[日本語] English
万見
- PDB-6qh0: The complex structure of hsRosR-S5 (VNG0258H/RosR-S5) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qh0
タイトルThe complex structure of hsRosR-S5 (VNG0258H/RosR-S5)
要素
  • (DNA (28-MER)) x 2
  • hsRosR DNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Halophiles (好塩菌) / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium / Protein-DNA interactions
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / PadR family transcription regulator RosR
機能・相同性情報
生物種Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.436 Å
データ登録者Shaanan, B. / Kutnowski, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1382/13 イスラエル
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Specificity of protein-DNA interactions in hypersaline environment: structural studies on complexes of Halobacterium salinarum oxidative stress-dependent protein hsRosR.
著者: Kutnowski, N. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Bar-Zvi, D. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B.
履歴
登録2019年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hsRosR DNA binding protein
B: hsRosR DNA binding protein
C: hsRosR DNA binding protein
D: hsRosR DNA binding protein
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
G: DNA (28-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,62236
ポリマ－87,1388
非ポリマー2,48428
水1,63991
1
A: hsRosR DNA binding protein
B: hsRosR DNA binding protein
G: DNA (28-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS results indicating that one protein dimer bound a single sequence., gel filtration, The elution volume of the complex indicated that hsRosR binds one DNA molecule as a dimer., ...根拠: SAXS, SAXS results indicating that one protein dimer bound a single sequence., gel filtration, The elution volume of the complex indicated that hsRosR binds one DNA molecule as a dimer., isothermal titration calorimetry, The binding stoichiometry was approximately one, indicating that one protein dimer bound a single sequence.
  • 44.9 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,92819
ポリマ－43,5694
非ポリマー1,35915
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: hsRosR DNA binding protein
D: hsRosR DNA binding protein
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,69417
ポリマ－43,5694
非ポリマー1,12513
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.545, 83.109, 89.601
Angle α, β, γ (deg.)95.810, 95.500, 105.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
hsRosR DNA binding protein


分子量: 13179.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hsRosR DNA binding protein
由来: (組換発現) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
遺伝子: VNG_0258H / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / Variant (発現宿主): WR341 / 参照: UniProt: Q9HSF4

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8678.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA (28-MER) / 由来: (合成) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8531.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA (28-MER) / 由来: (合成) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)

-
非ポリマー , 3種, 119分子

#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The complex crystallized from a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7, 2 M KCl and 0.02% azide. Crystals grown with S5 (DNA/hsRosR ratio = 1.7) appeared after 3 days in wells containing 2.4 M ...詳細: The complex crystallized from a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7, 2 M KCl and 0.02% azide. Crystals grown with S5 (DNA/hsRosR ratio = 1.7) appeared after 3 days in wells containing 2.4 M (NH4)2SO4, 20 mM MnCl2 and 0.02% azide.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.436→44.57 Å / Num. obs: 29262 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.181 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model for molecular replacement was VNG0258H/RosR (from KCl; PDB code 6FDH) and a DNA model derived from Mycobacterium tuberculosis MosR (PDB code 4FX4) but with the S5 sequences

