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- PDB-6qby: Crystal structure of VASH 2 in complex with SVBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qby
タイトルCrystal structure of VASH 2 in complex with SVBP
要素
  • Small vasohibin-binding protein
  • Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Tubulin carboxypeptidase / Cysteine protease / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / syncytium formation by plasma membrane fusion / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity / labyrinthine layer blood vessel development / negative regulation of endothelial cell migration / axon development ...cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / syncytium formation by plasma membrane fusion / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity / labyrinthine layer blood vessel development / negative regulation of endothelial cell migration / axon development / protein secretion / regulation of angiogenesis / metallocarboxypeptidase activity / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of angiogenesis / apical part of cell / actin binding / microtubule binding / cytoskeleton / proteolysis / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / Small vasohibin-binding protein / Vasohibin / Coiled-coil domain-containing protein 23
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Small vasohibin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Choi, S.R. / Olieric, V. / Steinmetz, M.O. / Olieric, N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of tubulin detyrosination by the vasohibin-SVBP enzyme complex.
著者: Wang, N. / Bosc, C. / Ryul Choi, S. / Boulan, B. / Peris, L. / Olieric, N. / Bao, H. / Krichen, F. / Chen, L. / Andrieux, A. / Olieric, V. / Moutin, M.J. / Steinmetz, M.O. / Huang, H.
履歴
登録2018年12月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.ls_percent_reflns_obs
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
B: Small vasohibin-binding protein
C: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
D: Small vasohibin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8214
ポリマ－77,8214
非ポリマー00
水4,774265
1
A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
B: Small vasohibin-binding protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 ratio binding, gel filtration, Elutes from the same gel filtration peak, light scattering, Multi angle light scattering indicates 1:1 binding, assay for ...根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 ratio binding, gel filtration, Elutes from the same gel filtration peak, light scattering, Multi angle light scattering indicates 1:1 binding, assay for oligomerization, When co-expressed in E.coli, affinity chromatography for the HIS6 tag on SVBP co-purified untagged Vasohibin 2
  • 38.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9102
ポリマ－38,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
2
C: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
D: Small vasohibin-binding protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 ratio binding, gel filtration, Elutes from the same gel filtration peak, light scattering, Multi angle light scattering indicates 1:1 binding, assay for ...根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 ratio binding, gel filtration, Elutes from the same gel filtration peak, light scattering, Multi angle light scattering indicates 1:1 binding, assay for oligomerization, When co-expressed in E.coli, affinity chromatography for the HIS6 tag on SVBP co-purified untagged Vasohibin 2
  • 38.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9102
ポリマ－38,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.887, 119.887, 102.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Vasohibin-2 / Vasohibin-like protein


分子量: 29999.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH2, VASHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86V25, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
#2: タンパク質 Small vasohibin-binding protein / Coiled coil domain-containing protein 23


分子量: 8911.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N300
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: Hexagonal cylinder
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium formate 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5 20% PEG3350
PH範囲: 6.2-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→103.83 Å / Num. obs: 30821 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.113→2.345 Å / 冗長度: 9 % / Num. unique obs: 1542 / % possible all: 78.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→103.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.303 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1434 4.65 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 30812 60.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9981 Å20 Å20 Å2
2--1.9981 Å20 Å2
3----3.9962 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→103.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 0 265 4707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014555HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.046151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1596SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes98HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes658HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4555HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion580SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5325SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 -5.36 %
Rwork0.209 159 -
obs--3.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83110.46570.30061.06340.092.4485-0.02990.0529-0.0469-0.00610.08020.0103-0.19010.3598-0.0503-0.0716-0.0640.01820.0289-0.0559-0.12822.4105-66.4223-27.6481
22.7240.66952.72151.2318-1.54955.3693-0.37531.014-0.0038-0.10390.12440.2366-0.85020.69190.2508-0.0528-0.48420.02390.0796-0.0219-0.496110.8431-49.1223-35.4026
31.69960.2077-0.65372.0039-0.04582.2055-0.00870.17390.3918-0.13770.22820.196-0.3952-0.2773-0.2196-0.14560.03880.0138-0.2530.0637-0.249817.704-31.3036-3.5206
43.6497-1.536-1.5914-2.20022.77696.97770.0035-0.05390.6631-0.12310.1467-0.2977-0.3663-0.39-0.15010.02580.31640.1292-0.25520.0895-0.04798.7265-18.68148.4344
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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