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- PDB-6q1i: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Clostrdium longisporum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q1i
タイトルGH5-4 broad specificity endoglucanase from Clostrdium longisporum
要素Endoglucanase A
キーワードHYDROLASE / GH5-4 / endoglucanase / GLBRC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / polysaccharide binding / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium longisporum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-07ER64494 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.
履歴
登録2019年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / struct / Item: _struct.title
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase A
B: Endoglucanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1112
ポリマ－80,1112
非ポリマー00
水14,826823
1
A: Endoglucanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0551
ポリマ－40,0551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0551
ポリマ－40,0551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.350, 53.480, 68.060
Angle α, β, γ (deg.)104.048, 96.886, 87.065
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase A / Cellulase A / Endo-1 / 4-beta-glucanase A


分子量: 40055.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium longisporum (バクテリア)
遺伝子: celA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P54937, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals were set with a Mosquito into SD2 plates. The condition that provided the crystals for this data set came from Morpheus Screen D9: 10% Alcohols, 50% Tris/Bicine H 8.5, and 15% P550MME_P20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→25.21 Å / Num. obs: 128382 / % possible obs: 94.83 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 10.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04018 / Rpim(I) all: 0.02412 / Rrim(I) all: 0.04695 / Net I/σ(I): 20.86
反射 シェル解像度: 1.35→1.398 Å / Rmerge(I) obs: 0.1076 / Mean I/σ(I) obs: 8.28 / Num. unique obs: 12528 / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.07146 / Rrim(I) all: 0.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20190315データ削減
XSCALE20190315データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NDY

3ndy


解像度: 1.35→25.21 Å / SU ML: 0.0975 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 13.5275
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1317 1980 1.54 %thin shells
Rwork0.1116 ---
obs0.1119 128313 94.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→25.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5525 0 0 823 6348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84978073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0757887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.14542173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.380.2093990.13168829X-RAY DIFFRACTION92.47
1.38-1.420.13761980.10378841X-RAY DIFFRACTION93.25
1.42-1.460.1257990.08878909X-RAY DIFFRACTION93.54
1.46-1.510.13211980.08368891X-RAY DIFFRACTION94
1.51-1.560.1116990.0869050X-RAY DIFFRACTION94.32
1.56-1.630.1248990.0869079X-RAY DIFFRACTION94.79
1.63-1.70.12191980.09048925X-RAY DIFFRACTION95.24
1.7-1.790.1207990.0929173X-RAY DIFFRACTION95.5
1.79-1.90.11081980.09829074X-RAY DIFFRACTION95.95
1.9-2.050.1335990.09899209X-RAY DIFFRACTION96.28
2.05-2.260.10741980.09769110X-RAY DIFFRACTION96.38
2.26-2.580.1143990.10899250X-RAY DIFFRACTION96.99
2.58-3.250.14331980.12549231X-RAY DIFFRACTION97.18
3.25-25.210.163990.15128762X-RAY DIFFRACTION91.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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