6fdh

4fx4


解像度: 2.436→44.569 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 1356 4.93 %
Rwork0.2392 --
obs0.2407 27497 57.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 247.49 Å2 / Biso mean: 59.3866 Å2 / Biso min: 4.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.436→44.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3645 2296 120 91 6152
Biso mean--100.47 27.54 -
残基数----567
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4364-2.52350.416150.37511161213
2.5235-2.62450.3197220.396251453611
2.6245-2.74390.3648420.38291035107723
2.7439-2.88860.3786770.34681813189040
2.8886-3.06950.36531400.342583272357
3.0695-3.30640.36231670.29463296346373
3.3064-3.6390.3012130.24973956416987
3.639-4.16530.24542320.22014171440392
4.1653-5.24650.21922340.20044306454094
5.2465-44.57690.22882240.20464351457596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5721-1.17980.81160.72470.03670.31270.26370.5192-0.0488-0.2296-0.1671-0.42390.4090.3980.04420.63510.1842-0.27820.60310.20110.5136-17.227116.2005-22.714
23.5029-2.3515-3.24223.24952.14983.2999-0.09920.0079-0.19520.20080.09080.10860.2116-0.19210.0180.17580.0785-0.03510.28710.11420.1707-10.884518.602-11.0356
30.98122.66050.15017.22340.51034.3262-0.0909-0.36350.03430.18940.1648-0.0718-1.05410.25790.01480.32590.05180.01280.18770.08160.2422-3.309320.6093-5.2463
44.6033-1.3413.16090.4029-0.88192.30080.1040.89560.4464-0.65060.06870.1237-0.40380.16720.07240.25350.0819-0.04940.53050.11860.5289-7.282926.5853-16.7534
50.7855-0.80190.14460.9061-0.41220.75550.01330.37490.14790.01270.085-0.0988-0.2238-0.22720.2855-0.02240.1622-0.09160.38540.16690.3884-16.92820.1192-11.5661
66.5757-0.8032-1.1533.01910.97863.9844-0.34240.1415-0.21090.0715-0.0829-0.09660.1537-0.1885-0.1250.00290.0884-0.05780.39820.01570.1946-22.4955.00890.8477
79.79794.11920.47837.14024.66844.5277-0.07580.1681-0.7410.22060.1177-0.11970.5476-0.0833-0.18180.17260.01980.04130.235-0.10610.2549-8.64833.3378-13.9842
82.811-2.0583-0.12772.08121.34333.67310.2320.5749-0.5785-0.6414-0.27190.96320.7926-0.7833-0.0260.4575-0.0772-0.06480.5461-0.14610.4127-16.46620.9132-27.1559
91.65831.2157-2.3696.0851-4.01827.26640.1038-0.2792-0.09480.3656-0.3813-0.34310.19460.6660.28160.3177-0.05530.10350.72690.04940.1521-4.6091-1.5638-24.6
102.0689-0.11671.51836.35234.36446.9096-0.05510.6338-1.0365-0.27970.16630.14031.23960.5068-0.13180.6879-0.06340.11220.484-0.23080.5063-8.91-10.9868-21.7002
112.2492-0.110.43530.26240.39892.1880.1386-0.04860.16620.12180.1481-0.16710.37930.1267-0.11530.02280.1054-0.00710.31430.08920.1113-13.13555.4653-6.2218
127.3573-0.27830.85812.1504-0.22681.1480.0430.13970.0235-0.0820.07790.36990.0342-0.12060.16060.04360.1576-0.02870.77180.01820.3045-28.423510.6684-5.8479
135.14471.8914-0.95011.1155-1.85965.6120.1606-0.3390.5450.5364-0.42390.0496-0.62190.02710.05890.2672-0.0805-0.08960.09370.01090.1932-5.43873.201413.744
143.7191.48461.53011.03061.70033.9913-0.0425-0.1694-0.81050.3841-0.0512-0.51551.6112-0.1607-0.06920.7123-0.1315-0.02640.340.05680.3282-2.3617-9.067314.7679
153.0327-1.0521-0.87571.6082-0.85111.3336-0.2370.3538-0.5082-0.01560.00160.45480.587-0.6301-0.04960.541-0.2753-0.01210.39640.09440.2631-14.1382-5.57739.8434
162.9502-0.23170.6251.23760.26381.53240.18410.05410.3399-0.00190.0721-0.18590.10650.01030.065-0.17080.1004-0.10840.0840.05090.24337.288310.38797.2536
176.19467.58650.0631.9996-2.73836.74680.1245-0.0964-1.15450.62470.5676-3.41841.70473.4581-0.58860.58120.165-0.26911.0825-0.16980.8135.44841.262124.0178
187.8745.585-3.3659.1884-4.23372.1083-0.14380.53340.313-0.273-0.1160.0391-0.2153-0.0810.28480.34060.0322-0.05880.2073-0.04160.16732.07613.002622.6111
190.76871.08040.68882.0355-0.15333.0770.0774-0.04120.69290.2631-0.1169-0.0168-0.95980.27520.16870.2693-0.029-0.09220.3252-0.26420.42260.825322.220322.3161
202.58431.806-0.38836.65336.3348.9379-0.1104-0.49870.07320.43140.04970.20090.1805-0.46190.1070.4257-0.22250.05620.5363-0.16360.2801-2.423316.067430.5676
212.4559-1.2346-0.13517.08737.39238.33240.5273-0.84250.22440.55260.5824-1.3177-0.51340.9347-1.03010.6681-0.1968-0.13540.9265-0.25270.582410.569714.968232.8224
221.76870.1931-0.47461.7093-0.53490.27120.2167-0.56140.5070.7565-0.0256-0.20610.05130.39790.25080.22450.1274-0.24390.3478-0.09730.21188.622711.486620.399
234.74270.2497-0.78794.84442.09342.8626-0.1336-0.04530.9784-0.14120.3718-0.34-0.23530.3183-0.06210.07190.0862-0.02880.39160.10860.3627.299414.67761.208
