PDB-4f93: Brr2 Helicase Region S1087L, Mg-ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f93

タイトル

Brr2 Helicase Region S1087L, Mg-ATP

要素

U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

キーワード

HYDROLASE / RNP remodeling / pre-mRNA splicing / spliceosome catalytic activation / DEXD/H-box RNA Helicase / RNA and ATP binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Santos, K.F. / Jovin, S.M. / Weber, G. / Pena, V. / Luehrmann, R. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for functional cooperation between tandem helicase cassettes in Brr2-mediated remodeling of the spliceosome.
著者: Santos, K.F. / Jovin, S.M. / Weber, G. / Pena, V. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2012年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f93.cif.gz	729.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f93.ent.gz	601.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/4f93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/4f93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f91C 4f92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5urj-d 5urk-d 4f92-d 6s8o-d 5urm-1 5urm-2 4f91-d 4djd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

B: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

ヘテロ分子

198 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.120, 154.586, 143.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質	U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD 分子量: 197264.312 Da / 分子数: 1 / 断片: Brr2 Helicase Region / 変異: S1087L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75643, RNA helicase

#1: タンパク質

U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...

分子量: 197264.312 Da / 分子数: 1 / 断片: Brr2 Helicase Region / 変異: S1087L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75643, RNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 55分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SAN / SULFANILAMIDE / スルファニルアミド分子量: 172.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈N₂O₂S / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.39 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1.2 M sodium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.92→50 Å / Num. all: 58752 / Num. obs: 58458 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5
反射シェル	解像度: 2.92→3 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.92→47.363 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	2917	4.99 %	Random
R_work	0.1972	-	-	-
obs	0.1997	58458	98.06 %	-
all	-	58752	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 89.204 Å² / k_sol: 0.306 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6465 Å²	0 Å²	-12.2888 Å²
2-	-	32.3919 Å²	0 Å²
3-	-	-	-33.0383 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.92→47.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13856	0	70	51	13977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	19304
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.627	5369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.92-2.9712	0.4062	127	0.3595	2414	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9712-3.0224	0.3598	138	0.3184	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0224-3.0774	0.4051	139	0.3086	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0774-3.1366	0.3563	139	0.2985	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1366-3.2006	0.3732	140	0.2845	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2006-3.2701	0.3551	140	0.2806	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2701-3.3462	0.342	143	0.2613	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3462-3.4299	0.3189	138	0.2551	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4299-3.5226	0.3185	140	0.2474	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5226-3.6262	0.2832	138	0.221	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6262-3.7432	0.2478	139	0.1971	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7432-3.8769	0.2633	140	0.1952	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8769-4.0321	0.2359	137	0.1988	2601	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0321-4.2155	0.299	138	0.1849	2620	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2155-4.4375	0.2224	138	0.1726	2626	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4375-4.7153	0.2302	138	0.1573	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7153-5.079	0.1818	139	0.1554	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
