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- PDB-6q72: Crystal structure of the alanine racemase from Bacillus subtilis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q72
タイトルCrystal structure of the alanine racemase from Bacillus subtilis in the presence of only PEG 4000 and Magnesium chloride in the crystallization condition
要素Alanine racemase 2
キーワードISOMERASE / racemase / alanine racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / : / Alanine racemase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bernardo-Garcia, N. / Gago, F. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Cold-induced aldimine bond cleavage by Tris in Bacillus subtilis alanine racemase.
著者: Bernardo-Garcia, N. / Sanchez-Murcia, P.A. / Espaillat, A. / Martinez-Caballero, S. / Cava, F. / Hermoso, J.A. / Gago, F.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase 2
B: Alanine racemase 2
D: Alanine racemase 2
E: Alanine racemase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,96612
ポリマ－174,8354
非ポリマー1,1308
水1267
1
A: Alanine racemase 2
B: Alanine racemase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9836
ポリマ－87,4182
非ポリマー5654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
2
D: Alanine racemase 2
E: Alanine racemase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9836
ポリマ－87,4182
非ポリマー5654
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.431, 110.526, 88.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Alanine racemase 2


分子量: 43708.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: D3Z87_09640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A386RMP5, UniProt: P94494*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 290 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 15% PEG 4000, 0.2 MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46.61 Å / Num. obs: 35532 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
APEX 2データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5RIP

5rip
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→45.32 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 1522 5.01 %
Rwork0.2275 --
obs0.2303 30360 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12100 0 4 7 12111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01512326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55316654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.957446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.09680.34751240.33982627X-RAY DIFFRACTION100
3.0968-3.20750.39191490.31422629X-RAY DIFFRACTION100
3.2075-3.33590.34451550.28552593X-RAY DIFFRACTION100
3.3359-3.48760.33881510.28032617X-RAY DIFFRACTION100
3.4876-3.67140.41321600.31992572X-RAY DIFFRACTION98
3.6714-3.90130.31011690.25952501X-RAY DIFFRACTION97
3.9013-4.20240.27851480.22742639X-RAY DIFFRACTION100
4.2024-4.62490.24041410.1832638X-RAY DIFFRACTION99
4.6249-5.29320.20081130.17572635X-RAY DIFFRACTION99
5.2932-6.66550.26041070.20392685X-RAY DIFFRACTION99
6.6655-45.32510.20371050.17682702X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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