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- PDB-5enc: Crystal structure of the second bromodomain of Pleckstrin homolog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5enc
タイトルCrystal structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N-(2,6-Dichlorobenzyl)acetamide (SGC - Diamond I04-1 fragment screening)
要素PH-interacting protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / bromodomain / PHIP / crystallographic fragment screen / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / : / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / : / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway / regulation of cell shape / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily ...: / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-[[2,6-bis(chloranyl)phenyl]methyl]ethanamide / PH-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Krojer, T. / Talon, R. / Collins, P. / Bradley, A. / Cox, O. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Krojer, T. / Talon, R. / Collins, P. / Bradley, A. / Cox, O. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: A poised fragment library enables rapid synthetic expansion yielding the first reported inhibitors of PHIP(2), an atypical bromodomain.
著者: Cox, O.B. / Krojer, T. / Collins, P. / Monteiro, O. / Talon, R. / Bradley, A. / Fedorov, O. / Amin, J. / Marsden, B.D. / Spencer, J. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
履歴
登録2015年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PH-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9374
ポリマ－15,5951
非ポリマー3423
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.687, 91.582, 24.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PH-interacting protein / PHIP / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11


分子量: 15594.661 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain, UNP residues 1315-1440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, WDR11 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-5QD / ~{N}-[[2,6-bis(chloranyl)phenyl]methyl]ethanamide


分子量: 218.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9Cl2NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 , 0.15M magnesium chloride , 32% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→28.8 Å / Num. obs: 18820 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 21.8 / Num. measured all: 120066
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.59-1.636.20.7262.4833913430.7910.31498.7
7.11-28.85.50.03653.114412640.9990.01798.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MB3

3mb3


解像度: 1.59→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.491 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 933 5 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2057 17845 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.92 Å2 / Biso mean: 31.014 Å2 / Biso min: 19.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0 Å20 Å2
2--1.65 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1018 0 21 180 1219
Biso mean--44.18 40.34 -
残基数----124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191070
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.9591440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02432258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2375125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.79623.63655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98215188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.797159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.342.074500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3392.076501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0863.109628
LS精密化 シェル解像度: 1.589→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 52 -
Rwork0.269 1290 -
all-1342 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88893.5208-1.64797.4994-3.6461.790.0253-0.1026-0.13620.1162-0.1726-0.3039-0.06180.07550.14730.052-0.03580.01140.0438-0.0260.12028.618620.4281-11.3141
23.16720.6544-0.30380.16790.10011.01660.0802-0.14420.23370.005-0.02420.023-0.02930.0107-0.0560.0881-0.0214-0.01320.0147-0.02620.1151-6.529716.982-5.3996
31.52780.5782-0.0793.34541.22090.5045-0.1574-0.17480.02980.25310.06880.24110.13490.06140.08870.1124-0.03820.01070.10130.01750.02-22.26762.0986-5.5145
41.93121.00920.55070.54330.40051.321-0.05090.1058-0.11230.00790.0403-0.0740.1886-0.1840.01070.1213-0.0256-0.04080.0489-0.02990.0854-10.35095.6451-10.5925
53.52191.4299-0.41360.70220.10990.7109-0.04370.23530.1641-0.03080.06390.0425-0.0089-0.1057-0.02010.057-0.0248-0.00080.03730.02820.1275-10.438715.0864-16.7983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1313 - 1319
2X-RAY DIFFRACTION2A1320 - 1334
3X-RAY DIFFRACTION3A1335 - 1356
4X-RAY DIFFRACTION4A1357 - 1395
5X-RAY DIFFRACTION5A1396 - 1436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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