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万見
- PDB-6q82: Crystal structure of the biportin Pdr6 in complex with RanGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q82
タイトルCrystal structure of the biportin Pdr6 in complex with RanGTP
要素
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Importin beta-like protein KAP122
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Importin-Beta family / biportin / nuclear transport / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / GTP metabolic process / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / regulation of cell size / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of protein binding / protein import into nucleus / GDP binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / G protein activity / midbody / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical ...: / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Importin beta-like protein KAP122 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.994 Å
データ登録者Aksu, M. / Vera-Rodriguez, A. / Trakhanov, S. / Gorlich, D.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the nuclear import and export functions of the biportin Pdr6/Kap122.
著者: Aksu, M. / Trakhanov, S. / Vera Rodriguez, A. / Gorlich, D.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin beta-like protein KAP122
B: GTP-binding nuclear protein Ran
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4524
ポリマ－144,9042
非ポリマー5472
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area52890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.990, 192.990, 229.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Importin beta-like protein KAP122 / Karyopherin-122 / Pleiotropic drug resistance regulatory protein 6


分子量: 124711.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KAP122, PDR6, YGL016W / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 F' / 参照: UniProt: P32767
#2: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 20192.484 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q69L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 F' / 参照: UniProt: P62826
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.26
詳細: Pentaerythritol propoxylate (17/8 PO/OH), MPD, Sodium acetate, Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.994→59.894 Å / Num. obs: 51160 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 399.8 % / Biso Wilson estimate: 106.48 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2728 / Rpim(I) all: 0.01361 / Net I/σ(I): 44.7
反射 シェル解像度: 2.994→3.101 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4876 / CC1/2: 0.893 / % possible all: 97.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
RESOLVEモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.994→59.894 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 1532 3 %
Rwork0.2179 --
obs0.219 51055 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 332.1 Å2 / Biso mean: 111.0655 Å2 / Biso min: 46.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.994→59.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9649 0 33 0 9682
Biso mean--91.32 --
残基数----1198
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9936-3.09020.35421320.31464300443297
3.0902-3.20070.32341370.30744074544100
3.2007-3.32880.3571380.297444674605100
3.3288-3.48030.35041380.277644384576100
3.4803-3.66380.26531370.24644504587100
3.6638-3.89330.25361390.222544834622100
3.8933-4.19380.26471390.204144734612100
4.1938-4.61570.21261390.178945164655100
4.6157-5.28330.22711410.190345444685100
5.2833-6.6550.26551420.252646054747100
6.655-59.90580.23431500.198948404990100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76490.34760.28251.48850.25811.59090.1841-0.1103-0.14480.11090.1536-0.1468-0.198-0.22840.5680.63680.1995-0.08190.77620.08470.550934.6964133.4775130.9354
20.4737-0.311-0.1360.8864-0.12941.31250.10540.02740.0134-0.13710.0052-0.1291-0.19920.040600.4145-0.0558-0.06660.65470.01580.641140.023129.125679.691
31.56560.2617-0.62050.7116-0.10991.41750.1182-0.2553-0.00570.155-0.16990.11080.23460.0367-0.00030.5059-0.0547-0.04660.5978-0.03690.684946.565592.700895.4166
40.05370.05230.02490.05820.02760.07330.45570.5889-0.70950.20940.2159-0.6190.2987-0.0689-0.00090.80080.1120.01671.1576-0.06521.233955.6262122.4036111.373
50.02840.0381-0.02570.0503-0.03420.0231-0.02420.02420.21360.07690.2071-0.48550.24840.221501.11790.1284-0.0931.2733-0.01051.41456.4483115.4943113.4267
60.02170.01630.02850.01270.01680.0616-0.1391-0.17020.57470.3795-0.068-0.7099-0.0698-0.4556-0.00380.7901-0.02070.07120.67030.12411.385562.1002130.0362111.1436
70.1086-0.0357-0.11610.0807-0.02690.1855-0.08440.3434-0.14080.0681-0.010.4659-0.2642-0.1763-0.00270.80480.0698-0.07771.1899-0.01721.020843.0083124.022113.5845
80.2292-0.14680.11830.1206-0.02850.14240.59790.16870.4757-0.0857-0.1105-0.3528-0.2080.3437-0.00050.78850.0780.05471.0284-0.06180.744745.2012124.219104.4516
90.0240.02390.00690.02520.00620.00230.55490.09490.26710.04660.3871-0.0134-0.3955-0.4970.00181.14920.07540.16791.43720.06891.148542.9157130.625498.9354
100.7075-0.69660.69740.864-0.69930.68810.10510.42050.3757-0.6127-0.1167-0.426-0.14340.29020.51831.1079-0.14790.4370.6210.14021.280658.3074129.2984101.0666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 210 )A3 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 211 through 745 )A211 - 745
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 746 through 1076 )A746 - 1076
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 32 )B8 - 32
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 52 )B33 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 66 )B53 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 67 through 109 )B67 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 110 through 131 )B110 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 132 through 148 )B132 - 148
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 149 through 178 )B149 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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