5.079-5.5894	0.2288	141	0.1849	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5894-6.3965	0.28	141	0.2149	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3965-8.0525	0.2421	142	0.1896	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
8.0525-47.3693	0.1683	142	0.159	2689	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6257	0.7678	-0.3583	1.1289	-0.6154	1.9444	0.2002	0.2449	0.4664	-0.2286	-0.3003	-0.3678	-0.4778	0.8028	0.0001	1.373	-0.3529	-0.1599	1.1679	0.0029	1.2401	-5.6069	16.2838	-40.6325
2	3.3189	-0.2089	0.3246	4.4562	0.2384	4.9711	0.1016	-0.255	0.6331	-0.185	-0.2383	0.8784	-0.7614	-0.0703	0.0041	0.9433	-0.3418	0.0202	0.5233	-0.1181	1.0661	-24.9595	14.2172	-38.6643
3	2.5018	0.5784	0.0301	1.6978	-0.2272	1.8394	-0.1193	-0.6165	0.3054	0.4628	0.1103	-0.2835	-0.9877	0.723	0.0074	1.3115	-0.7259	-0.205	1.4387	-0.0919	0.941	-0.8677	20.6499	-18.871
4	1.6668	-0.6437	0.0272	2.3307	-0.9136	2.5386	-0.0532	0.405	-0.213	-0.1871	0.2333	-0.0616	0.8058	0.6299	-0.0003	0.9199	-0.1215	-0.0884	0.7494	-0.0907	0.783	-20.1874	-11.048	-41.7642
5	3.8172	0.3347	-0.1294	2.6308	-0.0559	4.1404	-0.0971	-0.9548	0.0256	0.4757	0.0458	-0.2125	0.5197	0.7979	0.0003	0.7256	0.0579	-0.084	0.7502	0.0332	0.667	-20.962	-9.2058	-9.8846
6	0.7714	-0.2372	0.5009	0.7435	0.2364	0.5654	-0.2274	-0.779	0.2857	0.2269	-0.115	-0.0017	-0.0083	0.2346	0.0008	1.139	-0.1465	0.1908	1.498	-0.4735	1.2009	-38.9334	7.26	8.1344
7	4.1788	1.6481	0.9844	1.329	-0.5079	3.6538	0.2329	-0.8415	0.353	0.267	-0.3142	0.3497	0.3553	-0.2686	0.0036	0.7197	-0.1909	0.0693	0.6789	-0.0206	0.8121	-51.7944	-9.5941	-11.0739
8	2.9329	-1.1162	-0.4631	2.4334	-0.0826	3.409	-0.0491	0.8388	-0.1535	-0.2363	0.0403	0.3613	0.7818	-1.3366	-0.0072	0.888	-0.9007	0.0038	1.1469	-0.0819	0.7623	-79.8178	-22.5611	-42.1684
9	3.7144	0.9089	-0.7391	1.4477	-0.5292	6.8049	0.0136	0.0404	0.0348	-0.1431	-0.0457	-0.046	0.193	-0.6474	-0.0034	0.6026	-0.2234	0.0554	0.4452	0.011	0.734	-53.1371	-8.51	-44.3006
10	2.0535	-0.1602	-0.6807	2.3365	0.7357	0.989	-0.374	0.1111	0.2236	0.4077	0.2693	0.3187	0.2811	-0.8244	-0.0305	0.8945	-0.5227	0.2169	1.4764	0.163	1.0193	-85.4812	-12.6235	-16.4752
11	1.964	0.2397	0.1345	2.0855	-0.3411	1.6186	0.1712	0.0997	0.6593	-0.2329	0.4668	-0.0557	-0.1686	-0.2964	0.0001	0.991	-0.0879	0.1603	1.2642	0.2082	1.3915	-77.1274	14.5015	-30.0053
12	0.2008	-0.1182	0.1505	0.07	-0.0875	0.1126	-0.4502	0.2566	0.1588	-1.0148	0.5086	0.5408	-0.0517	-0.3956	0.0006	2.2638	-0.0644	-0.0042	2.4763	0.4978	1.7788	-84.5725	27.0987	-55.8616
13	0.6155	0.8637	-0.5379	1.2107	-0.753	0.4692	0.2658	1.0312	0.6313	-0.1794	0.0205	0.6629	0.2114	-0.7534	0	1.2417	0.1385	-0.0837	2.1656	0.433	1.6775	-103.0232	17.1061	-37.4661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN B AND RESSEQ 403:486)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 487:683)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESSEQ 684:888)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESSEQ 889:993)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESSEQ 994:1125)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESSEQ 1126:1181)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESSEQ 1182:1294)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESSEQ 1295:1521)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESSEQ 1522:1724)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESSEQ 1725:1824)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESSEQ 1825:1957)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESSEQ 1958:2014)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESSEQ 2015:2125)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 B

-
非ポリマー , 5種, 55分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 B

-非ポリマー , 5種, 55分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 B

-
非ポリマー , 5種, 55分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)