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- PDB-6qai: 2-desoxiribosyltransferase from Leishmania mexicana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qai
タイトル2-desoxiribosyltransferase from Leishmania mexicana
要素2-Deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / deoxyribosyltransferase / enzymatic synthesis / oligomeric assembly / purine nucleoside analogues / protein crystallography
機能・相同性Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Crespo, N. / Mancheno, J.M.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2010-17929/BMC スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSAF2015-64629-C2-2-R スペイン
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: 2'-Deoxyribosyltransferase from Leishmania mexicana, an efficient biocatalyst for one-pot, one-step synthesis of nucleosides from poorly soluble purine bases.
著者: Crespo, N. / Sanchez-Murcia, P.A. / Gago, F. / Cejudo-Sanches, J. / Galmes, M.A. / Fernandez-Lucas, J. / Mancheno, J.M.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年12月26日ID: 5NBR
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-Deoxyribosyltransferase
B: 2-Deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4855
ポリマ－34,1192
非ポリマー3663
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.209, 46.265, 87.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-45-

ILE

21A-45-

ILE

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要素

#1: タンパク質 2-Deoxyribosyltransferase


分子量: 17059.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
遺伝子: LMXM_23_1580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AWJ0
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→39.85 Å / Num. obs: 33859 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.66→1.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A0K

2a0k


解像度: 1.66→39.85 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 2000 5.91 %
Rwork0.169 --
obs0.1708 33853 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 24 224 2593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8953334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7121993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.70150.3021370.24252206X-RAY DIFFRACTION96
1.7015-1.74750.22441430.22052223X-RAY DIFFRACTION96
1.7475-1.79890.26511350.21692244X-RAY DIFFRACTION96
1.7989-1.8570.23391460.20122248X-RAY DIFFRACTION96
1.857-1.92340.2051430.19062252X-RAY DIFFRACTION97
1.9234-2.00040.24681340.1972249X-RAY DIFFRACTION97
2.0004-2.09140.24451500.19312245X-RAY DIFFRACTION97
2.0914-2.20170.21971420.1792292X-RAY DIFFRACTION98
2.2017-2.33960.20471400.17262247X-RAY DIFFRACTION98
2.3396-2.52020.19231440.17222288X-RAY DIFFRACTION98
2.5202-2.77380.20341500.18472305X-RAY DIFFRACTION98
2.7738-3.1750.22211470.18672308X-RAY DIFFRACTION99
3.175-3.99960.18761420.15682340X-RAY DIFFRACTION99
3.9996-39.86360.16481470.13932406X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9880.7772-0.60495.6911-0.61253.13050.08110.18070.2308-0.1892-0.04130.1204-0.2224-0.0851-0.00550.1180.0076-0.01630.12030.02130.1924-24.4917-0.884479.1135
23.5624-1.6118-0.25344.56050.44113.2712-0.1062-0.06880.22070.09150.06020.3197-0.5008-0.7354-0.03240.21340.0861-0.04520.2661-0.02510.2612-35.8773-0.017185.1042
31.0059-0.2022-0.39941.44190.73863.89180.0362-0.51330.02260.18230.1687-0.223-0.0960.6634-0.1110.1759-0.008-0.02410.3278-0.04780.2245-19.4538-4.820696.7774
46.91010.1619-2.51488.4571-4.33214.0550.02230.0034-0.4503-0.17990.09170.5910.47140.1659-0.12970.21460.0096-0.02970.0768-0.00960.3124-22.6391-18.204481.448
51.49190.123-1.69572.7269-0.97242.1866-0.1283-0.8511-0.08040.90010.05210.30970.06-0.12990.01270.5201-0.03070.12170.8271-0.06620.3093-32.0377-1.009118.2717
63.9557-0.7537-3.55631.73772.34924.9467-0.1786-1.4055-0.79341.4002-0.12040.18120.85610.46390.27210.6467-0.06010.04040.61550.07840.2639-27.4283-11.7608111.8464
71.9888-0.04670.55362.9831.30834.60030.0902-0.56380.29770.121-0.26870.3086-0.8309-0.6919-0.22850.3050.06840.05320.4296-0.12990.2457-33.73844.9053103.1622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 145 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 146 through 158 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 36 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 37 through 53 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 157 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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