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- PDB-6q84: Crystal structure of RanGTP-Pdr6-eIF5A export complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q84
タイトルCrystal structure of RanGTP-Pdr6-eIF5A export complex
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Importin beta-like protein KAP122
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Importin-Beta family / biportin / nuclear export / translation factor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus ...positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / regulation of cell size / mitotic sister chromatid segregation / translational elongation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / positive regulation of translational initiation / viral process / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / protein export from nucleus / translation initiation factor activity / centriole / rescue of stalled ribosome / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / G protein activity / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / ribosome binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / small GTPase Ran family profile. ...: / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / SH3 type barrels. - #30 / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Nucleic acid-binding proteins / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / SH3 type barrels. / Armadillo-like helical / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Small GTP-binding protein domain / Translation protein SH3-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Ribosomal protein L2, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / Importin beta-like protein KAP122 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Aksu, M. / Trakhanov, S. / Vera-Rodriguez, A. / Gorlich, D.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the nuclear import and export functions of the biportin Pdr6/Kap122.
著者: Aksu, M. / Trakhanov, S. / Vera Rodriguez, A. / Gorlich, D.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin beta-like protein KAP122
B: GTP-binding nuclear protein Ran
C: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
D: Importin beta-like protein KAP122
E: GTP-binding nuclear protein Ran
F: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,51910
ポリマ－318,4246
非ポリマー1,0954
水00
1
A: Importin beta-like protein KAP122
B: GTP-binding nuclear protein Ran
C: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7595
ポリマ－159,2123
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Importin beta-like protein KAP122
E: GTP-binding nuclear protein Ran
F: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7595
ポリマ－159,2123
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.540, 139.540, 346.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 129 or resid 141 through 386 or resid 395 through 1076))
21(chain D and (resid 3 through 103 or (resid 104...
12chain B
22chain E
13(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERGLNGLN(chain A and (resid 3 through 129 or resid 141 through 386 or resid 395 through 1076))AA3 - 1292 - 128
121GLNGLNTHRTHR(chain A and (resid 3 through 129 or resid 141 through 386 or resid 395 through 1076))AA141 - 386140 - 385
131GLNGLNLEULEU(chain A and (resid 3 through 129 or resid 141 through 386 or resid 395 through 1076))AA395 - 1076394 - 1075
211SERSERMETMET(chain D and (resid 3 through 103 or (resid 104...DD3 - 1032 - 102
221TYRTYRTYRTYR(chain D and (resid 3 through 103 or (resid 104...DD104103
231SERSERLEULEU(chain D and (resid 3 through 103 or (resid 104...DD3 - 10762 - 1075
112GLNGLNALAALAchain BBB8 - 1784 - 174
212GLNGLNALAALAchain EEE8 - 1784 - 174
113THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...CC18 - 463 - 31
123VALVALVALVAL(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...CC57 - 8542 - 70
133LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...CC8671
143ALAALAALAALA(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...CC17 - 1532 - 138
153ALAALAALAALA(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...CC17 - 1532 - 138
163ALAALAALAALA(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...CC17 - 1532 - 138
173ALAALAALAALA(chain C and (resid 18 through 46 or resid 57...CC17 - 1532 - 138
213THRTHRALAALAchain FFF18 - 1533 - 138

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Importin beta-like protein KAP122 / Karyopherin-122 / Pleiotropic drug resistance regulatory protein 6


分子量: 123492.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KAP122, PDR6, YGL016W / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 F' / 参照: UniProt: P32767
#2: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 20192.484 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q69L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 F' / 参照: UniProt: P62826
#3: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / eIF-5A-1 / Hypusine-containing protein HP2 / eIF-4D


分子量: 15526.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HYP2, TIF51A, YEL034W, SYGP-ORF21 / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: P23301
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.28
反射解像度: 3.7→49.173 Å / Num. obs: 40583 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.03048 / Rrim(I) all: 0.1006 / Rsym value: 0.09578 / Net I/σ(I): 17.74
反射 シェル解像度: 3.7→3.832 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 4014 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.9533 / Rrim(I) all: 3.081 / Rsym value: 2.926 / % possible all: 99.65

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→49.173 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.24 / 位相誤差: 40.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 2422 3.01 %
Rwork0.2065 --
obs0.2273 40554 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 338.38 Å2 / Biso mean: 198.6075 Å2 / Biso min: 103.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→49.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21141 0 66 0 21207
Biso mean--180.09 --
残基数----2641
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9779X-RAY DIFFRACTION4.836TORSIONAL
12D9779X-RAY DIFFRACTION4.836TORSIONAL
21B1734X-RAY DIFFRACTION4.836TORSIONAL
22E1734X-RAY DIFFRACTION4.836TORSIONAL
31C1221X-RAY DIFFRACTION4.836TORSIONAL
32F1221X-RAY DIFFRACTION4.836TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.7008-3.77630.33741460.33254628477496
3.7763-3.85840.33491400.3134469460997
3.8584-3.94810.38961400.33474582472297
3.9481-4.04680.33441420.32264614475697
4.0468-4.15610.35171410.32024608474997
4.1561-4.27830.38011420.31434539468197
4.2783-4.41630.32181410.29124587472897
4.4163-4.5740.281440.27964599474397
4.574-4.7570.27611440.26874598474297
4.757-4.97320.29291440.25494616476097
4.9732-5.23510.25371420.25044568471097
5.2351-5.56250.26811440.25164618476297
5.5625-5.99120.27871420.25374560470297
5.9912-6.59250.30391420.22664590473297
6.5925-7.54280.26921410.22694586472797
7.5428-9.48920.19341420.16424566470897
9.4892-45.81760.21491440.17184597474196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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