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万見
- PDB-6qfk: EngBF DARPin Fusion 4b G10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qfk
タイトルEngBF DARPin Fusion 4b G10
要素
  • PEGA domain-containing protein,PEGA domain-containing protein,EngBF DARPin fusion G10
  • V3-IF
キーワードHYDROLASE / crystallization chaperone / protein fusion / DARPin / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase 101, beta-sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, N-terminal / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / Glycosyl hydrolase 101 beta sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase N-terminal domain / Galactose mutarotase-like fold domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily ...Glycosyl hydrolase 101, beta-sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, N-terminal / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / Glycosyl hydrolase 101 beta sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase N-terminal domain / Galactose mutarotase-like fold domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PEGA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of biological targets by host:guest crystal lattice engineering.
著者: Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEGA domain-containing protein,PEGA domain-containing protein,EngBF DARPin fusion G10
B: V3-IF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,02320
ポリマ－149,6122
非ポリマー1,41118
水29,5091638
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area50310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.893, 192.893, 122.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PEGA domain-containing protein,PEGA domain-containing protein,EngBF DARPin fusion G10


分子量: 148007.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
遺伝子: DW792_04840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A414FD23
#2: タンパク質・ペプチド V3-IF


分子量: 1603.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 1656分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6
詳細: MPD, PEG 20,000, MES, sodium chloride, manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.33 Å / Num. obs: 174930 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 39.31 Å2 / Rrim(I) all: 0.2538 / Net I/σ(I): 13.46
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / Rrim(I) all: 2.903

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZXQ

2zxq


解像度: 2→29.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.102 / SU Rfree Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 8744 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.155 174877 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9285 Å20 Å20 Å2
2--0.9285 Å20 Å2
3----1.857 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10449 0 87 1638 12174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110805HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.114650HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3724SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1894HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10805HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1388SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13649SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 175 5 %
Rwork0.2359 3323 -
all0.2378 3498 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0774-0.0787-0.00070.3994-0.02280.27960.02960.01320.02790.0083-0.01590.0696-0.0632-0.0281-0.0137-0.0619-0.00930.0201-0.06470.0132-0.038880.6319-31.68653.7414
2-0.22880.098-0.71270.34690.64750.61820.0118-0.0596-0.00720.03350.0118-0.0463-0.02730.025-0.02360.30610.12570.0508-0.1380.2048-0.129873.4325-8.171240.45
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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