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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6qil | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The complex structure of hsRosR-S1 (VNG0258H/RosR-S1) | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Halophiles / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium / Protein-DNA interactions | ||||||
| Function / homology | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / : / DNA / DNA (> 10) / PadR family transcription regulator RosR Function and homology information | ||||||
| Biological species | Halobacterium salinarum (Halophile) Halobacterium salinarum NRC-1 (Halophile) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Shaanan, B. / Kutnowski, N. | ||||||
| Funding support | Israel, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019Title: Specificity of protein-DNA interactions in hypersaline environment: structural studies on complexes of Halobacterium salinarum oxidative stress-dependent protein hsRosR. Authors: Kutnowski, N. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Bar-Zvi, D. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6qil.cif.gz | 436.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6qil.ent.gz | 358.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6qil.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6qil_validation.pdf.gz | 496.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6qil_full_validation.pdf.gz | 499.9 KB | Display | |
| Data in XML | 6qil_validation.xml.gz | 21.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6qil_validation.cif.gz | 30.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qil | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6qfdC ![]() 6qh0C ![]() 6quaC ![]() 4fx4S ![]() 6fdhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 13179.443 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (Halophile)Strain: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / Gene: VNG_0258H / Production host: Haloferax volcanii (archaea) / Strain (production host): WR341 / References: UniProt: Q9HSF4 |
|---|
-DNA chain , 2 types, 4 molecules EGFH
| #2: DNA chain | Mass: 8666.585 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Halobacterium salinarum NRC-1 (Halophile)#3: DNA chain | Mass: 8542.545 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Halobacterium salinarum NRC-1 (Halophile) |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 128 molecules 






| #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-MES / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.83 Å3/Da / Density % sol: 67.88 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: The complex crystallized from a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7, 2 M KCl and 0.02% azide. Crystals grown with S1 (DNA/hsRosR ratio = 1.46) appeared after 3 days in wells containing 2.77 ...Details: The complex crystallized from a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7, 2 M KCl and 0.02% azide. Crystals grown with S1 (DNA/hsRosR ratio = 1.46) appeared after 3 days in wells containing 2.77 M (NH4)2SO4, 50 mM MnCl2 and 0.02% azide. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.976 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 3, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.88→44.548 Å / Num. obs: 57497 / % possible obs: 90.9 % / Redundancy: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 11.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.88→2.124 Å |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: The starting model for molecular replacement was VNG0258H/RosR (from KCl; PDB code 6FDH) and a DNA model derived from Mycobacterium tuberculosis MosR (PDB code 4FX4) but with the S1 sequence. Resolution: 2→44.548 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 33.4
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 174.85 Å2 / Biso mean: 66.5378 Å2 / Biso min: 11.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→44.548 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Halobacterium salinarum (Halophile)
X-RAY DIFFRACTION
Israel, 1items
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