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- PDB-6q2d: Crystal structure of Methanobrevibacter smithii Dph2 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2d
タイトルCrystal structure of Methanobrevibacter smithii Dph2 in complex with Methanobrevibacter smithii elongation factor 2
要素
  • 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
  • Elongation factor 2
キーワードTRANSFERASE / Radical / S-adenosylmethionine / enzyme / iron sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / translation elongation factor activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein ...Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein / Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation factors / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Elongation factor 2 / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanobrevibacter smithii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Dong, M. / Lin, H. / Ealick, S.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM124165 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: The Crystal Structure of Dph2 in Complex with Elongation Factor 2 Reveals the Structural Basis for the First Step of Diphthamide Biosynthesis.
著者: Fenwick, M.K. / Dong, M. / Lin, H. / Ealick, S.E.
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
B: 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
C: Elongation factor 2
F: Elongation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,5106
ポリマ－239,8064
非ポリマー7032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.899, 322.979, 172.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / Dph2


分子量: 38429.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanobrevibacter smithii (古細菌)
遺伝子: Msm_1358 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A5UMY5, 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
#2: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 81473.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanobrevibacter smithii (古細菌)
遺伝子: fusA, BK798_06620 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4U7K7
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The reservoir solution contained 100 mM Tris, pH 7.2, 200 mM MgSO4, and 21 % (w/v) PEG400; NaCl was added to the reservoir to a final concentration of 300 mM after forming the drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→49.4 Å / Num. obs: 37395 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.45→3.64 Å / Num. unique obs: 5369 / CC1/2: 0.568

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Methanobrevibacter smithii Dph2, Pyrococcus horikoshii EF-2 (5H7J)