241.23781.6060.28452.16560.32510.08950.26450.0718-1.20110.1571-0.1284-0.06760.85-0.409-0.42911.7153-0.4742-0.09560.7614-0.46841.6707-14.9656-30.12512.966
250.7196-0.02250.41950.98831.17031.73360.28-0.84130.06140.5957-0.50410.16160.0249-0.68030.30971.0793-0.34020.14150.7909-0.31740.4683-10.737310.333632.936
262.1374-0.04960.94281.8591-1.11151.0549-0.0078-0.30110.3070.36280.0560.0154-0.3978-0.04420.27811.4578-0.1438-0.12910.8277-0.61840.9494-5.152439.052739.483
273.78533.37851.53354.06961.44822.46120.5208-0.7424-0.17961.0761-0.4688-0.13550.4939-1.0292-0.05331.0661-0.23380.02720.9365-0.25040.4951-9.759315.23937.7228
281.3478-0.2620.1180.0533-0.02510.01050.04-0.2773-0.97780.2753-0.0540.03610.8939-0.7683-0.03751.3964-0.4844-0.04180.5710.09570.5999-16.9839-14.212822.5401
290.13340.58370.1172.75470.30670.3076-0.1696-0.12230.16020.7118-0.1947-0.3959-0.009-0.08890.13781.3688-0.55770.1330.6913-0.2371.2055-13.2805-27.52394.7928
303.0498-0.92610.32850.8774-0.53873.99160.05780.5274-0.3753-0.8022-0.0426-0.06190.23180.2112-0.84341.0103-0.03870.05980.5743-0.54910.5934-8.4364-10.3178-39.3915
313.2851.31580.55514.0914-0.03290.1150.06510.21990.2164-0.8660.3008-1.1224-1.18040.5307-0.28530.8-0.09910.0450.2966-0.00210.60335.587226.0677-17.8274
324.06564.81994.62317.18655.26595.28630.3829-0.2570.44570.64850.0558-1.384-0.95590.9901-0.39941.0686-0.2087-0.10940.4338-0.16641.09410.597439.3901-0.1794
337.22682.7786-2.73446.9598-6.37247.08750.23940.51830.7936-0.5698-0.2156-0.0565-0.0110.0945-0.0340.64620.005-0.00690.22050.14270.48492.696432.1902-14.5398
341.3882-0.09721.34821.96161.58672.7769-0.29010.6208-0.5343-1.6031-0.085-0.8155-0.22420.20240.01820.9493-0.02840.14390.5199-0.17180.4995-1.69180.3447-33.9595
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 16 )A7 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 28 )A17 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 49 )A29 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 68 )A50 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 69 through 102 )A69 - 102
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 103 through 121 )A103 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 7 through 28 )B7 - 28
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 29 through 49 )B29 - 49
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 50 through 62 )B50 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 63 through 81 )B63 - 81
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 82 through 99 )B82 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 100 through 120 )B100 - 120
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 12 through 28 )C12 - 28
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 29 through 49 )C29 - 49
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 50 through 81 )C50 - 81
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 82 through 121 )C82 - 121
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 8 through 16 )D8 - 16
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 17 through 26 )D17 - 26
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 27 through 44 )D27 - 44
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 45 through 62 )D45 - 62
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 63 through 70 )D63 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 71 through 102 )D71 - 102
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 103 through 121 )D103 - 121
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1 through 5 )E1 - 5
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 6 through 28 )E6 - 28
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 1 through 5 )F1 - 5
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 6 through 15 )F6 - 15
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 16 through 25 )F16 - 25
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 26 through 28 )F26 - 28
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 1 through 10 )G1 - 10
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 11 through 28 )G11 - 28
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 1 through 5 )H1 - 5
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 6 through 10 )H6 - 10
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 11 through 28 )H11 - 28

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る