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万見
- PDB-6qcc: Cryo-EM Atomic Structure of Broad Bean Stain Virus (BBSV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qcc
タイトルCryo-EM Atomic Structure of Broad Bean Stain Virus (BBSV)
要素
  • Large coat-protein subunit
  • Small coat-protein subunit
キーワードVIRUS / comovirus capsid plant virus BBSV
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Broad bean stain virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Lecorre, F. / Lai Jee Him, J. / Blanc, S. / Zeddam, J.-L. / Trapani, S. / Bron, P.
資金援助New Caledonia, フランス, 3件
組織認可番号国
Government of New CaledoniaNew Caledonia
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INBS-05 フランス
France BioImaging (FBI)ANR-10-INBS-04-01 フランス
引用ジャーナル: Virology / 年: 2019
タイトル: The cryo-electron microscopy structure of Broad Bean Stain Virus suggests a common capsid assembly mechanism among comoviruses.
著者: François Lecorre / Joséphine Lai-Kee-Him / Stéphane Blanc / Jean-Louis Zeddam / Stefano Trapani / Patrick Bron /
要旨: The Broad bean stain virus (BBSV) is a member of the genus Comovirus infecting Fabaceae. The virus is transmitted through seed and by plant weevils causing severe and widespread disease worldwide. ...The Broad bean stain virus (BBSV) is a member of the genus Comovirus infecting Fabaceae. The virus is transmitted through seed and by plant weevils causing severe and widespread disease worldwide. BBSV has a bipartite, positive-sense, single-stranded RNA genome encapsidated in icosahedral particles. We present here the cryo-electron microscopy reconstruction of the BBSV and an atomic model of the capsid proteins refined at 3.22 Å resolution. We identified residues involved in RNA/capsid interactions revealing a unique RNA genome organization. Inspection of the small coat protein C-terminal domain highlights a maturation cleavage between Leu567 and Leu568 and interactions of the C-terminal stretch with neighbouring small coat proteins within the capsid pentameric turrets. These interactions previously proposed to play a key role in the assembly of the Cowpea mosaic virus suggest a common capsid assembly mechanism throughout all comovirus species.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年5月1日ID: 5NPX
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4504
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4504
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large coat-protein subunit
B: Small coat-protein subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8382
ポリマ－64,8382
非ポリマー00
水00
1
A: Large coat-protein subunit
B: Small coat-protein subunit
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,890,258120
ポリマ－3,890,258120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Large coat-protein subunit
B: Small coat-protein subunit
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 324 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,18810
ポリマ－324,18810
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Large coat-protein subunit
B: Small coat-protein subunit
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 389 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,02612
ポリマ－389,02612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Large coat-protein subunit


分子量: 41247.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Broad bean stain virus (ウイルス) / 参照: UniProt: D0PSV7
#2: タンパク質 Small coat-protein subunit


分子量: 23589.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Broad bean stain virus (ウイルス) / 参照: UniProt: D0PSV7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Broad bean stain virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Broad bean stain virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Vicia faba
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: Phosphate / 式: K2HPO4/KH2PO4
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K / 詳細: blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2899 / 詳細: 1494 images were retained for 3D reconstruction
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 / 動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 3-9

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.53粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正CTF calculation
5RELION3.0-beta-2CTF補正CTF correction
8SUPERモデルフィッティングProgram by Jorge Navaza
9Coot0.8.3モデルフィッティング
11RELION3.0-beta-2初期オイラー角割当
12RELION3.0-beta-2最終オイラー角割当
13RELION3.0-beta-2分類
14RELION3.0-beta-2３次元再構成
15PHENIX1.14-3260モデル精密化
16Coot0.8.9.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 35663
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17233 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1NY7

1ny7


Accession code: 1NY7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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