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- PDB-6q2v: Crystal structure of SPOC domain of human PHD-finger protein 3 (PHF3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2v
タイトルCrystal structure of SPOC domain of human PHD-finger protein 3 (PHF3)
要素PHD finger protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / SPOC domain / PHF3
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. ...Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD finger protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.594 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Slade, D. / Djinovic-Carugo, K.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Kaufmann, T. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Ebenwaldner, C. / Sebesta, M. / Beltzung, E. ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Kaufmann, T. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Ebenwaldner, C. / Sebesta, M. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, M. / Pavri, R. / Stark, A. / Akalin, A. / Stefl, R. / Bernecky, C. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: PHF3 regulates neuronal gene expression through the new Pol II CTD reader domain SPOC
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, M. / Pavri, R. / Stark, A. / Akalin, A. / Stefl, R. / Bernecky, C. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 3
B: PHD finger protein 3
C: PHD finger protein 3
D: PHD finger protein 3
E: PHD finger protein 3
F: PHD finger protein 3
G: PHD finger protein 3
H: PHD finger protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,37410
ポリマ－147,1908
非ポリマー1842
水88349
1
A: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3991
ポリマ－18,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3991
ポリマ－18,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3991
ポリマ－18,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3991
ポリマ－18,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: PHD finger protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4912
ポリマ－18,3991
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: PHD finger protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4912
ポリマ－18,3991
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3991
ポリマ－18,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: PHD finger protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3991
ポリマ－18,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.745, 69.306, 127.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
PHD finger protein 3


分子量: 18398.732 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF3, KIAA0244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92576
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: containing 0.2 M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25%PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.78 Å / Num. obs: 32812 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 51.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.71 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.867 / Num. unique obs: 2252 / Rpim(I) all: 0.79 / Rrim(I) all: 1.17 / % possible all: 50.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3150精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.594→48.779 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1606 4.9 %
Rwork0.2059 --
obs0.2085 32757 87.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.97 Å2 / Biso mean: 54.5584 Å2 / Biso min: 19.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.594→48.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9353 0 12 49 9414
Biso mean--52.56 45.82 -
残基数----1174
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.594-2.67770.3682720.33291535160748
2.6777-2.77340.3854860.31061969205561
2.7734-2.88440.36461090.28012346245572
2.8844-3.01570.31381480.25872743289186
3.0157-3.17460.31291690.25223168333798
3.1746-3.37350.31941710.242831763347100
3.3735-3.63390.27191670.210532283395100
3.6339-3.99940.25771630.186831983361100
3.9994-4.57780.20511700.168232403410100
4.5778-5.7660.23361710.165232603431100
5.766-48.78780.22311800.20283288346899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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