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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q85 | ||||||
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タイトル | Structure of Fucosylated D-antimicrobial peptide SB11 in complex with the Fucose-binding lectin PA-IIL at 1.990 Angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIBIOTIC / Antimicrobial / Lectin / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019 タイトル: X-ray Crystal Structures of Short Antimicrobial Peptides as Pseudomonas aeruginosa Lectin B Complexes. 著者: Baeriswyl, S. / Gan, B.H. / Siriwardena, T.N. / Visini, R. / Robadey, M. / Javor, S. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6q85.cif.gz | 210 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6q85.ent.gz | 169.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6q85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6q85_validation.pdf.gz | 484.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6q85_full_validation.pdf.gz | 486.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6q85_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6q85_validation.cif.gz | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/6q85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/6q85 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / Polypeptide(D) / 糖 , 3種, 12分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fucose-binding lectin PA-IIL Lectin B from Pseudomonas aeruginosa 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: lecB, C0043_24310, C0044_25260, C0046_23510, CAZ10_21840, CW299_25270, DI492_13230, DT376_00595, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS #2: Polypeptide(D) | 分子量: 1416.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fucosylated D-antimicrobial peptide SB11 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 糖 | ChemComp-ZDC / |
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-非ポリマー , 3種, 304分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-NH2 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.03679 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.03679 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.99→45.897 Å / Num. all: 68307 / Num. obs: 68307 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.15 / Rsym value: 0.142 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 667381 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OXC 解像度: 1.99→45.897 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.58 Å2 / Biso mean: 45.0036 Å2 / Biso min: 24.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→45.897 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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