5h7j


解像度: 3.45→49.356 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1864 5 %
Rwork0.2238 --
obs0.226 37270 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 522.52 Å2 / Biso mean: 208.7438 Å2 / Biso min: 82.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→49.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12169 0 16 0 12185
Biso mean--213.37 --
残基数----1680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.54330.44031220.462644X-RAY DIFFRACTION99
3.5433-3.64750.49131380.43382692X-RAY DIFFRACTION99
3.6475-3.76520.42691460.39272716X-RAY DIFFRACTION100
3.7652-3.89970.40851420.34982690X-RAY DIFFRACTION100
3.8997-4.05580.28481560.29832669X-RAY DIFFRACTION99
4.0558-4.24030.27211480.23932713X-RAY DIFFRACTION100
4.2403-4.46370.28171450.1922711X-RAY DIFFRACTION100
4.4637-4.74320.22591490.17462724X-RAY DIFFRACTION100
4.7432-5.1090.22831340.18072714X-RAY DIFFRACTION99
5.109-5.62250.24871480.19152727X-RAY DIFFRACTION99
5.6225-6.43460.26951400.21262756X-RAY DIFFRACTION100
6.4346-8.10110.22561290.20352803X-RAY DIFFRACTION100
8.1011-49.3560.24211670.19492847X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9261-0.46252.30992.93031.66142.99190.2311-0.42810.29770.0220.0919-0.16750.11570.28610.00011.08060.0279-0.08370.7911-0.05651.087231.37427.232831.293
21.3412-0.58770.84850.7815-0.38470.36910.1515-0.5150.2925-0.1468-0.0634-0.5713-0.14370.6544-0.02691.22210.0339-0.02920.7498-0.04081.40979.833414.060614.2166
32.56881.2687-0.36522.18930.66341.3608-0.3048-0.27150.2133-0.22420.06350.24590.1288-0.3327-01.32230.09160.0191.1862-0.01221.3278-23.113824.530115.8941
43.0121-0.81510.43130.253-0.1940.8421-0.1865-1.20130.8460.23070.2631-0.2644-0.19120.52150.15761.32520.1633-0.07060.7113-0.14621.39965.81934.362926.5706
51.84020.93410.47460.51390.93367.0554-1.2865-0.14061.45430.9343-0.00542.153-2.3578-2.8319-0.02123.5288-0.46260.09541.9233-0.1883.696-39.609661.06385.0059
60.9150.4671-0.76990.54660.04621.1002-0.2681.08040.4261-1.08660.7911-0.3011-2.0579-1.03650.02822.87260.1156-0.40593.2308-0.38781.9515-12.01263.3096-7.0293
76.258-0.93376.78350.1622-1.02767.395-0.4935-2.23760.86971.9087-0.04371.2771-0.7216-2.5422-0.10052.2486-0.2110.06311.62910.16353.912-13.501152.0607-6.074
80.3375-0.4019-0.78535.1671-0.29682.61490.39020.9623-0.1630.0216-0.8017-2.51211.13490.4024-0.06162.1219-0.1976-0.5532.02720.12151.6682-29.721471.659122.72
90.40370.0520.1240.0083-0.0080.11740.1684-0.22821.25490.478-1.27660.3755-0.66590.501501.4038-0.00810.19632.0001-0.09771.4421-36.56273.9262-9.1461
101.94071.372-0.11140.925-0.1082-0.0129-0.79362.04860.4538-1.12420.17570.88630.0377-0.3602-0.07081.5069-0.3642-0.00821.401-0.28791.3651-29.836312.5524-14.0802
110.09680.0573-0.16170.86340.32380.37020.252-0.8677-0.1584-0.51660.9195-0.543-1.7104-0.593501.9979-0.30650.14712.6016-0.09281.8612-42.10414.31-11.9464
120.98660.94430.56621.70681.10240.6723-0.50270.428-0.0588-0.5060.12350.48760.8055-0.508701.66330.0571-0.0412.3843-0.0011.9979-57.241919.42552.6773
130.0146-0.02930.05320.68930.34230.5741-0.12520.63461.15190.2090.0977-0.5169-0.7238-0.087701.5580.193-0.00081.66750.17571.8831-51.590828.4743-0.0932
140.8388-0.6409-1.46770.44161.13012.2062-0.04190.4071-0.04750.12840.18260.5534-0.3584-1.159902.13020.2138-0.25512.00940.31352.1307-38.245943.0635-16.644
151.3419-0.0019-0.14420.0031-0.00210.0158-0.1445-3.2337-1.69590.5363-0.7621.0001-0.31151.3724-0.01511.94810.1141-0.2871.98440.35061.8579-39.613241.8953-10.2939
160.0107-0.0351-0.03050.04330.06240.0205-0.2802-0.95842.28010.81030.0980.8483-0.8294-0.8652-01.86220.20190.07792.07020.092.6153-51.544141.9024-13.293
173.76752.03290.15881.7042-0.18950.6633-0.30512.1371-0.4856-1.40570.3814-0.0531-0.06780.66850.00161.9993-0.1654-0.0392.24270.70761.537-16.376439.7346-31.5543
185.85235.48411.13598.96710.39990.30440.01913.33920.2931-0.0690.5781-1.5456-0.8544-2.11231.14031.755-0.06490.16113.18141.15291.91263.636938.4357-35.6578
190.12490.11090.13580.63510.24380.1105-0.20010.97610.7141-0.4858-0.3712-1.0944-0.21770.760701.7089-0.15150.19061.40610.17751.60523.2232.5269-24.7214
202.9431.2502-0.1281.46091.20431.5692-0.43540.6131-0.04140.10410.1340.312-0.23770.00301.39990.02530.12380.9771-0.15061.1275-8.717318.5016-12.9664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 3 through 342 )C3 - 342
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 343 through 465 )C343 - 465
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 466 through 619 )C466 - 619
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 620 through 730 )C620 - 730
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 388 through 476 )F388 - 476
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 477 through 539 )F477 - 539
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 540 through 619 )F540 - 619
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 620 through 715 )F620 - 715
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 18 )A1 - 18
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 19 through 78 )A19 - 78
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 79 through 102 )A79 - 102
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 103 through 157 )A103 - 157
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 158 through 208 )A158 - 208
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 209 through 290 )A209 - 290
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 291 through 313 )A291 - 313
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 314 through 329 )A314 - 329
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 5 through 124 )B5 - 124
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 125 through 157 )B125 - 157
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 158 through 203 )B158 - 203
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 204 through 329 )B204 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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