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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q83 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the biportin Pdr6 in complex with UBC9 | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / Importin-Beta family / biportin / nuclear import / SUMOylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() SUMO conjugating enzyme activity / mitotic spindle elongation / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / nuclear export signal receptor activity ...SUMO conjugating enzyme activity / mitotic spindle elongation / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / nuclear export signal receptor activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear export / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / regulation of cell size / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein import into nucleus / nuclear envelope / cell division / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Aksu, M. / Trakhanov, S. / Vera-Rodriguez, A. / Gorlich, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the nuclear import and export functions of the biportin Pdr6/Kap122. 著者: Aksu, M. / Trakhanov, S. / Vera Rodriguez, A. / Gorlich, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 123492.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KAP122, PDR6, YGL016W / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17862.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: Sodium cacodylate, magnesium chloride, ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.53→49.565 Å / Num. obs: 12937 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.072 % / Biso Wilson estimate: 226.685 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 11.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GJD and 6Q82 解像度: 4.53→49.565 Å / SU ML: 0.83 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.21
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 351.26 Å2 / Biso mean: 311.3736 Å2 / Biso min: 289.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.53→49.565 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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