-0.23971.30760.22970.52210.49550.08250.31060.394-00.6015-65.1891-0.681242.6571
32.4520.3126-0.37611.47380.01061.5898-0.09470.02160.15830.01270.0949-0.344-0.0610.121-0.00020.02070.07-0.01010.45860.0060.10513.590812.931339.6744
41.2477-0.3684-2.31197.08931.8815.4449-0.0712-0.2152-0.0175-0.9055-0.12750.7473-0.3207-0.0240.19880.21750.0999-0.1050.57520.01540.2965-0.40714.980440.0075
51.4702-0.09150.58242.34630.57461.385-0.23660.15980.3639-0.02170.0807-0.0405-0.36870.23540.15590.21510.0773-0.03840.45080.10850.1015-25.531333.124784.4096
67.49550.003-1.42021.74822.32733.4183-0.4528-0.8906-0.6499-0.26140.22130.0527-0.13360.51690.23150.4470.1510.01120.28290.22030.3902-32.813428.706682.9756
71.49990.37110.2671.7609-0.43641.42730.15910.0298-0.1859-0.0869-0.09650.0030.2435-0.1652-0.06260.12420.1176-0.06520.3441-0.07070.0476-45.6522-40.815385.2089
87.64720.35262.98941.4488-1.41973.53050.0857-0.58861.3922-0.3915-0.22530.16850.3094-0.38820.13960.36080.2042-0.03190.3804-0.02180.4319-37.9147-37.034384.5444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A546 - 1177
2X-RAY DIFFRACTION2E1 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3B547 - 1177
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 11
5X-RAY DIFFRACTION5C549 - 1177
6X-RAY DIFFRACTION6G1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION7D548 - 1178
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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